National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 27202 A 6 6
1 Madagascar 27203 T 6 6
2 Madagascar 27204 G 6 6
3 Madagascar 27205 T 6 6
4 Madagascar 27206 T 6 6
5 Madagascar 27207 T 6 6
6 Madagascar 27208 C 6 6
7 Madagascar 27209 A 6 6
8 Madagascar 27210 T 6 6
9 Madagascar 27211 C 6 6
10 Madagascar 27212 T 6 6
11 Madagascar 27213 C 6 6
12 Madagascar 27214 G 6 6
13 Madagascar 27215 T 6 6
14 Madagascar 27216 T 6 6
15 Madagascar 27217 G 6 6
16 Madagascar 27218 A 6 6
17 Madagascar 27219 C 6 6
18 Madagascar 27220 T 6 6
19 Madagascar 27221 T 6 6
20 Madagascar 27222 T 6 6
21 Madagascar 27223 C 6 6
22 Madagascar 27224 A 6 6
23 Madagascar 27225 G 6 6
24 Madagascar 27226 G 6 6
25 Madagascar 27227 T 6 6
26 Madagascar 27228 T 6 6
27 Madagascar 27229 A 6 6
28 Madagascar 27230 C 6 6
29 Madagascar 27231 T 6 6
30 Madagascar 27232 A 6 6
31 Madagascar 27233 T 6 6
32 Madagascar 27234 A 6 6
33 Madagascar 27235 G 6 6
34 Madagascar 27236 C 6 6
35 Madagascar 27237 A 6 6
36 Madagascar 27238 G 6 6
37 Madagascar 27239 A 6 6
38 Madagascar 27240 G 6 6
39 Madagascar 27241 A 6 6
40 Madagascar 27242 T 6 6
41 Madagascar 27243 A 6 6
42 Madagascar 27244 T 6 6
43 Madagascar 27245 T 6 6
44 Madagascar 27246 A 6 6
45 Madagascar 27247 C 6 6
46 Madagascar 27248 T 6 6
47 Madagascar 27249 A 6 6
48 Madagascar 27250 A 6 6
49 Madagascar 27251 T 6 6
50 Madagascar 27252 T 6 6
51 Madagascar 27253 A 6 6
52 Madagascar 27254 T 6 6
53 Madagascar 27255 T 6 6
54 Madagascar 27256 A 6 6
55 Madagascar 27257 T 6 6
56 Madagascar 27258 G 6 6
57 Madagascar 27259 A 6 6
58 Madagascar 27260 G 6 6
59 Madagascar 27261 G 6 6
60 Madagascar 27262 A 6 6
61 Madagascar 27263 C 6 6
62 Madagascar 27264 T 6 6
63 Madagascar 27265 T 6 6
64 Madagascar 27266 T 6 6
65 Madagascar 27267 T 6 6
66 Madagascar 27268 A 6 6
67 Madagascar 27269 A 6 6
68 Madagascar 27270 A 6 6
69 Madagascar 27271 G 6 6
70 Madagascar 27272 T 6 6
71 Madagascar 27273 T 6 6
72 Madagascar 27274 T 6 6
73 Madagascar 27275 C 6 6
74 Madagascar 27276 C 6 6
75 Madagascar 27277 A 6 6
76 Madagascar 27278 T 6 6
77 Madagascar 27279 T 6 6
78 Madagascar 27280 T 6 6
79 Madagascar 27281 G 6 6
80 Madagascar 27282 G 6 6
81 Madagascar 27283 A 6 6
82 Madagascar 27284 A 6 6
83 Madagascar 27285 T 6 6
84 Madagascar 27286 C 6 6
85 Madagascar 27287 T 6 6
86 Madagascar 27288 T 6 6
87 Madagascar 27289 G 6 6
88 Madagascar 27290 A 6 6
89 Madagascar 27291 T 6 6
90 Madagascar 27292 T 6 6
91 Madagascar 27293 A 6 6
92 Madagascar 27294 C 6 6
93 Madagascar 27295 A 6 6
