National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                           1        
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 27202 A 318 318
1 Malaysia 27203 T 318 318
2 Malaysia 27204 G 318 318
3 Malaysia 27205 T 318 318
4 Malaysia 27206 T 318 318
5 Malaysia 27207 T 318 318
6 Malaysia 27208 C 318 318
7 Malaysia 27209 A 318 318
8 Malaysia 27210 T 318 318
9 Malaysia 27211 C 318 318
10 Malaysia 27212 T 318 318
11 Malaysia 27213 C 318 318
12 Malaysia 27214 G 318 318
13 Malaysia 27215 T 318 318
14 Malaysia 27216 T 318 318
15 Malaysia 27217 G 318 318
16 Malaysia 27218 A 318 318
17 Malaysia 27219 C 318 318
18 Malaysia 27220 T 318 318
19 Malaysia 27221 T 318 318
20 Malaysia 27222 T 318 318
21 Malaysia 27223 C 318 318
22 Malaysia 27224 A 318 318
23 Malaysia 27225 G 318 318
24 Malaysia 27226 G 318 318
25 Malaysia 27227 T 318 318
26 Malaysia 27228 T 318 318
27 Malaysia 27229 A 318 318
28 Malaysia 27230 C 318 318
29 Malaysia 27231 T 318 318
30 Malaysia 27232 A 318 318
31 Malaysia 27233 T 318 318
32 Malaysia 27234 A 318 318
33 Malaysia 27235 G 318 318
34 Malaysia 27236 C 318 318
35 Malaysia 27237 A 318 318
36 Malaysia 27238 G 318 318
37 Malaysia 27239 A 318 318
38 Malaysia 27240 G 318 318
39 Malaysia 27241 A 318 318
40 Malaysia 27242 T 318 318
41 Malaysia 27243 A 318 318
42 Malaysia 27244 T 318 318
43 Malaysia 27245 T 318 318
44 Malaysia 27246 A 318 318
45 Malaysia 27247 C 318 318
46 Malaysia 27248 T 318 318
47 Malaysia 27249 A 318 318
48 Malaysia 27250 A 318 318
49 Malaysia 27251 T 318 318
50 Malaysia 27252 T 318 318
51 Malaysia 27253 A 318 318
52 Malaysia 27254 T 318 318
53 Malaysia 27255 T 318 318
54 Malaysia 27256 A 318 318
55 Malaysia 27257 T 318 318
56 Malaysia 27258 G 318 318
57 Malaysia 27259 A 318 318
58 Malaysia 27260 G 318 318
59 Malaysia 27261 G T 318 315 Arg20Ser
60 Malaysia 27262 A 318 318
61 Malaysia 27263 C 318 318
62 Malaysia 27264 T 318 318
63 Malaysia 27265 T 318 318
64 Malaysia 27266 T 318 318
65 Malaysia 27267 T 318 318
66 Malaysia 27268 A 318 318
67 Malaysia 27269 A 318 318
68 Malaysia 27270 A 318 318
69 Malaysia 27271 G 318 318
70 Malaysia 27272 T 318 318
71 Malaysia 27273 T 318 318
72 Malaysia 27274 T 318 318
73 Malaysia 27275 C 318 318
74 Malaysia 27276 C 318 318
75 Malaysia 27277 A 318 318
76 Malaysia 27278 T 318 318
77 Malaysia 27279 T 318 318
78 Malaysia 27280 T 318 318
79 Malaysia 27281 G 318 318
80 Malaysia 27282 G 318 318
81 Malaysia 27283 A 318 318
82 Malaysia 27284 A 318 318
83 Malaysia 27285 T 318 318
84 Malaysia 27286 C 318 318
85 Malaysia 27287 T 318 318
86 Malaysia 27288 T 318 318
87 Malaysia 27289 G 318 318
88 Malaysia 27290 A 318 318
89 Malaysia 27291 T 318 318
90 Malaysia 27292 T 318 318
91 Malaysia 27293 A 318 318
