National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 27202 A 13 13
1 Malta 27203 T 13 13
2 Malta 27204 G 13 13
3 Malta 27205 T 13 13
4 Malta 27206 T 13 13
5 Malta 27207 T 13 13
6 Malta 27208 C 13 13
7 Malta 27209 A 13 13
8 Malta 27210 T 13 13
9 Malta 27211 C 13 13
10 Malta 27212 T 13 13
11 Malta 27213 C 13 13
12 Malta 27214 G 13 13
13 Malta 27215 T 13 13
14 Malta 27216 T 13 13
15 Malta 27217 G 13 13
16 Malta 27218 A 13 13
17 Malta 27219 C 13 13
18 Malta 27220 T 13 13
19 Malta 27221 T 13 13
20 Malta 27222 T 13 13
21 Malta 27223 C 13 13
22 Malta 27224 A 13 13
23 Malta 27225 G 13 13
24 Malta 27226 G 13 13
25 Malta 27227 T 13 13
26 Malta 27228 T 13 13
27 Malta 27229 A 13 13
28 Malta 27230 C 13 13
29 Malta 27231 T 13 13
30 Malta 27232 A 13 13
31 Malta 27233 T 13 13
32 Malta 27234 A 13 13
33 Malta 27235 G 13 13
34 Malta 27236 C 13 13
35 Malta 27237 A 13 13
36 Malta 27238 G 13 13
37 Malta 27239 A 13 13
38 Malta 27240 G 13 13
39 Malta 27241 A 13 13
40 Malta 27242 T 13 13
41 Malta 27243 A 13 13
42 Malta 27244 T 13 13
43 Malta 27245 T 13 13
44 Malta 27246 A 13 13
45 Malta 27247 C 13 13
46 Malta 27248 T 13 13
47 Malta 27249 A 13 13
48 Malta 27250 A 13 13
49 Malta 27251 T 13 13
50 Malta 27252 T 13 13
51 Malta 27253 A 13 13
52 Malta 27254 T 13 13
53 Malta 27255 T 13 13
54 Malta 27256 A 13 13
55 Malta 27257 T 13 13
56 Malta 27258 G 13 13
57 Malta 27259 A 13 13
58 Malta 27260 G 13 13
59 Malta 27261 G 13 13
60 Malta 27262 A 13 13
61 Malta 27263 C 13 13
62 Malta 27264 T 13 13
63 Malta 27265 T 13 13
64 Malta 27266 T 13 13
65 Malta 27267 T 13 13
66 Malta 27268 A 13 13
67 Malta 27269 A 13 13
68 Malta 27270 A 13 13
69 Malta 27271 G 13 13
70 Malta 27272 T 13 13
71 Malta 27273 T 13 13
72 Malta 27274 T 13 13
73 Malta 27275 C 13 13
74 Malta 27276 C 13 13
75 Malta 27277 A 13 13
76 Malta 27278 T 13 13
77 Malta 27279 T 13 13
78 Malta 27280 T 13 13
79 Malta 27281 G 13 13
80 Malta 27282 G 13 13
81 Malta 27283 A 13 13
82 Malta 27284 A 13 13
83 Malta 27285 T 13 13
84 Malta 27286 C 13 13
85 Malta 27287 T 13 13
86 Malta 27288 T 13 13
87 Malta 27289 G 13 13
88 Malta 27290 A 13 13
89 Malta 27291 T 13 13
90 Malta 27292 T 13 13
91 Malta 27293 A 13 13
92 Malta 27294 C 13 13
93 Malta 27295 A 13 13
94 Malta 27296 T 13 13
95 Malta 27297 C 13 13
96 Malta 27298 A 13 13
97 Malta 27299 T 13 13
98 Malta 27300 A 13 13
99 Malta 27301 A 13 13
100 Malta 27302 A 13 13
101 Malta 27303 C 13 13
102 Malta 27304 C 13 13
103 Malta 27305 T 13 13
104 Malta 27306 C 13 13
105 Malta 27307 A 13 13
106 Malta 27308 T 13 13
107 Malta 27309 A 13 13
108 Malta 27310 A 13 13
109 Malta 27311 T 13 13
110 Malta 27312 T 13 13
111 Malta 27313 A 13 13
112 Malta 27314 A 13 13
113 Malta 27315 A 13 13
114 Malta 27316 A 13 13
115 Malta 27317 A 13 13
116 Malta 27318 T 13 13
117 Malta 27319 T 13 13
118 Malta 27320 T 13 13
119 Malta 27321 A 13 13
120 Malta 27322 T 13 13
121 Malta 27323 C 13 13
122 Malta 27324 T 13 13
123 Malta 27325 A 13 13
124 Malta 27326 A 13 13
125 Malta 27327 G 13 13
126 Malta 27328 T 13 13
127 Malta 27329 C 13 13
128 Malta 27330 A 13 13
129 Malta 27331 C 13 13
130 Malta 27332 T 13 13
131 Malta 27333 A 13 13
132 Malta 27334 A 13 13
133 Malta 27335 C 13 13
134 Malta 27336 T 13 13
135 Malta 27337 G 13 13
136 Malta 27338 A 13 13
137 Malta 27339 G 13 13
138 Malta 27340 A 13 13
139 Malta 27341 A 13 13
140 Malta 27342 T 13 13
141 Malta 27343 A 13 13
142 Malta 27344 A 13 13
143 Malta 27345 A 13 13
144 Malta 27346 T 13 13
145 Malta 27347 A 13 13
146 Malta 27348 T 13 13
147 Malta 27349 T 13 13
148 Malta 27350 C 13 13
149 Malta 27351 T 13 13
150 Malta 27352 C 13 13
151 Malta 27353 A 13 13
152 Malta 27354 A 13 13
153 Malta 27355 T 13 13
154 Malta 27356 T 13 13
155 Malta 27357 A 13 13
156 Malta 27358 G 13 13
157 Malta 27359 A 13 13
158 Malta 27360 T 13 13
159 Malta 27361 G 13 13
160 Malta 27362 A 13 13
161 Malta 27363 A 13 13
162 Malta 27364 G 13 13
163 Malta 27365 A 13 13
164 Malta 27366 G 13 13
165 Malta 27367 C 13 13
166 Malta 27368 A 13 13
167 Malta 27369 A 13 13
168 Malta 27370 C 13 13
169 Malta 27371 C 13 13
170 Malta 27372 A 13 13
171 Malta 27373 A 13 13
172 Malta 27374 T 13 13
173 Malta 27375 G 13 13
174 Malta 27376 G 13 13
175 Malta 27377 A 13 13
176 Malta 27378 G 13 13
177 Malta 27379 A 13 13
178 Malta 27380 T 13 13
179 Malta 27381 T 13 13
180 Malta 27382 G 13 13
181 Malta 27383 A 13 13
182 Malta 27384 T 13 13
183 Malta 27385 T 13 13
184 Malta 27386 A 13 13
185 Malta 27387 A 13 13