94 Madagascar 27296 T 6 6
95 Madagascar 27297 C 6 6
96 Madagascar 27298 A 6 6
97 Madagascar 27299 T 6 6
98 Madagascar 27300 A 6 6
99 Madagascar 27301 A 6 6
100 Madagascar 27302 A 6 6
101 Madagascar 27303 C 6 6
102 Madagascar 27304 C 6 6
103 Madagascar 27305 T 6 6
104 Madagascar 27306 C 6 6
105 Madagascar 27307 A 6 6
106 Madagascar 27308 T 6 6
107 Madagascar 27309 A 6 6
108 Madagascar 27310 A 6 6
109 Madagascar 27311 T 6 6
110 Madagascar 27312 T 6 6
111 Madagascar 27313 A 6 6
112 Madagascar 27314 A 6 6
113 Madagascar 27315 A 6 6
114 Madagascar 27316 A 6 6
115 Madagascar 27317 A 6 6
116 Madagascar 27318 T 6 6
117 Madagascar 27319 T 6 6
118 Madagascar 27320 T 6 6
119 Madagascar 27321 A 6 6
120 Madagascar 27322 T 6 6
121 Madagascar 27323 C 6 6
122 Madagascar 27324 T 6 6
123 Madagascar 27325 A 6 6
124 Madagascar 27326 A 6 6
125 Madagascar 27327 G 6 6
126 Madagascar 27328 T 6 6
127 Madagascar 27329 C 6 6
128 Madagascar 27330 A 6 6
129 Madagascar 27331 C 6 6
130 Madagascar 27332 T 6 6
131 Madagascar 27333 A 6 6
132 Madagascar 27334 A 6 6
133 Madagascar 27335 C 6 6
134 Madagascar 27336 T 6 6
135 Madagascar 27337 G 6 6
136 Madagascar 27338 A 6 6
137 Madagascar 27339 G 6 6
138 Madagascar 27340 A 6 6
139 Madagascar 27341 A 6 6
140 Madagascar 27342 T 6 6
141 Madagascar 27343 A 6 6
142 Madagascar 27344 A 6 6
143 Madagascar 27345 A 6 6
144 Madagascar 27346 T 6 6
145 Madagascar 27347 A 6 6
146 Madagascar 27348 T 6 6
147 Madagascar 27349 T 6 6
148 Madagascar 27350 C 6 6
149 Madagascar 27351 T 6 6
150 Madagascar 27352 C 6 6
151 Madagascar 27353 A 6 6
152 Madagascar 27354 A 6 6
153 Madagascar 27355 T 6 6
154 Madagascar 27356 T 6 6
155 Madagascar 27357 A 6 6
156 Madagascar 27358 G 6 6
157 Madagascar 27359 A 6 6
158 Madagascar 27360 T 6 6
159 Madagascar 27361 G 6 6
160 Madagascar 27362 A 6 6
161 Madagascar 27363 A 6 6
162 Madagascar 27364 G 6 6
163 Madagascar 27365 A 6 6
164 Madagascar 27366 G 6 6
165 Madagascar 27367 C 6 6
166 Madagascar 27368 A 6 6
167 Madagascar 27369 A 6 6
168 Madagascar 27370 C 6 6
169 Madagascar 27371 C 6 6
170 Madagascar 27372 A 6 6
171 Madagascar 27373 A 6 6
172 Madagascar 27374 T 6 6
173 Madagascar 27375 G 6 6
174 Madagascar 27376 G 6 6
175 Madagascar 27377 A 6 6
176 Madagascar 27378 G 6 6
177 Madagascar 27379 A 6 6
178 Madagascar 27380 T 6 6
179 Madagascar 27381 T 6 6
180 Madagascar 27382 G 6 6
181 Madagascar 27383 A 6 6
182 Madagascar 27384 T 6 6
183 Madagascar 27385 T 6 6
184 Madagascar 27386 A 6 6
185 Madagascar 27387 A 6 6