National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 27202 A 2 2
1 Cuba 27203 T 2 2
2 Cuba 27204 G 2 2
3 Cuba 27205 T 2 2
4 Cuba 27206 T 2 2
5 Cuba 27207 T 2 2
6 Cuba 27208 C 2 2
7 Cuba 27209 A 2 2
8 Cuba 27210 T 2 2
9 Cuba 27211 C 2 2
10 Cuba 27212 T 2 2
11 Cuba 27213 C 2 2
12 Cuba 27214 G 2 2
13 Cuba 27215 T 2 2
14 Cuba 27216 T 2 2
15 Cuba 27217 G 2 2
16 Cuba 27218 A 2 2
17 Cuba 27219 C 2 2
18 Cuba 27220 T 2 2
19 Cuba 27221 T 2 2
20 Cuba 27222 T 2 2
21 Cuba 27223 C 2 2
22 Cuba 27224 A 2 2
23 Cuba 27225 G 2 2
24 Cuba 27226 G 2 2
25 Cuba 27227 T 2 2
26 Cuba 27228 T 2 2
27 Cuba 27229 A 2 2
28 Cuba 27230 C 2 2
29 Cuba 27231 T 2 2
30 Cuba 27232 A 2 2
31 Cuba 27233 T 2 2
32 Cuba 27234 A 2 2
33 Cuba 27235 G 2 2
34 Cuba 27236 C 2 2
35 Cuba 27237 A 2 2
36 Cuba 27238 G 2 2
37 Cuba 27239 A 2 2
38 Cuba 27240 G 2 2
39 Cuba 27241 A 2 2
40 Cuba 27242 T 2 2
41 Cuba 27243 A 2 2
42 Cuba 27244 T 2 2
43 Cuba 27245 T 2 2
44 Cuba 27246 A 2 2
45 Cuba 27247 C 2 2
46 Cuba 27248 T 2 2
47 Cuba 27249 A 2 2
48 Cuba 27250 A 2 2
49 Cuba 27251 T 2 2
50 Cuba 27252 T 2 2
51 Cuba 27253 A 2 2
52 Cuba 27254 T 2 2
53 Cuba 27255 T 2 2
54 Cuba 27256 A 2 2
55 Cuba 27257 T 2 2
56 Cuba 27258 G 2 2
57 Cuba 27259 A 2 2
58 Cuba 27260 G 2 2
59 Cuba 27261 G 2 2
60 Cuba 27262 A 2 2
61 Cuba 27263 C 2 2
62 Cuba 27264 T 2 2
63 Cuba 27265 T 2 2
64 Cuba 27266 T 2 2
65 Cuba 27267 T 2 2
66 Cuba 27268 A 2 2
67 Cuba 27269 A 2 2
68 Cuba 27270 A 2 2
69 Cuba 27271 G 2 2
70 Cuba 27272 T 2 2
71 Cuba 27273 T 2 2
72 Cuba 27274 T 2 2
73 Cuba 27275 C 2 2
74 Cuba 27276 C 2 2
75 Cuba 27277 A 2 2
76 Cuba 27278 T 2 2
77 Cuba 27279 T 2 2
78 Cuba 27280 T 2 2
79 Cuba 27281 G 2 2
80 Cuba 27282 G 2 2
81 Cuba 27283 A 2 2
82 Cuba 27284 A 2 2
83 Cuba 27285 T 2 2
84 Cuba 27286 C 2 2
85 Cuba 27287 T 2 2
86 Cuba 27288 T 2 2
87 Cuba 27289 G 2 2
88 Cuba 27290 A 2 2
89 Cuba 27291 T 2 2
90 Cuba 27292 T 2 2
91 Cuba 27293 A 2 2
92 Cuba 27294 C 2 2
93 Cuba 27295 A 2 2
94 Cuba 27296 T 2 2
95 Cuba 27297 C 2 2
96 Cuba 27298 A 2 2
97 Cuba 27299 T 2 2
98 Cuba 27300 A 2 2
99 Cuba 27301 A 2 2
100 Cuba 27302 A 2 2
101 Cuba 27303 C 2 2
102 Cuba 27304 C 2 2
103 Cuba 27305 T 2 2
104 Cuba 27306 C 2 2
105 Cuba 27307 A 2 2
106 Cuba 27308 T 2 2
107 Cuba 27309 A 2 2
108 Cuba 27310 A 2 2
109 Cuba 27311 T 2 2
110 Cuba 27312 T 2 2
111 Cuba 27313 A 2 2
112 Cuba 27314 A 2 2
113 Cuba 27315 A 2 2
114 Cuba 27316 A 2 2
115 Cuba 27317 A 2 2
116 Cuba 27318 T 2 2
117 Cuba 27319 T 2 2
118 Cuba 27320 T 2 2
119 Cuba 27321 A 2 2
120 Cuba 27322 T 2 2
121 Cuba 27323 C 2 2
122 Cuba 27324 T 2 2
123 Cuba 27325 A 2 2
124 Cuba 27326 A 2 2
125 Cuba 27327 G 2 2
126 Cuba 27328 T 2 2
127 Cuba 27329 C 2 2
128 Cuba 27330 A 2 2
129 Cuba 27331 C 2 2
130 Cuba 27332 T 2 2
131 Cuba 27333 A 2 2
132 Cuba 27334 A 2 2
133 Cuba 27335 C 2 2
134 Cuba 27336 T 2 2
135 Cuba 27337 G 2 2
136 Cuba 27338 A 2 2
137 Cuba 27339 G 2 2
138 Cuba 27340 A 2 2
139 Cuba 27341 A 2 2
140 Cuba 27342 T 2 2
141 Cuba 27343 A 2 2
142 Cuba 27344 A 2 2
143 Cuba 27345 A 2 2
144 Cuba 27346 T 2 2
145 Cuba 27347 A 2 2
146 Cuba 27348 T 2 2
147 Cuba 27349 T 2 2
148 Cuba 27350 C 2 2
149 Cuba 27351 T 2 2
150 Cuba 27352 C 2 2
151 Cuba 27353 A 2 2
152 Cuba 27354 A 2 2
153 Cuba 27355 T 2 2
154 Cuba 27356 T 2 2
155 Cuba 27357 A 2 2
156 Cuba 27358 G 2 2
157 Cuba 27359 A 2 2
158 Cuba 27360 T 2 2
159 Cuba 27361 G 2 2
160 Cuba 27362 A 2 2
161 Cuba 27363 A 2 2
162 Cuba 27364 G 2 2
163 Cuba 27365 A 2 2
164 Cuba 27366 G 2 2
165 Cuba 27367 C 2 2
166 Cuba 27368 A 2 2
167 Cuba 27369 A 2 2
168 Cuba 27370 C 2 2
169 Cuba 27371 C 2 2
170 Cuba 27372 A 2 2
171 Cuba 27373 A 2 2
172 Cuba 27374 T 2 2
173 Cuba 27375 G 2 2
174 Cuba 27376 G 2 2
175 Cuba 27377 A 2 2
176 Cuba 27378 G 2 2
177 Cuba 27379 A 2 2
178 Cuba 27380 T 2 2
179 Cuba 27381 T 2 2
180 Cuba 27382 G 2 2
181 Cuba 27383 A 2 2
182 Cuba 27384 T 2 2
183 Cuba 27385 T 2 2
184 Cuba 27386 A 2 2
185 Cuba 27387 A 2 2