National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   2                               1
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30           1                        
K     12                                    
L     24               1     1              
M     9                                    
N     12           1                        
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                         1          
S     12                                    
T     9           1                        
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 27202 A 303 303
1 Indonesia 27203 T 303 303
2 Indonesia 27204 G 303 303
3 Indonesia 27205 T 303 303
4 Indonesia 27206 T 303 303
5 Indonesia 27207 T 303 302
6 Indonesia 27208 C 303 303
7 Indonesia 27209 A 303 303
8 Indonesia 27210 T 303 303
9 Indonesia 27211 C 303 302
10 Indonesia 27212 T C 303 301 Leu4Pro
11 Indonesia 27213 C 303 302
12 Indonesia 27214 G 303 302
13 Indonesia 27215 T 303 302
14 Indonesia 27216 T 303 303
15 Indonesia 27217 G T 304 301 Asp6Tyr
16 Indonesia 27218 A 304 304
17 Indonesia 27219 C T 304 303 Asp6Asp
18 Indonesia 27220 T 304 304
19 Indonesia 27221 T 304 304
20 Indonesia 27222 T 304 304
21 Indonesia 27223 C 304 304
22 Indonesia 27224 A 304 304
23 Indonesia 27225 G 304 304
24 Indonesia 27226 G 304 304
25 Indonesia 27227 T 304 304
26 Indonesia 27228 T 304 304
27 Indonesia 27229 A 304 304
28 Indonesia 27230 C T 304 303 Thr10Ile
29 Indonesia 27231 T 304 304
30 Indonesia 27232 A 304 304
31 Indonesia 27233 T 304 304
32 Indonesia 27234 A 304 304
33 Indonesia 27235 G 304 304
34 Indonesia 27236 C 304 304
35 Indonesia 27237 A 304 304
36 Indonesia 27238 G 304 304
37 Indonesia 27239 A 304 304
38 Indonesia 27240 G 304 304
39 Indonesia 27241 A 304 304
40 Indonesia 27242 T 304 304
41 Indonesia 27243 A 304 304
42 Indonesia 27244 T 304 304
43 Indonesia 27245 T 304 304
44 Indonesia 27246 A 304 304
45 Indonesia 27247 C T 304 303 Leu16Leu
46 Indonesia 27248 T 304 304
47 Indonesia 27249 A 304 304
48 Indonesia 27250 A 304 304
49 Indonesia 27251 T 304 304
50 Indonesia 27252 T 304 304
51 Indonesia 27253 A 304 304
52 Indonesia 27254 T 304 304
53 Indonesia 27255 T 304 304
54 Indonesia 27256 A 304 304
55 Indonesia 27257 T 304 304
56 Indonesia 27258 G 304 304
57 Indonesia 27259 A 304 304
58 Indonesia 27260 G 304 304
59 Indonesia 27261 G A 304 302 Arg20Arg
60 Indonesia 27262 A 304 304
61 Indonesia 27263 C 304 304
62 Indonesia 27264 T 304 304
63 Indonesia 27265 T 304 304
64 Indonesia 27266 T 304 304
65 Indonesia 27267 T 304 304
66 Indonesia 27268 A 304 304
67 Indonesia 27269 A 304 304
68 Indonesia 27270 A 304 304
69 Indonesia 27271 G 304 304
70 Indonesia 27272 T 304 304
71 Indonesia 27273 T 304 304
72 Indonesia 27274 T 304 304
73 Indonesia 27275 C 304 304
74 Indonesia 27276 C 304 304
75 Indonesia 27277 A 304 304
76 Indonesia 27278 T 304 304
77 Indonesia 27279 T 304 304
78 Indonesia 27280 T 304 304
79 Indonesia 27281 G 304 304
80 Indonesia 27282 G 304 304
81 Indonesia 27283 A 304 304
82 Indonesia 27284 A 304 304
83 Indonesia 27285 T 304 304
