National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 27202 A 20 20
1 Estonia 27203 T 20 20
2 Estonia 27204 G 20 20
3 Estonia 27205 T 20 20
4 Estonia 27206 T 20 20
5 Estonia 27207 T 20 20
6 Estonia 27208 C 20 20
7 Estonia 27209 A 20 20
8 Estonia 27210 T 20 20
9 Estonia 27211 C 20 20
10 Estonia 27212 T 20 20
11 Estonia 27213 C 20 20
12 Estonia 27214 G 20 20
13 Estonia 27215 T 20 20
14 Estonia 27216 T 20 20
15 Estonia 27217 G 20 20
16 Estonia 27218 A 20 20
17 Estonia 27219 C 20 20
18 Estonia 27220 T 20 20
19 Estonia 27221 T 20 20
20 Estonia 27222 T 20 20
21 Estonia 27223 C 20 20
22 Estonia 27224 A 20 20
23 Estonia 27225 G 20 20
24 Estonia 27226 G 20 20
25 Estonia 27227 T 20 20
26 Estonia 27228 T 20 20
27 Estonia 27229 A 20 20
28 Estonia 27230 C 20 20
29 Estonia 27231 T 20 20
30 Estonia 27232 A 20 20
31 Estonia 27233 T 20 20
32 Estonia 27234 A 20 20
33 Estonia 27235 G 20 20
34 Estonia 27236 C 20 20
35 Estonia 27237 A 20 20
36 Estonia 27238 G 20 20
37 Estonia 27239 A 20 20
38 Estonia 27240 G 20 20
39 Estonia 27241 A 20 20
40 Estonia 27242 T 20 20
41 Estonia 27243 A 20 20
42 Estonia 27244 T 20 20
43 Estonia 27245 T 20 20
44 Estonia 27246 A 20 20
45 Estonia 27247 C 20 20
46 Estonia 27248 T 20 20
47 Estonia 27249 A 20 20
48 Estonia 27250 A 20 20
49 Estonia 27251 T 20 20
50 Estonia 27252 T 20 20
51 Estonia 27253 A 20 20
52 Estonia 27254 T 20 20
53 Estonia 27255 T 20 20
54 Estonia 27256 A 20 20
55 Estonia 27257 T 20 20
56 Estonia 27258 G 20 20
57 Estonia 27259 A 20 20
58 Estonia 27260 G 20 20
59 Estonia 27261 G 20 20
60 Estonia 27262 A 20 20
61 Estonia 27263 C 20 20
62 Estonia 27264 T 20 20
63 Estonia 27265 T 20 20
64 Estonia 27266 T 20 20
65 Estonia 27267 T 20 20
66 Estonia 27268 A 20 20
67 Estonia 27269 A 20 20
68 Estonia 27270 A 20 20
69 Estonia 27271 G 20 20
70 Estonia 27272 T 20 20
71 Estonia 27273 T 20 20
72 Estonia 27274 T 20 20
73 Estonia 27275 C 20 20
74 Estonia 27276 C 20 20
75 Estonia 27277 A 20 20
76 Estonia 27278 T 20 20
77 Estonia 27279 T 20 20
78 Estonia 27280 T 20 20
79 Estonia 27281 G 20 20
80 Estonia 27282 G 20 20
81 Estonia 27283 A 20 20
82 Estonia 27284 A 20 20
83 Estonia 27285 T 20 20
84 Estonia 27286 C 20 20
85 Estonia 27287 T 20 20
86 Estonia 27288 T 20 20
87 Estonia 27289 G 20 20
88 Estonia 27290 A 20 20
89 Estonia 27291 T 20 20
90 Estonia 27292 T 20 20
91 Estonia 27293 A 20 20
92 Estonia 27294 C 20 20
93 Estonia 27295 A 20 20
94 Estonia 27296 T 20 20
95 Estonia 27297 C 20 20
96 Estonia 27298 A 20 20
97 Estonia 27299 T 20 20
98 Estonia 27300 A 20 20
99 Estonia 27301 A 20 20
100 Estonia 27302 A 20 20
101 Estonia 27303 C 20 20
102 Estonia 27304 C 20 20
103 Estonia 27305 T 20 20
104 Estonia 27306 C 20 20
105 Estonia 27307 A 20 20
106 Estonia 27308 T 20 20
107 Estonia 27309 A 20 20
108 Estonia 27310 A 20 20
109 Estonia 27311 T 20 20
110 Estonia 27312 T 20 20
111 Estonia 27313 A 20 20
112 Estonia 27314 A 20 20
113 Estonia 27315 A 20 20
114 Estonia 27316 A 20 20
115 Estonia 27317 A 20 20
116 Estonia 27318 T 20 20
117 Estonia 27319 T 20 20
118 Estonia 27320 T 20 20
119 Estonia 27321 A 20 20
120 Estonia 27322 T 20 20
121 Estonia 27323 C 20 20
122 Estonia 27324 T 20 20
123 Estonia 27325 A 20 20
124 Estonia 27326 A 20 20
125 Estonia 27327 G 20 20
126 Estonia 27328 T 20 20
127 Estonia 27329 C 20 20
128 Estonia 27330 A 20 20
129 Estonia 27331 C 20 20
130 Estonia 27332 T 20 20
131 Estonia 27333 A 20 20
132 Estonia 27334 A 20 20
133 Estonia 27335 C 20 20
134 Estonia 27336 T 20 20
135 Estonia 27337 G 20 20
136 Estonia 27338 A 20 20
137 Estonia 27339 G 20 20
138 Estonia 27340 A 20 20
139 Estonia 27341 A 20 20
140 Estonia 27342 T 20 20
141 Estonia 27343 A 20 20
142 Estonia 27344 A 20 20
143 Estonia 27345 A 20 20
144 Estonia 27346 T 20 20
145 Estonia 27347 A 20 20
146 Estonia 27348 T 20 20
147 Estonia 27349 T 20 20
148 Estonia 27350 C 20 20
149 Estonia 27351 T 20 20
150 Estonia 27352 C 20 20
151 Estonia 27353 A 20 20
152 Estonia 27354 A 20 20
153 Estonia 27355 T 20 20
154 Estonia 27356 T 20 20
155 Estonia 27357 A 20 20
156 Estonia 27358 G 20 20
157 Estonia 27359 A 20 20
158 Estonia 27360 T 20 20
159 Estonia 27361 G 20 20
160 Estonia 27362 A 20 20
161 Estonia 27363 A 20 20
162 Estonia 27364 G 20 20
163 Estonia 27365 A 20 20
164 Estonia 27366 G 20 20
165 Estonia 27367 C 20 20
166 Estonia 27368 A 20 20
167 Estonia 27369 A 20 20
168 Estonia 27370 C 20 20
169 Estonia 27371 C 20 20
170 Estonia 27372 A 20 20
171 Estonia 27373 A 20 20
172 Estonia 27374 T 20 20
173 Estonia 27375 G 20 20
174 Estonia 27376 G 20 20
175 Estonia 27377 A 20 20
176 Estonia 27378 G 20 20
177 Estonia 27379 A 20 20
178 Estonia 27380 T 20 20
179 Estonia 27381 T 20 20
180 Estonia 27382 G 20 20
181 Estonia 27383 A 20 20
182 Estonia 27384 T 20 20
183 Estonia 27385 T 20 20
184 Estonia 27386 A 20 20
185 Estonia 27387 A 20 20