National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30           1                 1      
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                       1            
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                               1    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 27202 A 249 249
1 Nigeria 27203 T 249 249
2 Nigeria 27204 G 249 249
3 Nigeria 27205 T 249 249
4 Nigeria 27206 T 249 249
5 Nigeria 27207 T 249 249
6 Nigeria 27208 C 250 250
7 Nigeria 27209 A 250 250
8 Nigeria 27210 T 250 250
9 Nigeria 27211 C 250 250
10 Nigeria 27212 T 250 250
11 Nigeria 27213 C 250 250
12 Nigeria 27214 G 251 251
13 Nigeria 27215 T 251 251
14 Nigeria 27216 T A 251 250 Val5Val
15 Nigeria 27217 G 251 251
16 Nigeria 27218 A 251 251
17 Nigeria 27219 C 251 251
18 Nigeria 27220 T 251 251
19 Nigeria 27221 T 251 251
20 Nigeria 27222 T 251 250
21 Nigeria 27223 C 251 250
22 Nigeria 27224 A 251 250
23 Nigeria 27225 G 252 251
24 Nigeria 27226 G 252 251
25 Nigeria 27227 T 252 251
26 Nigeria 27228 T 252 251
27 Nigeria 27229 A 252 251
28 Nigeria 27230 C 252 252
29 Nigeria 27231 T 252 252
30 Nigeria 27232 A 252 252
31 Nigeria 27233 T 252 252
32 Nigeria 27234 A 252 252
33 Nigeria 27235 G 252 252
34 Nigeria 27236 C 252 252
35 Nigeria 27237 A 252 252
36 Nigeria 27238 G 252 252
37 Nigeria 27239 A 252 252
38 Nigeria 27240 G 252 252
39 Nigeria 27241 A 252 252
40 Nigeria 27242 T 252 252
41 Nigeria 27243 A 252 252
42 Nigeria 27244 T 252 252
43 Nigeria 27245 T 252 252
44 Nigeria 27246 A 252 252
45 Nigeria 27247 C 252 252
46 Nigeria 27248 T 251 251
47 Nigeria 27249 A 251 251
48 Nigeria 27250 A 250 250
49 Nigeria 27251 T 250 250
50 Nigeria 27252 T 250 250
51 Nigeria 27253 A 250 249
52 Nigeria 27254 T 250 249
53 Nigeria 27255 T 250 249
54 Nigeria 27256 A 250 249
55 Nigeria 27257 T 250 249
56 Nigeria 27258 G 250 249
57 Nigeria 27259 A 249 248
58 Nigeria 27260 G 249 247
59 Nigeria 27261 G 249 247
60 Nigeria 27262 A 247 245
61 Nigeria 27263 C 247 245
62 Nigeria 27264 T 247 244
63 Nigeria 27265 T 247 245
64 Nigeria 27266 T 247 245
65 Nigeria 27267 T 247 245
66 Nigeria 27268 A 247 245
67 Nigeria 27269 A 247 245
68 Nigeria 27270 A 247 245
69 Nigeria 27271 G 246 244
70 Nigeria 27272 T 243 237
71 Nigeria 27273 T 243 237
72 Nigeria 27274 T 242 236
73 Nigeria 27275 C 242 236
74 Nigeria 27276 C 242 236
75 Nigeria 27277 A 242 237
76 Nigeria 27278 T 243 238
77 Nigeria 27279 T 243 238
78 Nigeria 27280 T 243 238
79 Nigeria 27281 G 243 238
80 Nigeria 27282 G 243 238
81 Nigeria 27283 A 243 238
82 Nigeria 27284 A 243 239
83 Nigeria 27285 T 243 239
84 Nigeria 27286 C 243 240
85 Nigeria 27287 T 243 240
86 Nigeria 27288 T 243 239
87 Nigeria 27289 G 243 238
88 Nigeria 27290 A 243 238
