National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     186                                        
?                                              
A     3                                        
C                                              
D     12     2                 1               2
E 1   16           1                            
F     9   1     2                              
G                                              
H     3                                       1
I     30               1                 2      
K     12                                        
L     24         1         3                    
M     9               2   1                    
N     12                                        
P     3                   1                    
Q 1   9                                        
R     3                               1        
S     12         1                     1        
T     9                                        
V     9               1                        
W     3                   1                    
Y     6         1                             1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 France 27202 A 4233 4233
1 France 27203 T 4233 4233
2 France 27204 G 4235 4235
3 France 27205 T 4235 4234
4 France 27206 T 4235 4235
5 France 27207 T C 4235 4234 Phe2Phe
6 France 27208 C T 4236 4223 His3Tyr
7 France 27209 A 4236 4234
8 France 27210 T 4236 4235
9 France 27211 C 4237 4237
10 France 27212 T 4237 4237
11 France 27213 C T 4237 4213 Leu4Leu
12 France 27214 G A 4237 4236 Val5Ile
13 France 27215 T 4237 4237
14 France 27216 T 4237 4237
15 France 27217 G A 4237 4234 Asp6Asn
16 France 27218 A 4238 4237
17 France 27219 C T 4239 4238 Asp6Asp
18 France 27220 T 4240 4240
19 France 27221 T G 4240 4239 Phe7Cys
20 France 27222 T C 4240 4239 Phe7Phe
21 France 27223 C T 4240 4239 Gln8*
22 France 27224 A 4240 4237
23 France 27225 G 4240 4240
24 France 27226 G 4240 4240
25 France 27227 T 4240 4239
26 France 27228 T 4241 4240
27 France 27229 A 4242 4240
28 France 27230 C 4243 4242
29 France 27231 T 4243 4242
30 France 27232 A 4243 4241
31 France 27233 T 4243 4242
32 France 27234 A 4246 4245
33 France 27235 G 4247 4246
34 France 27236 C 4246 4244
35 France 27237 A 4244 4241
36 France 27238 G 4243 4239
37 France 27239 A 4235 4230
38 France 27240 G 4237 4232
39 France 27241 A 4237 4229
40 France 27242 T 4237 4231
41 France 27243 A 4237 4230
42 France 27244 T 4235 4230
43 France 27245 T 4234 4230
44 France 27246 A 4234 4230
45 France 27247 C T 4234 4226 Leu16Leu
46 France 27248 T 4234 4226
47 France 27249 A 4233 4223
48 France 27250 A 4232 4221
49 France 27251 T 4234 4224
50 France 27252 T 4233 4221
51 France 27253 A 4231 4223
52 France 27254 T 4231 4223
53 France 27255 T 4231 4223
54 France 27256 A T 4231 4223 Met19Leu
55 France 27257 T 4230 4223
56 France 27258 G A 4230 4215 Met19Ile
57 France 27259 A 4228 4216
58 France 27260 G 4226 4214
59 France 27261 G T 4226 4210 Arg20Ser
60 France 27262 A 4213 4203
61 France 27263 C 4216 4208
62 France 27264 T 4216 4205
63 France 27265 T 4216 4206
64 France 27266 T 4216 4206
65 France 27267 T 4216 4207
66 France 27268 A 4216 4205
67 France 27269 A 4216 4206
68 France 27270 A 4216 4205
69 France 27271 G 4215 4205
70 France 27272 T 4213 4200
71 France 27273 T 4213 4203
72 France 27274 T 4213 4203
73 France 27275 C 4213 4200
74 France 27276 C 4214 4203