92 Malaysia 27294 C 318 318
93 Malaysia 27295 A 318 318
94 Malaysia 27296 T 318 318
95 Malaysia 27297 C 318 318
96 Malaysia 27298 A 318 318
97 Malaysia 27299 T 318 318
98 Malaysia 27300 A 318 318
99 Malaysia 27301 A 318 318
100 Malaysia 27302 A 318 318
101 Malaysia 27303 C 318 318
102 Malaysia 27304 C 318 318
103 Malaysia 27305 T 318 318
104 Malaysia 27306 C 318 318
105 Malaysia 27307 A 318 318
106 Malaysia 27308 T 318 318
107 Malaysia 27309 A 318 318
108 Malaysia 27310 A 318 318
109 Malaysia 27311 T 318 318
110 Malaysia 27312 T 318 318
111 Malaysia 27313 A 318 318
112 Malaysia 27314 A 318 318
113 Malaysia 27315 A 318 318
114 Malaysia 27316 A 318 318
115 Malaysia 27317 A 318 318
116 Malaysia 27318 T 318 318
117 Malaysia 27319 T 318 318
118 Malaysia 27320 T 318 318
119 Malaysia 27321 A 318 318
120 Malaysia 27322 T 318 318
121 Malaysia 27323 C 318 318
122 Malaysia 27324 T 318 318
123 Malaysia 27325 A 318 318
124 Malaysia 27326 A 318 318
125 Malaysia 27327 G 318 318
126 Malaysia 27328 T 318 318
127 Malaysia 27329 C 318 318
128 Malaysia 27330 A 318 318
129 Malaysia 27331 C 318 318
130 Malaysia 27332 T 318 318
131 Malaysia 27333 A 318 318
132 Malaysia 27334 A 318 318
133 Malaysia 27335 C 318 318
134 Malaysia 27336 T 318 318
135 Malaysia 27337 G 318 318
136 Malaysia 27338 A 318 318
137 Malaysia 27339 G 318 318
138 Malaysia 27340 A 318 318
139 Malaysia 27341 A 318 318
140 Malaysia 27342 T 318 318
141 Malaysia 27343 A 318 318
142 Malaysia 27344 A 318 318
143 Malaysia 27345 A 318 318
144 Malaysia 27346 T 318 318
145 Malaysia 27347 A 318 318
146 Malaysia 27348 T 318 318
147 Malaysia 27349 T 318 318
148 Malaysia 27350 C 318 318
149 Malaysia 27351 T 318 318
150 Malaysia 27352 C 318 318
151 Malaysia 27353 A 318 318
152 Malaysia 27354 A 318 318
153 Malaysia 27355 T 318 318
154 Malaysia 27356 T 318 318
155 Malaysia 27357 A 318 318
156 Malaysia 27358 G 318 318
157 Malaysia 27359 A 318 318
158 Malaysia 27360 T 318 318
159 Malaysia 27361 G 318 318
160 Malaysia 27362 A 318 318
161 Malaysia 27363 A 318 318
162 Malaysia 27364 G 318 318
163 Malaysia 27365 A 318 318
164 Malaysia 27366 G 318 318
165 Malaysia 27367 C 318 318
166 Malaysia 27368 A 318 318
167 Malaysia 27369 A 318 318
168 Malaysia 27370 C 318 318
169 Malaysia 27371 C 318 318
170 Malaysia 27372 A 318 318
171 Malaysia 27373 A 318 318
172 Malaysia 27374 T 318 318
173 Malaysia 27375 G 318 318
174 Malaysia 27376 G 318 318
175 Malaysia 27377 A 318 318
176 Malaysia 27378 G 318 318
177 Malaysia 27379 A 318 318
178 Malaysia 27380 T 318 318
179 Malaysia 27381 T 318 318
180 Malaysia 27382 G 318 318
181 Malaysia 27383 A 318 318
182 Malaysia 27384 T C 318 317 Asp61Asp
183 Malaysia 27385 T 318 318
184 Malaysia 27386 A 318 318
185 Malaysia 27387 A 318 318