89 Nigeria 27291 T 243 238
90 Nigeria 27292 T 243 238
91 Nigeria 27293 A 243 238
92 Nigeria 27294 C 243 239
93 Nigeria 27295 A 243 240
94 Nigeria 27296 T 243 241
95 Nigeria 27297 C T 243 241 Ile32Ile
96 Nigeria 27298 A 243 241
97 Nigeria 27299 T 243 241
98 Nigeria 27300 A 243 241
99 Nigeria 27301 A 243 241
100 Nigeria 27302 A 243 241
101 Nigeria 27303 C 243 241
102 Nigeria 27304 C 243 238
103 Nigeria 27305 T 239 232
104 Nigeria 27306 C 239 232
105 Nigeria 27307 A 239 232
106 Nigeria 27308 T 239 232
107 Nigeria 27309 A 239 232
108 Nigeria 27310 A 239 232
109 Nigeria 27311 T 239 232
110 Nigeria 27312 T 239 231
111 Nigeria 27313 A 239 231
112 Nigeria 27314 A 239 231
113 Nigeria 27315 A 239 233
114 Nigeria 27316 A 240 234
115 Nigeria 27317 A 240 234
116 Nigeria 27318 T 240 234
117 Nigeria 27319 T 239 233
118 Nigeria 27320 T 239 233
119 Nigeria 27321 A 239 233
120 Nigeria 27322 T 240 234
121 Nigeria 27323 C 240 234
122 Nigeria 27324 T 240 233
123 Nigeria 27325 A 240 233
124 Nigeria 27326 A 240 232
125 Nigeria 27327 G 240 233
126 Nigeria 27328 T 240 236
127 Nigeria 27329 C 240 237
128 Nigeria 27330 A 240 236
129 Nigeria 27331 C 239 235
130 Nigeria 27332 T 239 234
131 Nigeria 27333 A 239 234
132 Nigeria 27334 A 239 235
133 Nigeria 27335 C 239 231
134 Nigeria 27336 T 239 233
135 Nigeria 27337 G 239 235
136 Nigeria 27338 A 238 233
137 Nigeria 27339 G 238 234
138 Nigeria 27340 A 237 231
139 Nigeria 27341 A 238 232
140 Nigeria 27342 T 238 233
141 Nigeria 27343 A 238 234
142 Nigeria 27344 A 238 233
143 Nigeria 27345 A 238 232
144 Nigeria 27346 T 239 235
145 Nigeria 27347 A 239 235
146 Nigeria 27348 T 239 234
147 Nigeria 27349 T 239 235
148 Nigeria 27350 C 239 234
149 Nigeria 27351 T 239 234
150 Nigeria 27352 C 240 236
151 Nigeria 27353 A 240 236
152 Nigeria 27354 A G 240 232 Gln51Gln
153 Nigeria 27355 T 240 236
154 Nigeria 27356 T 240 237
155 Nigeria 27357 A 240 237
156 Nigeria 27358 G 240 236
157 Nigeria 27359 A 240 236
158 Nigeria 27360 T 240 237
159 Nigeria 27361 G 239 236
160 Nigeria 27362 A 239 236
161 Nigeria 27363 A 239 238
162 Nigeria 27364 G 239 238
163 Nigeria 27365 A 238 237
164 Nigeria 27366 G 238 237
165 Nigeria 27367 C 238 237
166 Nigeria 27368 A 238 237
167 Nigeria 27369 A 238 238
168 Nigeria 27370 C 238 238
169 Nigeria 27371 C 238 238
170 Nigeria 27372 A 238 238
171 Nigeria 27373 A 238 238
172 Nigeria 27374 T 238 238
173 Nigeria 27375 G 238 238
174 Nigeria 27376 G 238 238
175 Nigeria 27377 A 237 237
176 Nigeria 27378 G 237 237
177 Nigeria 27379 A 236 236
178 Nigeria 27380 T C 236 235 Ile60Thr
179 Nigeria 27381 T 235 235
180 Nigeria 27382 G 235 235
181 Nigeria 27383 A 235 235
182 Nigeria 27384 T 235 235
183 Nigeria 27385 T 234 234
184 Nigeria 27386 A 234 234
185 Nigeria 27387 A 233 233