National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gabon 27202 A 4 4
1 Gabon 27203 T 4 4
2 Gabon 27204 G 4 4
3 Gabon 27205 T 4 4
4 Gabon 27206 T 4 4
5 Gabon 27207 T 4 4
6 Gabon 27208 C 4 4
7 Gabon 27209 A 4 4
8 Gabon 27210 T 4 4
9 Gabon 27211 C 4 4
10 Gabon 27212 T 4 4
11 Gabon 27213 C 4 4
12 Gabon 27214 G 4 4
13 Gabon 27215 T 4 4
14 Gabon 27216 T 4 4
15 Gabon 27217 G 4 4
16 Gabon 27218 A 4 4
17 Gabon 27219 C 4 4
18 Gabon 27220 T 4 4
19 Gabon 27221 T 4 4
20 Gabon 27222 T 4 4
21 Gabon 27223 C 4 4
22 Gabon 27224 A 4 4
23 Gabon 27225 G 4 4
24 Gabon 27226 G 4 4
25 Gabon 27227 T 4 4
26 Gabon 27228 T 4 4
27 Gabon 27229 A 4 4
28 Gabon 27230 C 4 4
29 Gabon 27231 T 4 4
30 Gabon 27232 A 4 4
31 Gabon 27233 T 4 4
32 Gabon 27234 A 4 4
33 Gabon 27235 G 4 4
34 Gabon 27236 C 4 4
35 Gabon 27237 A 4 4
36 Gabon 27238 G 4 4
37 Gabon 27239 A 4 4
38 Gabon 27240 G 4 4
39 Gabon 27241 A 4 4
40 Gabon 27242 T 4 4
41 Gabon 27243 A 4 4
42 Gabon 27244 T 4 4
43 Gabon 27245 T 4 4
44 Gabon 27246 A 4 4
45 Gabon 27247 C 4 4
46 Gabon 27248 T 4 4
47 Gabon 27249 A 4 4
48 Gabon 27250 A 4 4
49 Gabon 27251 T 4 4
50 Gabon 27252 T 4 4
51 Gabon 27253 A 4 4
52 Gabon 27254 T 4 4
53 Gabon 27255 T 4 4
54 Gabon 27256 A 4 4
55 Gabon 27257 T 4 4
56 Gabon 27258 G 4 4
57 Gabon 27259 A 4 4
58 Gabon 27260 G 4 4
59 Gabon 27261 G 4 4
60 Gabon 27262 A 4 4
61 Gabon 27263 C 4 4
62 Gabon 27264 T 4 4
63 Gabon 27265 T 4 4
64 Gabon 27266 T 4 4
65 Gabon 27267 T 4 4
66 Gabon 27268 A 4 4
67 Gabon 27269 A 4 4
68 Gabon 27270 A 4 4
69 Gabon 27271 G 4 4
70 Gabon 27272 T 4 4
71 Gabon 27273 T 4 4
72 Gabon 27274 T 4 4
73 Gabon 27275 C 4 4
74 Gabon 27276 C 4 4
75 Gabon 27277 A 4 4
76 Gabon 27278 T 4 4
77 Gabon 27279 T 4 4
78 Gabon 27280 T 4 4
79 Gabon 27281 G 4 4
80 Gabon 27282 G 4 4
81 Gabon 27283 A 4 4
82 Gabon 27284 A 4 4
83 Gabon 27285 T 4 4
84 Gabon 27286 C 4 4
85 Gabon 27287 T 4 4
86 Gabon 27288 T 4 4
87 Gabon 27289 G 4 4
88 Gabon 27290 A 4 4
89 Gabon 27291 T 4 4
90 Gabon 27292 T 4 4
91 Gabon 27293 A 4 4
92 Gabon 27294 C 4 4
93 Gabon 27295 A 4 4
94 Gabon 27296 T 4 4
95 Gabon 27297 C 4 4
96 Gabon 27298 A 4 4
97 Gabon 27299 T 4 4
98 Gabon 27300 A 4 4
99 Gabon 27301 A 4 4
100 Gabon 27302 A 4 4
101 Gabon 27303 C 4 4
102 Gabon 27304 C 4 4
103 Gabon 27305 T 4 4
104 Gabon 27306 C 4 4
105 Gabon 27307 A 4 4
106 Gabon 27308 T 4 4
107 Gabon 27309 A 4 4
108 Gabon 27310 A 4 4
109 Gabon 27311 T 4 4
110 Gabon 27312 T 4 4
111 Gabon 27313 A 4 4
112 Gabon 27314 A 4 4
113 Gabon 27315 A 4 4
114 Gabon 27316 A 4 4
115 Gabon 27317 A 4 4
116 Gabon 27318 T 4 4
117 Gabon 27319 T 4 4
118 Gabon 27320 T 4 4
119 Gabon 27321 A 4 4
120 Gabon 27322 T 4 4
121 Gabon 27323 C 4 4
122 Gabon 27324 T 4 4
123 Gabon 27325 A 4 4
124 Gabon 27326 A 4 4
125 Gabon 27327 G 4 4
126 Gabon 27328 T 4 4
127 Gabon 27329 C 4 4
128 Gabon 27330 A 4 4
129 Gabon 27331 C 4 4
130 Gabon 27332 T 4 4
131 Gabon 27333 A 4 4
132 Gabon 27334 A 4 4
133 Gabon 27335 C 4 4
134 Gabon 27336 T 4 4
135 Gabon 27337 G 4 4
136 Gabon 27338 A 4 4
137 Gabon 27339 G 4 4
138 Gabon 27340 A 4 4
139 Gabon 27341 A 4 4
140 Gabon 27342 T 4 4
141 Gabon 27343 A 4 4
142 Gabon 27344 A 4 4
143 Gabon 27345 A 4 4
144 Gabon 27346 T 4 4
145 Gabon 27347 A 4 4
146 Gabon 27348 T 4 4
147 Gabon 27349 T 4 4
148 Gabon 27350 C 4 4
149 Gabon 27351 T 4 4
150 Gabon 27352 C 4 4
151 Gabon 27353 A 4 4
152 Gabon 27354 A 4 4
153 Gabon 27355 T 4 4
154 Gabon 27356 T 4 4
155 Gabon 27357 A 4 4
156 Gabon 27358 G 4 4
157 Gabon 27359 A 4 4
158 Gabon 27360 T 4 4
159 Gabon 27361 G 4 4
160 Gabon 27362 A 4 4
161 Gabon 27363 A 4 4
162 Gabon 27364 G 4 4
163 Gabon 27365 A 4 4
164 Gabon 27366 G 4 4
165 Gabon 27367 C 4 4
166 Gabon 27368 A 4 4
167 Gabon 27369 A 4 4
168 Gabon 27370 C 4 4
169 Gabon 27371 C 4 4
170 Gabon 27372 A 4 4
171 Gabon 27373 A 4 4
172 Gabon 27374 T 4 4
173 Gabon 27375 G 4 4
174 Gabon 27376 G 4 4
175 Gabon 27377 A 4 4
176 Gabon 27378 G 4 4
177 Gabon 27379 A 4 4
178 Gabon 27380 T 4 4
179 Gabon 27381 T 4 4
180 Gabon 27382 G 4 4
181 Gabon 27383 A 4 4
182 Gabon 27384 T 4 4
183 Gabon 27385 T 4 4
184 Gabon 27386 A 4 4
185 Gabon 27387 A 4 4