National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                   1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Oman 27202 A 393 393
1 Oman 27203 T 393 393
2 Oman 27204 G 393 393
3 Oman 27205 T 393 393
4 Oman 27206 T 393 393
5 Oman 27207 T 393 393
6 Oman 27208 C 393 393
7 Oman 27209 A 393 393
8 Oman 27210 T 393 393
9 Oman 27211 C 393 393
10 Oman 27212 T 393 393
11 Oman 27213 C 393 393
12 Oman 27214 G 393 393
13 Oman 27215 T 393 393
14 Oman 27216 T 393 393
15 Oman 27217 G 393 393
16 Oman 27218 A 393 393
17 Oman 27219 C 393 393
18 Oman 27220 T 393 393
19 Oman 27221 T 393 393
20 Oman 27222 T 393 393
21 Oman 27223 C 393 393
22 Oman 27224 A 393 393
23 Oman 27225 G 393 393
24 Oman 27226 G 393 393
25 Oman 27227 T 393 393
26 Oman 27228 T 393 393
27 Oman 27229 A 393 393
28 Oman 27230 C 393 393
29 Oman 27231 T 393 393
30 Oman 27232 A 393 393
31 Oman 27233 T 393 393
32 Oman 27234 A 393 393
33 Oman 27235 G 393 393
34 Oman 27236 C 393 393
35 Oman 27237 A 393 393
36 Oman 27238 G 393 393
37 Oman 27239 A 393 393
38 Oman 27240 G 393 393
39 Oman 27241 A 393 393
40 Oman 27242 T 393 393
41 Oman 27243 A 393 393
42 Oman 27244 T 393 393
43 Oman 27245 T 393 393
44 Oman 27246 A 393 393
45 Oman 27247 C 393 393
46 Oman 27248 T 393 393
47 Oman 27249 A 393 393
48 Oman 27250 A 393 393
49 Oman 27251 T 393 393
50 Oman 27252 T 393 393
51 Oman 27253 A 393 393
52 Oman 27254 T 393 393
53 Oman 27255 T 393 393
54 Oman 27256 A 393 393
55 Oman 27257 T 393 393
56 Oman 27258 G 393 393
57 Oman 27259 A 393 393
58 Oman 27260 G 393 393
59 Oman 27261 G 393 393
60 Oman 27262 A 393 393
61 Oman 27263 C 393 393
62 Oman 27264 T 393 393
63 Oman 27265 T 393 393
64 Oman 27266 T 393 393
65 Oman 27267 T 393 393
66 Oman 27268 A 393 393
67 Oman 27269 A 393 393
68 Oman 27270 A 393 393
69 Oman 27271 G 393 393
70 Oman 27272 T 393 393
71 Oman 27273 T 393 393
72 Oman 27274 T 393 393
73 Oman 27275 C 393 393
74 Oman 27276 C 393 393
75 Oman 27277 A 393 393
76 Oman 27278 T 393 393
77 Oman 27279 T 393 393
78 Oman 27280 T 393 393
79 Oman 27281 G 393 393
80 Oman 27282 G 393 393
81 Oman 27283 A 393 393
82 Oman 27284 A 393 393
83 Oman 27285 T 393 393
84 Oman 27286 C 393 393
85 Oman 27287 T 393 393
86 Oman 27288 T 393 393
87 Oman 27289 G 393 393
88 Oman 27290 A 393 393
89 Oman 27291 T 393 393
90 Oman 27292 T 393 393
91 Oman 27293 A 393 393
92 Oman 27294 C T 393 392 Tyr31Tyr
93 Oman 27295 A 393 393
94 Oman 27296 T 393 393
95 Oman 27297 C 393 393
96 Oman 27298 A 393 393
97 Oman 27299 T 393 393
98 Oman 27300 A 393 393
99 Oman 27301 A 393 393
100 Oman 27302 A 393 393
101 Oman 27303 C 393 393
102 Oman 27304 C 393 393
103 Oman 27305 T 393 393
104 Oman 27306 C 393 393
105 Oman 27307 A 393 393
106 Oman 27308 T 393 393
107 Oman 27309 A 393 393
108 Oman 27310 A 393 393
109 Oman 27311 T 393 393
110 Oman 27312 T 393 393
111 Oman 27313 A 393 393
112 Oman 27314 A 393 393
113 Oman 27315 A 393 393
114 Oman 27316 A 393 393
115 Oman 27317 A 393 393
116 Oman 27318 T 393 393
117 Oman 27319 T 393 393
118 Oman 27320 T 393 393
119 Oman 27321 A 393 393
120 Oman 27322 T 393 393
121 Oman 27323 C 393 393
122 Oman 27324 T 393 393
123 Oman 27325 A 393 393
124 Oman 27326 A 393 393
125 Oman 27327 G 393 393
126 Oman 27328 T 393 393
127 Oman 27329 C 393 393
128 Oman 27330 A 393 393
129 Oman 27331 C 393 393
130 Oman 27332 T 393 393
131 Oman 27333 A 393 393
132 Oman 27334 A 393 393
133 Oman 27335 C 393 393
134 Oman 27336 T 393 393
135 Oman 27337 G 393 393
136 Oman 27338 A 393 393
137 Oman 27339 G 393 393
138 Oman 27340 A 393 393
139 Oman 27341 A 393 393
140 Oman 27342 T 393 393
141 Oman 27343 A 393 393
142 Oman 27344 A 393 393
143 Oman 27345 A 393 393
144 Oman 27346 T 393 393
145 Oman 27347 A 393 393
146 Oman 27348 T 393 393
147 Oman 27349 T 393 393
148 Oman 27350 C 393 393
149 Oman 27351 T 393 393
150 Oman 27352 C 393 393
151 Oman 27353 A 393 393
152 Oman 27354 A 393 393
153 Oman 27355 T 392 392
154 Oman 27356 T 392 392
155 Oman 27357 A 392 392
156 Oman 27358 G 392 392
157 Oman 27359 A 392 392
158 Oman 27360 T 392 392
159 Oman 27361 G 392 392
160 Oman 27362 A 392 392
161 Oman 27363 A 392 392
162 Oman 27364 G 392 392
163 Oman 27365 A 392 392
164 Oman 27366 G 392 392
165 Oman 27367 C 392 392
166 Oman 27368 A 392 392
167 Oman 27369 A 392 392
168 Oman 27370 C 392 392
169 Oman 27371 C 392 392
170 Oman 27372 A 392 392
171 Oman 27373 A 392 392
172 Oman 27374 T 392 392
173 Oman 27375 G 392 392
174 Oman 27376 G 392 392
175 Oman 27377 A 392 392
176 Oman 27378 G 392 392
177 Oman 27379 A 392 392
178 Oman 27380 T 392 392
179 Oman 27381 T 392 392
180 Oman 27382 G 392 392
181 Oman 27383 A 392 392
182 Oman 27384 T C 392 389 Asp61Asp
183 Oman 27385 T 392 392
184 Oman 27386 A 392 392
185 Oman 27387 A 392 392