National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9       1                            
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24           1                        
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 27202 A 205 205
1 Ecuador 27203 T 205 205
2 Ecuador 27204 G 205 205
3 Ecuador 27205 T 205 205
4 Ecuador 27206 T 205 205
5 Ecuador 27207 T 205 205
6 Ecuador 27208 C 205 205
7 Ecuador 27209 A 205 205
8 Ecuador 27210 T 205 205
9 Ecuador 27211 C 205 205
10 Ecuador 27212 T 205 205
11 Ecuador 27213 C 205 205
12 Ecuador 27214 G 205 205
13 Ecuador 27215 T 205 205
14 Ecuador 27216 T 205 205
15 Ecuador 27217 G 205 205
16 Ecuador 27218 A 205 205
17 Ecuador 27219 C 205 205
18 Ecuador 27220 T 205 205
19 Ecuador 27221 T 205 205
20 Ecuador 27222 T C 205 199 Phe7Phe
21 Ecuador 27223 C 205 205
22 Ecuador 27224 A 205 205
23 Ecuador 27225 G 205 205
24 Ecuador 27226 G 205 205
25 Ecuador 27227 T 205 205
26 Ecuador 27228 T 205 205
27 Ecuador 27229 A 205 205
28 Ecuador 27230 C 205 205
29 Ecuador 27231 T 205 205
30 Ecuador 27232 A 205 205
31 Ecuador 27233 T 205 205
32 Ecuador 27234 A 205 205
33 Ecuador 27235 G 205 205
34 Ecuador 27236 C 205 205
35 Ecuador 27237 A 205 205
36 Ecuador 27238 G 205 205
37 Ecuador 27239 A 205 205
38 Ecuador 27240 G 205 205
39 Ecuador 27241 A 205 205
40 Ecuador 27242 T 205 205
41 Ecuador 27243 A 205 205
42 Ecuador 27244 T 205 205
43 Ecuador 27245 T 205 205
44 Ecuador 27246 A 205 205
45 Ecuador 27247 C 205 205
46 Ecuador 27248 T 205 205
47 Ecuador 27249 A 205 205
48 Ecuador 27250 A 205 205
49 Ecuador 27251 T 205 205
50 Ecuador 27252 T 205 205
51 Ecuador 27253 A 205 205
52 Ecuador 27254 T 205 205
53 Ecuador 27255 T 205 205
54 Ecuador 27256 A 205 205
55 Ecuador 27257 T 205 205
56 Ecuador 27258 G 205 205
57 Ecuador 27259 A 205 205
58 Ecuador 27260 G 205 205
59 Ecuador 27261 G 205 205
60 Ecuador 27262 A 205 205
61 Ecuador 27263 C 205 205
62 Ecuador 27264 T 205 205
63 Ecuador 27265 T 205 205
64 Ecuador 27266 T 205 205
65 Ecuador 27267 T 205 205
66 Ecuador 27268 A 205 205
67 Ecuador 27269 A 205 205
68 Ecuador 27270 A 205 205
69 Ecuador 27271 G 205 205
70 Ecuador 27272 T 205 205
71 Ecuador 27273 T 205 205
72 Ecuador 27274 T 205 205
73 Ecuador 27275 C 205 205
74 Ecuador 27276 C 205 205
75 Ecuador 27277 A 205 205
76 Ecuador 27278 T 205 205
77 Ecuador 27279 T 205 205
78 Ecuador 27280 T 205 205
79 Ecuador 27281 G 205 205
80 Ecuador 27282 G 205 205
81 Ecuador 27283 A 205 205
82 Ecuador 27284 A 205 205
83 Ecuador 27285 T 205 205
84 Ecuador 27286 C 205 205
85 Ecuador 27287 T 205 205
86 Ecuador 27288 T 205 205
87 Ecuador 27289 G 205 205
88 Ecuador 27290 A 205 205
89 Ecuador 27291 T 205 205
90 Ecuador 27292 T 205 205
