National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24               1                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                     1              
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 27202 A 276 276
1 Hong_Kong 27203 T 276 276
2 Hong_Kong 27204 G 276 276
3 Hong_Kong 27205 T 276 276
4 Hong_Kong 27206 T 276 276
5 Hong_Kong 27207 T 276 276
6 Hong_Kong 27208 C 276 276
7 Hong_Kong 27209 A 276 276
8 Hong_Kong 27210 T 276 276
9 Hong_Kong 27211 C 276 276
10 Hong_Kong 27212 T 276 276
11 Hong_Kong 27213 C T 276 274 Leu4Leu
12 Hong_Kong 27214 G 276 276
13 Hong_Kong 27215 T 276 276
14 Hong_Kong 27216 T 276 276
15 Hong_Kong 27217 G 276 276
16 Hong_Kong 27218 A 276 276
17 Hong_Kong 27219 C 276 276
18 Hong_Kong 27220 T 276 276
19 Hong_Kong 27221 T 276 276
20 Hong_Kong 27222 T 276 276
21 Hong_Kong 27223 C 276 276
22 Hong_Kong 27224 A C 276 270 Gln8Pro
23 Hong_Kong 27225 G 276 276
24 Hong_Kong 27226 G 276 276
25 Hong_Kong 27227 T 276 276
26 Hong_Kong 27228 T 276 276
27 Hong_Kong 27229 A 276 276
28 Hong_Kong 27230 C 276 276
29 Hong_Kong 27231 T 276 276
30 Hong_Kong 27232 A 276 276
31 Hong_Kong 27233 T 276 276
32 Hong_Kong 27234 A 276 276
33 Hong_Kong 27235 G 276 276
34 Hong_Kong 27236 C 276 276
35 Hong_Kong 27237 A 276 276
36 Hong_Kong 27238 G 276 276
37 Hong_Kong 27239 A 276 276
38 Hong_Kong 27240 G 276 276
39 Hong_Kong 27241 A 276 276
40 Hong_Kong 27242 T 276 276
41 Hong_Kong 27243 A 276 276
42 Hong_Kong 27244 T 276 276
43 Hong_Kong 27245 T 276 276
44 Hong_Kong 27246 A 276 276
45 Hong_Kong 27247 C 276 276
46 Hong_Kong 27248 T 276 276
47 Hong_Kong 27249 A 276 276
48 Hong_Kong 27250 A 276 276
49 Hong_Kong 27251 T 276 276
50 Hong_Kong 27252 T 276 276
51 Hong_Kong 27253 A 276 276
52 Hong_Kong 27254 T 276 276
53 Hong_Kong 27255 T 276 276
54 Hong_Kong 27256 A 276 276
55 Hong_Kong 27257 T 276 276
56 Hong_Kong 27258 G 276 276
57 Hong_Kong 27259 A 276 276
58 Hong_Kong 27260 G 276 276
59 Hong_Kong 27261 G 276 276
60 Hong_Kong 27262 A 276 276
61 Hong_Kong 27263 C 276 276
62 Hong_Kong 27264 T 276 276
63 Hong_Kong 27265 T 276 276
64 Hong_Kong 27266 T 276 276
65 Hong_Kong 27267 T 276 276
66 Hong_Kong 27268 A 276 276
67 Hong_Kong 27269 A 276 276
68 Hong_Kong 27270 A 276 276
69 Hong_Kong 27271 G 276 276
70 Hong_Kong 27272 T 276 276
71 Hong_Kong 27273 T 276 276
72 Hong_Kong 27274 T 276 276
73 Hong_Kong 27275 C 276 276
74 Hong_Kong 27276 C 276 276
75 Hong_Kong 27277 A 276 276
76 Hong_Kong 27278 T 276 276
77 Hong_Kong 27279 T 276 276
78 Hong_Kong 27280 T 276 276
79 Hong_Kong 27281 G 276 276
80 Hong_Kong 27282 G 276 276
81 Hong_Kong 27283 A 276 276
82 Hong_Kong 27284 A 276 276
83 Hong_Kong 27285 T 276 276
84 Hong_Kong 27286 C 276 276
85 Hong_Kong 27287 T 276 276
86 Hong_Kong 27288 T 276 276
87 Hong_Kong 27289 G 276 276
88 Hong_Kong 27290 A 276 276
89 Hong_Kong 27291 T 276 276
