National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                      
-     186                                      
?                                            
A     3                                      
D     12   2     1                            
E 1   16                                      
F     9                                      
G                                            
H     3                                      
I     30                               1      
K     12                                      
L     24                 2                    
M     9                                      
N     12                                      
P     3                                      
Q     9                                      
R     3                                      
S     12                                      
T     9             1                        
V     9                                      
W     3                 1                    
Y     6                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mexico 27202 A 596 596
1 Mexico 27203 T 596 596
2 Mexico 27204 G 596 596
3 Mexico 27205 T 596 596
4 Mexico 27206 T 596 596
5 Mexico 27207 T 596 596
6 Mexico 27208 C 596 596
7 Mexico 27209 A 596 596
8 Mexico 27210 T 596 596
9 Mexico 27211 C 596 596
10 Mexico 27212 T 596 596
11 Mexico 27213 C T 596 595 Leu4Leu
12 Mexico 27214 G 596 596
13 Mexico 27215 T 596 596
14 Mexico 27216 T 596 596
15 Mexico 27217 G 596 596
16 Mexico 27218 A 596 596
17 Mexico 27219 C T 596 595 Asp6Asp
18 Mexico 27220 T 596 596
19 Mexico 27221 T 596 596
20 Mexico 27222 T 596 596
21 Mexico 27223 C 596 596
22 Mexico 27224 A 596 596
23 Mexico 27225 G 596 596
24 Mexico 27226 G 596 596
25 Mexico 27227 T 596 596
26 Mexico 27228 T 596 596
27 Mexico 27229 A 596 596
28 Mexico 27230 C 596 596
29 Mexico 27231 T 596 596
30 Mexico 27232 A 596 596
31 Mexico 27233 T 596 596
32 Mexico 27234 A 596 596
33 Mexico 27235 G 596 596
34 Mexico 27236 C 596 596
35 Mexico 27237 A 596 596
36 Mexico 27238 G 596 596
37 Mexico 27239 A 596 596
38 Mexico 27240 G 596 596
39 Mexico 27241 A 596 596
40 Mexico 27242 T C 596 595 Ile14Thr
41 Mexico 27243 A 596 596
42 Mexico 27244 T 596 596
43 Mexico 27245 T 596 596
44 Mexico 27246 A 596 596
45 Mexico 27247 C T 596 594 Leu16Leu
46 Mexico 27248 T 596 596
47 Mexico 27249 A 596 596
48 Mexico 27250 A 596 596
49 Mexico 27251 T 596 596
50 Mexico 27252 T 596 596
51 Mexico 27253 A 596 596
52 Mexico 27254 T 596 596
53 Mexico 27255 T 596 596
54 Mexico 27256 A 596 596
55 Mexico 27257 T 596 596
56 Mexico 27258 G 596 596
57 Mexico 27259 A 596 596
58 Mexico 27260 G 596 596
59 Mexico 27261 G 596 596
60 Mexico 27262 A 596 596
61 Mexico 27263 C T 596 593 Thr21Ile
62 Mexico 27264 T 596 596
63 Mexico 27265 T 596 596
64 Mexico 27266 T 596 596
65 Mexico 27267 T 596 596
66 Mexico 27268 A 596 596
67 Mexico 27269 A 596 596
68 Mexico 27270 A 596 596
69 Mexico 27271 G 596 596
70 Mexico 27272 T 596 596
71 Mexico 27273 T 596 596
72 Mexico 27274 T 596 596
73 Mexico 27275 C 596 596
