National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                             1      
D     12   1                               2
E     16                                    
F     9                                    
H     3                     1              
I     30           1                 1 1    
K     12                   1                
L     24               3                    
M     9           1                        
N     12                   1                
P     3               1                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                           1        
T     9           1                        
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 27202 A 2321 2321
1 Luxembourg 27203 T 2321 2321
2 Luxembourg 27204 G 2321 2321
3 Luxembourg 27205 T 2321 2321
4 Luxembourg 27206 T 2321 2321
5 Luxembourg 27207 T 2321 2321
6 Luxembourg 27208 C 2321 2321
7 Luxembourg 27209 A C 2321 2320 His3Pro
8 Luxembourg 27210 T 2321 2321
9 Luxembourg 27211 C 2321 2321
10 Luxembourg 27212 T 2321 2321
11 Luxembourg 27213 C T 2321 2318 Leu4Leu
12 Luxembourg 27214 G 2321 2321
13 Luxembourg 27215 T 2321 2321
14 Luxembourg 27216 T 2322 2322
15 Luxembourg 27217 G 2322 2322
16 Luxembourg 27218 A 2322 2322
17 Luxembourg 27219 C 2322 2322
18 Luxembourg 27220 T 2322 2322
19 Luxembourg 27221 T 2322 2322
20 Luxembourg 27222 T 2322 2322
21 Luxembourg 27223 C 2322 2322
22 Luxembourg 27224 A 2322 2322
23 Luxembourg 27225 G 2322 2322
24 Luxembourg 27226 G 2322 2322
25 Luxembourg 27227 T 2322 2322
26 Luxembourg 27228 T 2322 2322
27 Luxembourg 27229 A 2322 2322
28 Luxembourg 27230 C 2322 2322
29 Luxembourg 27231 T 2322 2322
30 Luxembourg 27232 A G 2322 2311 Ile11Val
31 Luxembourg 27233 T 2322 2322
32 Luxembourg 27234 A 2322 2322
33 Luxembourg 27235 G A 2322 2321 Ala12Thr
34 Luxembourg 27236 C 2322 2322
35 Luxembourg 27237 A 2322 2322
36 Luxembourg 27238 G 2322 2322
37 Luxembourg 27239 A 2322 2322
38 Luxembourg 27240 G 2322 2322
39 Luxembourg 27241 A 2322 2322
40 Luxembourg 27242 T 2322 2322
41 Luxembourg 27243 A 2322 2322
42 Luxembourg 27244 T 2322 2322
43 Luxembourg 27245 T 2322 2322
44 Luxembourg 27246 A 2322 2322
45 Luxembourg 27247 C T 2322 2321 Leu16Leu
46 Luxembourg 27248 T 2322 2322
47 Luxembourg 27249 A 2322 2322
48 Luxembourg 27250 A 2322 2322
49 Luxembourg 27251 T 2322 2322
50 Luxembourg 27252 T 2322 2322
51 Luxembourg 27253 A 2322 2322
52 Luxembourg 27254 T 2322 2322
53 Luxembourg 27255 T 2322 2322
54 Luxembourg 27256 A 2322 2322
55 Luxembourg 27257 T 2322 2322
56 Luxembourg 27258 G 2322 2322
57 Luxembourg 27259 A 2322 2322
58 Luxembourg 27260 G 2322 2322
59 Luxembourg 27261 G 2322 2322
60 Luxembourg 27262 A 2323 2323
61 Luxembourg 27263 C T 2323 2322 Thr21Ile
62 Luxembourg 27264 T 2323 2323
63 Luxembourg 27265 T 2323 2323
64 Luxembourg 27266 T 2323 2323
65 Luxembourg 27267 T 2323 2323
66 Luxembourg 27268 A 2323 2323
67 Luxembourg 27269 A 2323 2323
68 Luxembourg 27270 A 2323 2323
69 Luxembourg 27271 G 2323 2323
70 Luxembourg 27272 T 2323 2323
71 Luxembourg 27273 T 2323 2323
72 Luxembourg 27274 T 2323 2323
73 Luxembourg 27275 C 2323 2323
74 Luxembourg 27276 C T 2323 2322 Ser25Ser
75 Luxembourg 27277 A 2323 2323
76 Luxembourg 27278 T 2323 2323
77 Luxembourg 27279 T 2323 2323
78 Luxembourg 27280 T 2323 2323
79 Luxembourg 27281 G 2323 2323
80 Luxembourg 27282 G 2323 2323
81 Luxembourg 27283 A 2323 2323
82 Luxembourg 27284 A 2323 2323
83 Luxembourg 27285 T 2323 2323