84 Indonesia 27286 C 304 304
85 Indonesia 27287 T 304 304
86 Indonesia 27288 T 304 304
87 Indonesia 27289 G 304 304
88 Indonesia 27290 A 304 304
89 Indonesia 27291 T 304 304
90 Indonesia 27292 T 304 304
91 Indonesia 27293 A 304 304
92 Indonesia 27294 C 304 304
93 Indonesia 27295 A 304 304
94 Indonesia 27296 T 304 303
95 Indonesia 27297 C T 304 302 Ile32Ile
96 Indonesia 27298 A 304 303
97 Indonesia 27299 T 304 303
98 Indonesia 27300 A 304 303
99 Indonesia 27301 A 304 303
100 Indonesia 27302 A 304 303
101 Indonesia 27303 C 304 303
102 Indonesia 27304 C 304 303
103 Indonesia 27305 T 304 303
104 Indonesia 27306 C 304 303
105 Indonesia 27307 A 304 303
106 Indonesia 27308 T 304 304
107 Indonesia 27309 A 304 304
108 Indonesia 27310 A 304 304
109 Indonesia 27311 T 304 304
110 Indonesia 27312 T 304 304
111 Indonesia 27313 A 304 304
112 Indonesia 27314 A 304 304
113 Indonesia 27315 A 304 304
114 Indonesia 27316 A 304 304
115 Indonesia 27317 A 304 303
116 Indonesia 27318 T 304 304
117 Indonesia 27319 T 304 303
118 Indonesia 27320 T 304 303
119 Indonesia 27321 A 304 303
120 Indonesia 27322 T 304 303
121 Indonesia 27323 C 304 303
122 Indonesia 27324 T 304 303
123 Indonesia 27325 A 304 303
124 Indonesia 27326 A 304 303
125 Indonesia 27327 G 304 303
126 Indonesia 27328 T 304 303
127 Indonesia 27329 C 304 303
128 Indonesia 27330 A 304 303
129 Indonesia 27331 C 304 303
130 Indonesia 27332 T 304 303
131 Indonesia 27333 A 304 303
132 Indonesia 27334 A 304 303
133 Indonesia 27335 C 304 303
134 Indonesia 27336 T 304 303
135 Indonesia 27337 G 304 303
136 Indonesia 27338 A 304 303
137 Indonesia 27339 G 304 303
138 Indonesia 27340 A 304 303
139 Indonesia 27341 A T 304 301 Asn47Ile
140 Indonesia 27342 T 304 303
141 Indonesia 27343 A 304 303
142 Indonesia 27344 A 304 303
143 Indonesia 27345 A 304 303
144 Indonesia 27346 T 304 303
145 Indonesia 27347 A 304 303
146 Indonesia 27348 T 304 303
147 Indonesia 27349 T 304 303
148 Indonesia 27350 C 304 303
149 Indonesia 27351 T 304 302
150 Indonesia 27352 C 304 303
151 Indonesia 27353 A 304 303
152 Indonesia 27354 A 304 304
153 Indonesia 27355 T 304 304
154 Indonesia 27356 T 304 304
155 Indonesia 27357 A 304 304
156 Indonesia 27358 G 304 304
157 Indonesia 27359 A 304 304
158 Indonesia 27360 T 304 304
159 Indonesia 27361 G 304 304
160 Indonesia 27362 A 304 304
161 Indonesia 27363 A 304 304
162 Indonesia 27364 G 304 304
163 Indonesia 27365 A 304 303
164 Indonesia 27366 G 304 303
165 Indonesia 27367 C 304 303
166 Indonesia 27368 A 304 303
167 Indonesia 27369 A 304 304
168 Indonesia 27370 C 304 304
169 Indonesia 27371 C 304 304
170 Indonesia 27372 A 304 304
171 Indonesia 27373 A 304 304
172 Indonesia 27374 T 304 304
173 Indonesia 27375 G 304 304
174 Indonesia 27376 G 304 304
175 Indonesia 27377 A 304 304
176 Indonesia 27378 G 304 304
177 Indonesia 27379 A 304 304
178 Indonesia 27380 T 304 304
179 Indonesia 27381 T 304 304
180 Indonesia 27382 G 304 304
181 Indonesia 27383 A 304 304
182 Indonesia 27384 T C 304 301 Asp61Asp
183 Indonesia 27385 T 304 304
184 Indonesia 27386 A 304 304
185 Indonesia 27387 A 304 304