National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 27202 A 24 24
1 Mali 27203 T 24 24
2 Mali 27204 G 24 24
3 Mali 27205 T 24 24
4 Mali 27206 T 24 24
5 Mali 27207 T 24 24
6 Mali 27208 C 24 24
7 Mali 27209 A 24 24
8 Mali 27210 T 24 24
9 Mali 27211 C 24 24
10 Mali 27212 T 24 24
11 Mali 27213 C 24 24
12 Mali 27214 G 24 24
13 Mali 27215 T 24 24
14 Mali 27216 T 24 24
15 Mali 27217 G 24 24
16 Mali 27218 A 24 24
17 Mali 27219 C 24 24
18 Mali 27220 T 24 24
19 Mali 27221 T 24 24
20 Mali 27222 T 24 24
21 Mali 27223 C 24 24
22 Mali 27224 A 24 24
23 Mali 27225 G 24 24
24 Mali 27226 G 24 24
25 Mali 27227 T 24 24
26 Mali 27228 T 24 24
27 Mali 27229 A 24 24
28 Mali 27230 C 24 24
29 Mali 27231 T 24 24
30 Mali 27232 A 24 24
31 Mali 27233 T 24 24
32 Mali 27234 A 24 24
33 Mali 27235 G 24 24
34 Mali 27236 C 24 24
35 Mali 27237 A 24 24
36 Mali 27238 G 24 24
37 Mali 27239 A 24 24
38 Mali 27240 G 24 24
39 Mali 27241 A 24 24
40 Mali 27242 T 24 24
41 Mali 27243 A 24 24
42 Mali 27244 T 24 24
43 Mali 27245 T 24 24
44 Mali 27246 A 24 24
45 Mali 27247 C 24 24
46 Mali 27248 T 24 24
47 Mali 27249 A 24 24
48 Mali 27250 A 24 24
49 Mali 27251 T 24 24
50 Mali 27252 T 24 24
51 Mali 27253 A 24 24
52 Mali 27254 T 24 24
53 Mali 27255 T 24 24
54 Mali 27256 A 24 24
55 Mali 27257 T 24 24
56 Mali 27258 G 24 24
57 Mali 27259 A 24 24
58 Mali 27260 G 24 24
59 Mali 27261 G 24 24
60 Mali 27262 A 24 24
61 Mali 27263 C 24 24
62 Mali 27264 T 24 24
63 Mali 27265 T 24 24
64 Mali 27266 T 24 24
65 Mali 27267 T 24 24
66 Mali 27268 A 24 24
67 Mali 27269 A 24 24
68 Mali 27270 A 24 24
69 Mali 27271 G 24 24
70 Mali 27272 T 24 24
71 Mali 27273 T 24 24
72 Mali 27274 T 24 24
73 Mali 27275 C 24 24
74 Mali 27276 C 24 24
75 Mali 27277 A 24 24
76 Mali 27278 T 24 24
77 Mali 27279 T 24 24
78 Mali 27280 T 24 24
79 Mali 27281 G 24 24
80 Mali 27282 G 24 24
81 Mali 27283 A 24 24
82 Mali 27284 A 24 24
83 Mali 27285 T 24 24
84 Mali 27286 C 24 24
85 Mali 27287 T 24 24
86 Mali 27288 T 24 24
87 Mali 27289 G 24 24
88 Mali 27290 A 24 24
89 Mali 27291 T 24 24
90 Mali 27292 T 24 24
91 Mali 27293 A 24 24
92 Mali 27294 C 24 24
93 Mali 27295 A 24 24
94 Mali 27296 T 24 24
95 Mali 27297 C 24 24
96 Mali 27298 A 24 24
97 Mali 27299 T 24 24
98 Mali 27300 A 24 24
99 Mali 27301 A 24 24
100 Mali 27302 A 24 24
101 Mali 27303 C 24 24
102 Mali 27304 C 24 24
103 Mali 27305 T 24 24
104 Mali 27306 C 24 24
105 Mali 27307 A 24 24
106 Mali 27308 T 24 24
107 Mali 27309 A 24 24
108 Mali 27310 A 24 24
109 Mali 27311 T 24 24
110 Mali 27312 T 24 24
111 Mali 27313 A 24 24
112 Mali 27314 A 24 24
113 Mali 27315 A 24 24
114 Mali 27316 A 24 24
115 Mali 27317 A 24 24
116 Mali 27318 T 24 24
117 Mali 27319 T 24 24
118 Mali 27320 T 24 24
119 Mali 27321 A 24 24
120 Mali 27322 T 24 24
121 Mali 27323 C 24 24
122 Mali 27324 T 24 24
123 Mali 27325 A 24 24
124 Mali 27326 A 24 24
125 Mali 27327 G 24 24
126 Mali 27328 T 24 24
127 Mali 27329 C 24 24
128 Mali 27330 A 24 24
129 Mali 27331 C 24 24
130 Mali 27332 T 24 24
131 Mali 27333 A 24 24
132 Mali 27334 A 24 24
133 Mali 27335 C 24 24
134 Mali 27336 T 24 24
135 Mali 27337 G 24 24
136 Mali 27338 A 24 24
137 Mali 27339 G 24 24
138 Mali 27340 A 24 24
139 Mali 27341 A 24 24
140 Mali 27342 T 24 24
141 Mali 27343 A 24 24
142 Mali 27344 A 24 24
143 Mali 27345 A 24 24
144 Mali 27346 T 24 24
145 Mali 27347 A 24 24
146 Mali 27348 T 24 24
147 Mali 27349 T 24 24
148 Mali 27350 C 24 24
149 Mali 27351 T 24 24
150 Mali 27352 C 24 24
151 Mali 27353 A 24 24
152 Mali 27354 A 24 24
153 Mali 27355 T 24 24
154 Mali 27356 T 24 24
155 Mali 27357 A 24 24
156 Mali 27358 G 24 24
157 Mali 27359 A 24 24
158 Mali 27360 T 24 24
159 Mali 27361 G 24 24
160 Mali 27362 A 24 24
161 Mali 27363 A 24 24
162 Mali 27364 G 24 24
163 Mali 27365 A 24 24
164 Mali 27366 G 24 24
165 Mali 27367 C 24 24
166 Mali 27368 A 24 24
167 Mali 27369 A 24 24
168 Mali 27370 C 24 24
169 Mali 27371 C 24 24
170 Mali 27372 A 24 24
171 Mali 27373 A 24 24
172 Mali 27374 T 24 24
173 Mali 27375 G 24 24
174 Mali 27376 G 24 24
175 Mali 27377 A 24 24
176 Mali 27378 G 24 24
177 Mali 27379 A 24 24
178 Mali 27380 T 24 24
179 Mali 27381 T 24 24
180 Mali 27382 G 24 24
181 Mali 27383 A 24 24
182 Mali 27384 T 24 24
183 Mali 27385 T 24 24
184 Mali 27386 A 24 24
185 Mali 27387 A 24 24