84 Luxembourg 27286 C 2323 2323
85 Luxembourg 27287 T 2323 2323
86 Luxembourg 27288 T 2323 2323
87 Luxembourg 27289 G T 2323 2312 Asp30Tyr
88 Luxembourg 27290 A 2323 2323
89 Luxembourg 27291 T 2323 2323
90 Luxembourg 27292 T 2323 2323
91 Luxembourg 27293 A 2323 2323
92 Luxembourg 27294 C 2323 2323
93 Luxembourg 27295 A 2323 2323
94 Luxembourg 27296 T 2323 2323
95 Luxembourg 27297 C T 2323 2317 Ile32Ile
96 Luxembourg 27298 A 2323 2323
97 Luxembourg 27299 T C 2323 2321 Ile33Thr
98 Luxembourg 27300 A 2323 2323
99 Luxembourg 27301 A 2323 2323
100 Luxembourg 27302 A 2323 2323
101 Luxembourg 27303 C 2323 2323
102 Luxembourg 27304 C 2323 2323
103 Luxembourg 27305 T 2323 2323
104 Luxembourg 27306 C 2323 2323
105 Luxembourg 27307 A 2323 2323
106 Luxembourg 27308 T 2323 2323
107 Luxembourg 27309 A 2323 2323
108 Luxembourg 27310 A 2323 2323
109 Luxembourg 27311 T 2323 2323
110 Luxembourg 27312 T 2323 2323
111 Luxembourg 27313 A 2323 2323
112 Luxembourg 27314 A 2323 2323
113 Luxembourg 27315 A 2323 2323
114 Luxembourg 27316 A 2323 2323
115 Luxembourg 27317 A 2323 2323
116 Luxembourg 27318 T 2323 2323
117 Luxembourg 27319 T C 2323 2320 Leu40Leu
118 Luxembourg 27320 T 2323 2323
119 Luxembourg 27321 A 2323 2323
120 Luxembourg 27322 T 2323 2323
121 Luxembourg 27323 C 2323 2323
122 Luxembourg 27324 T 2323 2323
123 Luxembourg 27325 A 2323 2323
124 Luxembourg 27326 A 2323 2323
125 Luxembourg 27327 G 2323 2323
126 Luxembourg 27328 T 2323 2323
127 Luxembourg 27329 C 2323 2323
128 Luxembourg 27330 A 2323 2323
129 Luxembourg 27331 C 2323 2323
130 Luxembourg 27332 T 2323 2323
131 Luxembourg 27333 A 2323 2323
132 Luxembourg 27334 A 2323 2323
133 Luxembourg 27335 C 2323 2323
134 Luxembourg 27336 T 2323 2323
135 Luxembourg 27337 G 2323 2323
136 Luxembourg 27338 A 2323 2323
137 Luxembourg 27339 G 2323 2323
138 Luxembourg 27340 A 2323 2323
139 Luxembourg 27341 A 2323 2323
140 Luxembourg 27342 T C 2323 2320 Asn47Asn
141 Luxembourg 27343 A 2323 2323
142 Luxembourg 27344 A 2323 2323
143 Luxembourg 27345 A T 2323 2322 Lys48Asn
144 Luxembourg 27346 T 2323 2323
145 Luxembourg 27347 A 2323 2323
146 Luxembourg 27348 T 2323 2323
147 Luxembourg 27349 T 2323 2323
148 Luxembourg 27350 C 2323 2323
149 Luxembourg 27351 T 2323 2323
150 Luxembourg 27352 C 2323 2323
151 Luxembourg 27353 A 2323 2323
152 Luxembourg 27354 A 2323 2323
153 Luxembourg 27355 T 2323 2323
154 Luxembourg 27356 T 2323 2323
155 Luxembourg 27357 A 2323 2323
156 Luxembourg 27358 G 2323 2323
157 Luxembourg 27359 A 2323 2323
158 Luxembourg 27360 T 2323 2323
159 Luxembourg 27361 G 2323 2323
160 Luxembourg 27362 A 2323 2323
161 Luxembourg 27363 A 2323 2323
162 Luxembourg 27364 G 2323 2323
163 Luxembourg 27365 A 2323 2323
164 Luxembourg 27366 G 2323 2323
165 Luxembourg 27367 C 2323 2323
166 Luxembourg 27368 A 2323 2323
167 Luxembourg 27369 A 2323 2323
168 Luxembourg 27370 C 2323 2323
169 Luxembourg 27371 C T 2323 2322 Pro57Leu
170 Luxembourg 27372 A 2323 2323
171 Luxembourg 27373 A 2323 2323
172 Luxembourg 27374 T 2323 2323
173 Luxembourg 27375 G T 2323 2322 Met58Ile
174 Luxembourg 27376 G 2323 2323
175 Luxembourg 27377 A 2323 2323
176 Luxembourg 27378 G 2323 2323
177 Luxembourg 27379 A 2323 2323
178 Luxembourg 27380 T 2323 2323
179 Luxembourg 27381 T 2323 2323
180 Luxembourg 27382 G T 2323 2320 Asp61Tyr
181 Luxembourg 27383 A 2323 2323
182 Luxembourg 27384 T C 2323 2314 Asp61Asp
183 Luxembourg 27385 T 2323 2323
184 Luxembourg 27386 A 2323 2323
185 Luxembourg 27387 A 2323 2323