91 Ecuador 27293 A 205 205
92 Ecuador 27294 C 205 205
93 Ecuador 27295 A 205 205
94 Ecuador 27296 T 205 205
95 Ecuador 27297 C 205 205
96 Ecuador 27298 A 205 205
97 Ecuador 27299 T 205 204
98 Ecuador 27300 A 205 205
99 Ecuador 27301 A 205 205
100 Ecuador 27302 A 205 205
101 Ecuador 27303 C 205 205
102 Ecuador 27304 C A 205 204 Leu35Ile
103 Ecuador 27305 T 205 205
104 Ecuador 27306 C 205 205
105 Ecuador 27307 A 205 205
106 Ecuador 27308 T 205 205
107 Ecuador 27309 A 205 205
108 Ecuador 27310 A 205 205
109 Ecuador 27311 T 205 205
110 Ecuador 27312 T 205 205
111 Ecuador 27313 A 206 206
112 Ecuador 27314 A 206 206
113 Ecuador 27315 A 206 206
114 Ecuador 27316 A 206 206
115 Ecuador 27317 A 206 206
116 Ecuador 27318 T 206 206
117 Ecuador 27319 T 206 206
118 Ecuador 27320 T 206 206
119 Ecuador 27321 A 206 206
120 Ecuador 27322 T 206 206
121 Ecuador 27323 C 206 206
122 Ecuador 27324 T 206 206
123 Ecuador 27325 A 206 206
124 Ecuador 27326 A 206 206
125 Ecuador 27327 G 206 206
126 Ecuador 27328 T 206 206
127 Ecuador 27329 C 206 206
128 Ecuador 27330 A 206 206
129 Ecuador 27331 C 206 206
130 Ecuador 27332 T 206 206
131 Ecuador 27333 A 206 206
132 Ecuador 27334 A 206 206
133 Ecuador 27335 C 206 206
134 Ecuador 27336 T 206 206
135 Ecuador 27337 G 206 206
136 Ecuador 27338 A 206 206
137 Ecuador 27339 G 206 206
138 Ecuador 27340 A 206 206
139 Ecuador 27341 A 206 206
140 Ecuador 27342 T 206 206
141 Ecuador 27343 A 206 206
142 Ecuador 27344 A 206 206
143 Ecuador 27345 A 206 206
144 Ecuador 27346 T 206 206
145 Ecuador 27347 A 206 206
146 Ecuador 27348 T 206 206
147 Ecuador 27349 T 206 206
148 Ecuador 27350 C 206 206
149 Ecuador 27351 T 206 206
150 Ecuador 27352 C 206 206
151 Ecuador 27353 A 206 206
152 Ecuador 27354 A 206 206
153 Ecuador 27355 T 206 206
154 Ecuador 27356 T 206 206
155 Ecuador 27357 A 206 206
156 Ecuador 27358 G 206 206
157 Ecuador 27359 A 206 206
158 Ecuador 27360 T 206 206
159 Ecuador 27361 G 206 206
160 Ecuador 27362 A 206 206
161 Ecuador 27363 A 206 206
162 Ecuador 27364 G 206 206
163 Ecuador 27365 A 206 205
164 Ecuador 27366 G 206 206
165 Ecuador 27367 C 206 206
166 Ecuador 27368 A 206 206
167 Ecuador 27369 A 206 206
168 Ecuador 27370 C 206 206
169 Ecuador 27371 C 206 206
170 Ecuador 27372 A 206 206
171 Ecuador 27373 A 206 206
172 Ecuador 27374 T 206 206
173 Ecuador 27375 G 206 206
174 Ecuador 27376 G 206 206
175 Ecuador 27377 A 206 206
176 Ecuador 27378 G 206 206
177 Ecuador 27379 A 206 206
178 Ecuador 27380 T 206 206
179 Ecuador 27381 T 206 206
180 Ecuador 27382 G 206 206
181 Ecuador 27383 A 206 206
182 Ecuador 27384 T C 206 205 Asp61Asp
183 Ecuador 27385 T 206 206
184 Ecuador 27386 A 206 206
185 Ecuador 27387 A 206 206