National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24               1                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 27202 A 36 36
1 Iran 27203 T 36 36
2 Iran 27204 G 36 36
3 Iran 27205 T 36 36
4 Iran 27206 T 36 36
5 Iran 27207 T 36 36
6 Iran 27208 C 36 36
7 Iran 27209 A 36 36
8 Iran 27210 T 36 36
9 Iran 27211 C 36 36
10 Iran 27212 T 36 36
11 Iran 27213 C 36 36
12 Iran 27214 G 36 36
13 Iran 27215 T 36 36
14 Iran 27216 T 36 36
15 Iran 27217 G 36 36
16 Iran 27218 A 36 36
17 Iran 27219 C 36 36
18 Iran 27220 T 36 36
19 Iran 27221 T 36 36
20 Iran 27222 T 36 36
21 Iran 27223 C 36 36
22 Iran 27224 A 36 36
23 Iran 27225 G 36 36
24 Iran 27226 G 36 36
25 Iran 27227 T 36 36
26 Iran 27228 T 36 36
27 Iran 27229 A 36 36
28 Iran 27230 C 36 36
29 Iran 27231 T 36 36
30 Iran 27232 A 36 36
31 Iran 27233 T 36 36
32 Iran 27234 A 36 36
33 Iran 27235 G 36 36
34 Iran 27236 C 36 36
35 Iran 27237 A 36 36
36 Iran 27238 G 36 36
37 Iran 27239 A 36 36
38 Iran 27240 G 36 36
39 Iran 27241 A 36 36
40 Iran 27242 T 36 36
41 Iran 27243 A 36 36
42 Iran 27244 T 36 36
43 Iran 27245 T 36 36
44 Iran 27246 A 36 36
45 Iran 27247 C 36 36
46 Iran 27248 T 36 36
47 Iran 27249 A 36 36
48 Iran 27250 A 36 36
49 Iran 27251 T 36 36
50 Iran 27252 T 36 36
51 Iran 27253 A 36 36
52 Iran 27254 T 36 36
53 Iran 27255 T 36 36
54 Iran 27256 A 36 36
55 Iran 27257 T 36 36
56 Iran 27258 G 36 36
57 Iran 27259 A 36 36
58 Iran 27260 G 36 36
59 Iran 27261 G 36 36
60 Iran 27262 A 36 36
61 Iran 27263 C 36 36
62 Iran 27264 T 36 36
63 Iran 27265 T 36 36
64 Iran 27266 T 36 36
65 Iran 27267 T 36 36
66 Iran 27268 A 36 36
67 Iran 27269 A 36 36
68 Iran 27270 A 36 36
69 Iran 27271 G 36 36
70 Iran 27272 T 36 36
71 Iran 27273 T 36 36
72 Iran 27274 T 36 36
73 Iran 27275 C 36 36
74 Iran 27276 C 36 36
75 Iran 27277 A 36 36
76 Iran 27278 T 36 36
77 Iran 27279 T 36 36
78 Iran 27280 T 36 36
79 Iran 27281 G 36 36
80 Iran 27282 G 36 36
81 Iran 27283 A 36 36
82 Iran 27284 A 36 36
83 Iran 27285 T 36 36
84 Iran 27286 C 36 36
85 Iran 27287 T 36 36
86 Iran 27288 T A 36 35 Leu29Leu
87 Iran 27289 G 36 36
88 Iran 27290 A 36 36
89 Iran 27291 T 36 36
90 Iran 27292 T 36 36
91 Iran 27293 A 36 36
92 Iran 27294 C 36 36
93 Iran 27295 A 36 36
94 Iran 27296 T 36 36
95 Iran 27297 C 36 36
96 Iran 27298 A 36 36
97 Iran 27299 T 36 36
98 Iran 27300 A 36 36
99 Iran 27301 A 36 36
100 Iran 27302 A 36 36
101 Iran 27303 C 36 36
102 Iran 27304 C 36 36
103 Iran 27305 T 36 36
104 Iran 27306 C 36 36
105 Iran 27307 A 36 36
106 Iran 27308 T 36 36
107 Iran 27309 A 36 36
108 Iran 27310 A 36 36
109 Iran 27311 T 36 36
110 Iran 27312 T 36 36
111 Iran 27313 A 36 36
112 Iran 27314 A 36 36
113 Iran 27315 A 36 36
114 Iran 27316 A 36 36
115 Iran 27317 A 36 36
116 Iran 27318 T 36 36
117 Iran 27319 T 36 36
118 Iran 27320 T 36 36
119 Iran 27321 A 36 36
120 Iran 27322 T 36 36
121 Iran 27323 C 36 36
122 Iran 27324 T 36 36
123 Iran 27325 A 36 36
124 Iran 27326 A 36 36
125 Iran 27327 G 36 36
126 Iran 27328 T 36 36
127 Iran 27329 C 36 36
128 Iran 27330 A 36 36
129 Iran 27331 C 36 36
130 Iran 27332 T 36 36
131 Iran 27333 A 36 36
132 Iran 27334 A 36 36
133 Iran 27335 C 36 36
134 Iran 27336 T 36 36
135 Iran 27337 G 36 36
136 Iran 27338 A 36 36
137 Iran 27339 G 36 36
138 Iran 27340 A 36 36
139 Iran 27341 A 36 36
140 Iran 27342 T 36 36
141 Iran 27343 A 36 36
142 Iran 27344 A 36 36
143 Iran 27345 A 36 36
144 Iran 27346 T 36 36
145 Iran 27347 A 36 36
146 Iran 27348 T 36 36
147 Iran 27349 T 36 36
148 Iran 27350 C 36 36
149 Iran 27351 T 36 36
150 Iran 27352 C 36 36
151 Iran 27353 A 36 36
152 Iran 27354 A 36 36
153 Iran 27355 T 36 36
154 Iran 27356 T 36 36
155 Iran 27357 A 36 36
156 Iran 27358 G 36 36
157 Iran 27359 A 36 36
158 Iran 27360 T 36 36
159 Iran 27361 G 36 36
160 Iran 27362 A 36 36
161 Iran 27363 A 36 36
162 Iran 27364 G 36 36
163 Iran 27365 A 36 36
164 Iran 27366 G 36 36
165 Iran 27367 C 36 36
166 Iran 27368 A 36 36
167 Iran 27369 A 36 36
168 Iran 27370 C 36 36
169 Iran 27371 C 36 36
170 Iran 27372 A 36 36
171 Iran 27373 A 36 36
172 Iran 27374 T 36 36
173 Iran 27375 G 36 36
174 Iran 27376 G 36 36
175 Iran 27377 A 36 36
176 Iran 27378 G 36 36
177 Iran 27379 A 36 36
178 Iran 27380 T 36 36
179 Iran 27381 T 36 36
180 Iran 27382 G 36 36
181 Iran 27383 A 36 36
182 Iran 27384 T 36 36
183 Iran 27385 T 36 36
184 Iran 27386 A 36 36
185 Iran 27387 A 36 36