75 France 27277 A 4214 4204
76 France 27278 T 4213 4201
77 France 27279 T 4214 4200
78 France 27280 T 4214 4202
79 France 27281 G T 4214 4201 Trp27Leu
80 France 27282 G 4214 4203
81 France 27283 A 4214 4203
82 France 27284 A 4214 4203
83 France 27285 T 4214 4201
84 France 27286 C 4215 4204
85 France 27287 T 4215 4203
86 France 27288 T 4216 4205
87 France 27289 G T 4216 4203 Asp30Tyr
88 France 27290 A 4216 4206
89 France 27291 T 4216 4207
90 France 27292 T 4216 4208
91 France 27293 A 4216 4208
92 France 27294 C T 4217 4204 Tyr31Tyr
93 France 27295 A 4216 4208
94 France 27296 T C 4218 4214 Ile32Thr
95 France 27297 C T 4217 4208 Ile32Ile
96 France 27298 A 4217 4213
97 France 27299 T C 4217 4205 Ile33Thr
98 France 27300 A 4217 4214
99 France 27301 A 4217 4214
100 France 27302 A 4217 4214
101 France 27303 C 4224 4221
102 France 27304 C T 4221 4216 Leu35Phe
103 France 27305 T 4216 4204
104 France 27306 C 4216 4204
105 France 27307 A 4215 4202
106 France 27308 T 4215 4203
107 France 27309 A 4215 4203
108 France 27310 A 4216 4208
109 France 27311 T 4215 4207
110 France 27312 T 4213 4202
111 France 27313 A 4213 4201
112 France 27314 A 4213 4200
113 France 27315 A 4213 4202
114 France 27316 A 4213 4203
115 France 27317 A 4213 4203
116 France 27318 T 4213 4204
117 France 27319 T C 4212 4200 Leu40Leu
118 France 27320 T 4212 4202
119 France 27321 A 4212 4202
120 France 27322 T 4224 4215
121 France 27323 C 4224 4215
122 France 27324 T 4224 4216
123 France 27325 A 4224 4216
124 France 27326 A 4224 4217
125 France 27327 G 4228 4222
126 France 27328 T 4231 4224
127 France 27329 C 4232 4229
128 France 27330 A 4232 4227
129 France 27331 C 4232 4229
130 France 27332 T 4232 4228
131 France 27333 A 4232 4228
132 France 27334 A 4233 4230
133 France 27335 C 4233 4226
134 France 27336 T 4232 4224
135 France 27337 G 4232 4224
136 France 27338 A 4231 4220
137 France 27339 G 4233 4228
138 France 27340 A 4233 4228
139 France 27341 A 4233 4227
140 France 27342 T 4235 4230
141 France 27343 A 4234 4229
142 France 27344 A 4234 4225
143 France 27345 A 4234 4225
144 France 27346 T 4234 4229
145 France 27347 A T 4233 4226 Tyr49Phe
146 France 27348 T 4229 4223
147 France 27349 T 4228 4221
148 France 27350 C T 4228 4221 Ser50Phe
149 France 27351 T C 4228 4222 Ser50Ser
150 France 27352 C 4228 4226
151 France 27353 A 4228 4226
152 France 27354 A 4229 4221
153 France 27355 T 4229 4228
154 France 27356 T 4228 4227
155 France 27357 A 4228 4226
156 France 27358 G 4230 4230
157 France 27359 A 4230 4230
158 France 27360 T 4230 4230
159 France 27361 G 4229 4229
160 France 27362 A 4229 4228
161 France 27363 A 4227 4227
162 France 27364 G T 4227 4226 Glu55*
163 France 27365 A 4227 4227
164 France 27366 G 4227 4227
165 France 27367 C 4226 4225
166 France 27368 A 4226 4226
167 France 27369 A 4226 4225
168 France 27370 C 4226 4226
169 France 27371 C T 4226 4223 Pro57Leu
170 France 27372 A 4226 4226
171 France 27373 A 4225 4224
172 France 27374 T 4225 4224
173 France 27375 G A 4225 4223 Met58Ile
174 France 27376 G 4225 4225
175 France 27377 A G 4222 4219 Glu59Gly
176 France 27378 G 4222 4222
177 France 27379 A 4220 4220
178 France 27380 T 4218 4218
179 France 27381 T 4218 4218
180 France 27382 G T 4218 4216 Asp61Tyr
181 France 27383 A 4218 4217
182 France 27384 T C 4218 4214 Asp61Asp
183 France 27385 T 4218 4218
184 France 27386 A 4217 4217
185 France 27387 A 4217 4217