90 Hong_Kong 27292 T 276 276
91 Hong_Kong 27293 A 276 276
92 Hong_Kong 27294 C 276 276
93 Hong_Kong 27295 A 276 276
94 Hong_Kong 27296 T 276 276
95 Hong_Kong 27297 C 276 276
96 Hong_Kong 27298 A 276 276
97 Hong_Kong 27299 T 276 276
98 Hong_Kong 27300 A 276 276
99 Hong_Kong 27301 A 276 276
100 Hong_Kong 27302 A 276 276
101 Hong_Kong 27303 C 276 276
102 Hong_Kong 27304 C 276 276
103 Hong_Kong 27305 T 276 276
104 Hong_Kong 27306 C 276 276
105 Hong_Kong 27307 A 276 276
106 Hong_Kong 27308 T 276 276
107 Hong_Kong 27309 A 276 276
108 Hong_Kong 27310 A 276 276
109 Hong_Kong 27311 T 276 276
110 Hong_Kong 27312 T 276 276
111 Hong_Kong 27313 A 276 276
112 Hong_Kong 27314 A 276 276
113 Hong_Kong 27315 A 276 276
114 Hong_Kong 27316 A 276 276
115 Hong_Kong 27317 A 276 276
116 Hong_Kong 27318 T 276 276
117 Hong_Kong 27319 T 276 276
118 Hong_Kong 27320 T 276 276
119 Hong_Kong 27321 A 276 276
120 Hong_Kong 27322 T 276 276
121 Hong_Kong 27323 C 276 276
122 Hong_Kong 27324 T 276 276
123 Hong_Kong 27325 A 276 276
124 Hong_Kong 27326 A 276 276
125 Hong_Kong 27327 G 276 276
126 Hong_Kong 27328 T 276 276
127 Hong_Kong 27329 C 276 276
128 Hong_Kong 27330 A 276 276
129 Hong_Kong 27331 C 276 276
130 Hong_Kong 27332 T 276 276
131 Hong_Kong 27333 A 276 276
132 Hong_Kong 27334 A 276 276
133 Hong_Kong 27335 C 276 276
134 Hong_Kong 27336 T 276 276
135 Hong_Kong 27337 G 276 276
136 Hong_Kong 27338 A 276 276
137 Hong_Kong 27339 G 276 276
138 Hong_Kong 27340 A 276 276
139 Hong_Kong 27341 A 276 276
140 Hong_Kong 27342 T 276 276
141 Hong_Kong 27343 A 276 276
142 Hong_Kong 27344 A 276 276
143 Hong_Kong 27345 A 276 276
144 Hong_Kong 27346 T 276 276
145 Hong_Kong 27347 A 276 276
146 Hong_Kong 27348 T 276 276
147 Hong_Kong 27349 T 276 276
148 Hong_Kong 27350 C 276 276
149 Hong_Kong 27351 T 276 276
150 Hong_Kong 27352 C 276 276
151 Hong_Kong 27353 A 276 276
152 Hong_Kong 27354 A 276 276
153 Hong_Kong 27355 T 276 276
154 Hong_Kong 27356 T 276 276
155 Hong_Kong 27357 A 276 276
156 Hong_Kong 27358 G 276 276
157 Hong_Kong 27359 A 276 276
158 Hong_Kong 27360 T 276 276
159 Hong_Kong 27361 G 276 276
160 Hong_Kong 27362 A 276 276
161 Hong_Kong 27363 A 276 276
162 Hong_Kong 27364 G 276 276
163 Hong_Kong 27365 A 276 276
164 Hong_Kong 27366 G 276 276
165 Hong_Kong 27367 C 276 276
166 Hong_Kong 27368 A 276 276
167 Hong_Kong 27369 A 276 276
168 Hong_Kong 27370 C 276 276
169 Hong_Kong 27371 C 276 276
170 Hong_Kong 27372 A 276 276
171 Hong_Kong 27373 A 276 276
172 Hong_Kong 27374 T 276 276
173 Hong_Kong 27375 G 276 276
174 Hong_Kong 27376 G 276 276
175 Hong_Kong 27377 A 276 276
176 Hong_Kong 27378 G 276 276
177 Hong_Kong 27379 A 276 276
178 Hong_Kong 27380 T 276 276
179 Hong_Kong 27381 T 276 276
180 Hong_Kong 27382 G 276 276
181 Hong_Kong 27383 A 276 276
182 Hong_Kong 27384 T 276 276
183 Hong_Kong 27385 T 276 276
184 Hong_Kong 27386 A 276 276
185 Hong_Kong 27387 A 276 276