National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 27202 A 404 404
1 Gambia 27203 T 404 404
2 Gambia 27204 G 404 403
3 Gambia 27205 T 404 404
4 Gambia 27206 T 404 404
5 Gambia 27207 T 404 404
6 Gambia 27208 C 404 404
7 Gambia 27209 A 404 404
8 Gambia 27210 T 404 404
9 Gambia 27211 C 404 404
10 Gambia 27212 T 404 404
11 Gambia 27213 C 404 404
12 Gambia 27214 G 404 404
13 Gambia 27215 T 404 404
14 Gambia 27216 T 404 404
15 Gambia 27217 G 404 404
16 Gambia 27218 A 404 404
17 Gambia 27219 C 404 404
18 Gambia 27220 T 404 404
19 Gambia 27221 T 404 404
20 Gambia 27222 T 404 404
21 Gambia 27223 C 404 404
22 Gambia 27224 A 404 404
23 Gambia 27225 G 404 404
24 Gambia 27226 G 404 404
25 Gambia 27227 T 404 404
26 Gambia 27228 T 404 404
27 Gambia 27229 A 404 404
28 Gambia 27230 C 404 404
29 Gambia 27231 T 404 404
30 Gambia 27232 A 404 404
31 Gambia 27233 T 404 404
32 Gambia 27234 A 404 404
33 Gambia 27235 G 404 404
34 Gambia 27236 C 404 404
35 Gambia 27237 A 404 404
36 Gambia 27238 G 404 404
37 Gambia 27239 A 404 404
38 Gambia 27240 G 404 404
39 Gambia 27241 A 404 404
40 Gambia 27242 T 404 404
41 Gambia 27243 A 404 404
42 Gambia 27244 T 404 404
43 Gambia 27245 T 404 404
44 Gambia 27246 A 404 404
45 Gambia 27247 C 404 404
46 Gambia 27248 T 404 404
47 Gambia 27249 A 404 404
48 Gambia 27250 A 404 404
49 Gambia 27251 T 404 404
50 Gambia 27252 T 404 404
51 Gambia 27253 A 404 404
52 Gambia 27254 T 404 404
53 Gambia 27255 T 404 404
54 Gambia 27256 A 404 404
55 Gambia 27257 T 404 404
56 Gambia 27258 G 404 404
57 Gambia 27259 A 404 404
58 Gambia 27260 G 404 404
59 Gambia 27261 G 404 404
60 Gambia 27262 A 404 404
61 Gambia 27263 C 404 404
62 Gambia 27264 T 404 404
63 Gambia 27265 T 404 404
64 Gambia 27266 T 404 404
65 Gambia 27267 T 404 404
66 Gambia 27268 A 404 404
67 Gambia 27269 A 404 404
68 Gambia 27270 A 404 404
69 Gambia 27271 G 404 404
70 Gambia 27272 T 404 404
71 Gambia 27273 T 404 404
72 Gambia 27274 T 404 404
73 Gambia 27275 C 404 404
74 Gambia 27276 C 404 404
75 Gambia 27277 A 404 404
76 Gambia 27278 T 404 404
77 Gambia 27279 T 404 404
78 Gambia 27280 T 404 404
79 Gambia 27281 G 404 404
80 Gambia 27282 G 404 404
81 Gambia 27283 A 404 404
82 Gambia 27284 A 404 404
83 Gambia 27285 T 404 404
84 Gambia 27286 C 404 404
85 Gambia 27287 T 404 404
86 Gambia 27288 T 404 404
87 Gambia 27289 G 404 404
88 Gambia 27290 A 404 404
89 Gambia 27291 T 404 404
90 Gambia 27292 T 404 404
91 Gambia 27293 A 404 404
92 Gambia 27294 C 404 404
93 Gambia 27295 A 404 404
94 Gambia 27296 T 404 404
95 Gambia 27297 C 404 404
96 Gambia 27298 A 404 404
97 Gambia 27299 T 404 404
98 Gambia 27300 A 404 404
99 Gambia 27301 A 404 404
100 Gambia 27302 A 404 404
101 Gambia 27303 C 404 404
102 Gambia 27304 C 404 404
103 Gambia 27305 T 404 404
104 Gambia 27306 C 404 404
105 Gambia 27307 A 404 404
106 Gambia 27308 T 404 404
107 Gambia 27309 A 404 404
108 Gambia 27310 A 404 404
109 Gambia 27311 T 404 404
110 Gambia 27312 T 404 404
111 Gambia 27313 A 404 404
112 Gambia 27314 A 404 404
113 Gambia 27315 A 404 404
114 Gambia 27316 A 404 404
115 Gambia 27317 A 404 404
116 Gambia 27318 T 404 404
117 Gambia 27319 T 404 404
118 Gambia 27320 T 404 404
119 Gambia 27321 A 404 404
120 Gambia 27322 T 404 404
121 Gambia 27323 C 404 404
122 Gambia 27324 T 404 404
123 Gambia 27325 A 404 404
124 Gambia 27326 A 404 404
125 Gambia 27327 G 404 404
126 Gambia 27328 T 404 404
127 Gambia 27329 C 404 404
128 Gambia 27330 A 404 404
129 Gambia 27331 C 404 404
130 Gambia 27332 T 404 404
131 Gambia 27333 A 404 404
132 Gambia 27334 A 404 404
133 Gambia 27335 C 404 404
134 Gambia 27336 T 404 404
135 Gambia 27337 G 404 404
136 Gambia 27338 A 404 404
137 Gambia 27339 G 404 404
138 Gambia 27340 A 404 404
139 Gambia 27341 A 404 404
140 Gambia 27342 T 404 404
141 Gambia 27343 A 404 404
142 Gambia 27344 A 404 404
143 Gambia 27345 A 404 404
144 Gambia 27346 T 404 404
145 Gambia 27347 A 404 404
146 Gambia 27348 T 404 404
147 Gambia 27349 T 404 404
148 Gambia 27350 C 404 404
149 Gambia 27351 T 404 404
150 Gambia 27352 C 404 404
151 Gambia 27353 A 404 404
152 Gambia 27354 A 404 404
153 Gambia 27355 T 404 404
154 Gambia 27356 T 404 404
155 Gambia 27357 A 404 404
156 Gambia 27358 G 404 404
157 Gambia 27359 A 404 404
158 Gambia 27360 T 404 404
159 Gambia 27361 G 404 404
160 Gambia 27362 A 404 404
161 Gambia 27363 A 404 404
162 Gambia 27364 G 404 404
163 Gambia 27365 A 404 404
164 Gambia 27366 G 404 404
165 Gambia 27367 C 404 404
166 Gambia 27368 A 404 404
167 Gambia 27369 A 404 404
168 Gambia 27370 C 404 404
169 Gambia 27371 C 404 404
170 Gambia 27372 A 404 404
171 Gambia 27373 A 404 404
172 Gambia 27374 T 404 404
173 Gambia 27375 G 404 404
174 Gambia 27376 G 404 404
175 Gambia 27377 A 404 404
176 Gambia 27378 G 404 404
177 Gambia 27379 A 404 404
178 Gambia 27380 T 404 404
179 Gambia 27381 T 404 404
180 Gambia 27382 G 404 404
181 Gambia 27383 A 404 404
182 Gambia 27384 T 404 404
183 Gambia 27385 T 404 404
184 Gambia 27386 A 403 403
185 Gambia 27387 A 403 403