74 Mexico 27276 C 596 596
75 Mexico 27277 A 596 596
76 Mexico 27278 T 596 596
77 Mexico 27279 T 596 596
78 Mexico 27280 T 596 596
79 Mexico 27281 G T 596 595 Trp27Leu
80 Mexico 27282 G 596 596
81 Mexico 27283 A 596 596
82 Mexico 27284 A 596 596
83 Mexico 27285 T 596 596
84 Mexico 27286 C 596 596
85 Mexico 27287 T 596 596
86 Mexico 27288 T 596 596
87 Mexico 27289 G 596 596
88 Mexico 27290 A 596 596
89 Mexico 27291 T 596 596
90 Mexico 27292 T 596 596
91 Mexico 27293 A 596 596
92 Mexico 27294 C T 596 595 Tyr31Tyr
93 Mexico 27295 A 596 596
94 Mexico 27296 T 596 596
95 Mexico 27297 C 596 596
96 Mexico 27298 A 596 596
97 Mexico 27299 T 596 596
98 Mexico 27300 A 596 596
99 Mexico 27301 A 596 596
100 Mexico 27302 A 596 596
101 Mexico 27303 C 596 596
102 Mexico 27304 C 596 596
103 Mexico 27305 T 596 595
104 Mexico 27306 C 596 595
105 Mexico 27307 A 596 595
106 Mexico 27308 T 596 595
107 Mexico 27309 A 596 595
108 Mexico 27310 A 596 595
109 Mexico 27311 T 596 595
110 Mexico 27312 T 596 595
111 Mexico 27313 A 596 595
112 Mexico 27314 A 596 595
113 Mexico 27315 A 596 595
114 Mexico 27316 A 596 595
115 Mexico 27317 A 596 595
116 Mexico 27318 T 596 595
117 Mexico 27319 T 596 595
118 Mexico 27320 T 596 595
119 Mexico 27321 A 596 596
120 Mexico 27322 T 596 596
121 Mexico 27323 C 596 595
122 Mexico 27324 T 596 595
123 Mexico 27325 A 596 595
124 Mexico 27326 A 596 595
125 Mexico 27327 G 596 595
126 Mexico 27328 T 596 596
127 Mexico 27329 C 596 596
128 Mexico 27330 A 596 596
129 Mexico 27331 C 596 596
130 Mexico 27332 T 596 596
131 Mexico 27333 A 596 596
132 Mexico 27334 A 596 596
133 Mexico 27335 C 596 596
134 Mexico 27336 T 596 596
135 Mexico 27337 G 596 596
136 Mexico 27338 A 596 596
137 Mexico 27339 G 596 596
138 Mexico 27340 A 596 596
139 Mexico 27341 A 596 596
140 Mexico 27342 T 596 596
141 Mexico 27343 A 596 596
142 Mexico 27344 A 596 596
143 Mexico 27345 A 596 596
144 Mexico 27346 T 596 596
145 Mexico 27347 A 596 596
146 Mexico 27348 T 596 596
147 Mexico 27349 T 596 596
148 Mexico 27350 C 596 596
149 Mexico 27351 T 596 596
150 Mexico 27352 C 596 596
151 Mexico 27353 A 596 596
152 Mexico 27354 A 596 596
153 Mexico 27355 T 596 596
154 Mexico 27356 T 596 596
155 Mexico 27357 A 596 596
156 Mexico 27358 G 596 596
157 Mexico 27359 A 596 596
158 Mexico 27360 T 596 596
159 Mexico 27361 G 596 596
160 Mexico 27362 A 596 596
161 Mexico 27363 A 596 596
162 Mexico 27364 G T 596 595 Glu55*
163 Mexico 27365 A 596 596
164 Mexico 27366 G 596 596
165 Mexico 27367 C 596 596
166 Mexico 27368 A 596 596
167 Mexico 27369 A 596 596
168 Mexico 27370 C 596 596
169 Mexico 27371 C 596 596
170 Mexico 27372 A 596 596
171 Mexico 27373 A 596 596
172 Mexico 27374 T 596 596
173 Mexico 27375 G 596 596
174 Mexico 27376 G 596 596
175 Mexico 27377 A 596 596
176 Mexico 27378 G 596 596
177 Mexico 27379 A 596 596
178 Mexico 27380 T 596 596
179 Mexico 27381 T 596 596
180 Mexico 27382 G 596 596
181 Mexico 27383 A G 596 595 Asp61Gly
182 Mexico 27384 T C 596 594 Asp61Asp
183 Mexico 27385 T 596 596
184 Mexico 27386 A 596 596
185 Mexico 27387 A 596 596