National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9       1                            
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 27202 A 181 181
1 Costa_Rica 27203 T 181 181
2 Costa_Rica 27204 G 181 181
3 Costa_Rica 27205 T 181 181
4 Costa_Rica 27206 T 181 181
5 Costa_Rica 27207 T 181 181
6 Costa_Rica 27208 C 181 181
7 Costa_Rica 27209 A 181 181
8 Costa_Rica 27210 T 181 181
9 Costa_Rica 27211 C 181 181
10 Costa_Rica 27212 T 181 181
11 Costa_Rica 27213 C 181 181
12 Costa_Rica 27214 G 181 181
13 Costa_Rica 27215 T 181 181
14 Costa_Rica 27216 T 181 181
15 Costa_Rica 27217 G 181 181
16 Costa_Rica 27218 A 181 181
17 Costa_Rica 27219 C 181 181
18 Costa_Rica 27220 T 181 181
19 Costa_Rica 27221 T 181 181
20 Costa_Rica 27222 T 181 181
21 Costa_Rica 27223 C 181 181
22 Costa_Rica 27224 A 181 181
23 Costa_Rica 27225 G 181 181
24 Costa_Rica 27226 G T 181 179 Val9Phe
25 Costa_Rica 27227 T 181 181
26 Costa_Rica 27228 T 181 181
27 Costa_Rica 27229 A 181 181
28 Costa_Rica 27230 C 181 181
29 Costa_Rica 27231 T 181 181
30 Costa_Rica 27232 A 181 181
31 Costa_Rica 27233 T 181 181
32 Costa_Rica 27234 A 181 181
33 Costa_Rica 27235 G 181 181
34 Costa_Rica 27236 C 181 181
35 Costa_Rica 27237 A 181 181
36 Costa_Rica 27238 G 181 181
37 Costa_Rica 27239 A 181 181
38 Costa_Rica 27240 G 181 181
39 Costa_Rica 27241 A 181 181
40 Costa_Rica 27242 T 181 181
41 Costa_Rica 27243 A 181 181
42 Costa_Rica 27244 T 181 181
43 Costa_Rica 27245 T 181 181
44 Costa_Rica 27246 A 181 181
45 Costa_Rica 27247 C 181 181
46 Costa_Rica 27248 T 181 181
47 Costa_Rica 27249 A 181 181
48 Costa_Rica 27250 A 181 181
49 Costa_Rica 27251 T 181 181
50 Costa_Rica 27252 T 181 181
51 Costa_Rica 27253 A 181 181
52 Costa_Rica 27254 T 181 181
53 Costa_Rica 27255 T 181 181
54 Costa_Rica 27256 A 181 181
55 Costa_Rica 27257 T 181 181
56 Costa_Rica 27258 G 181 181
57 Costa_Rica 27259 A 181 181
58 Costa_Rica 27260 G 181 181
59 Costa_Rica 27261 G 181 181
60 Costa_Rica 27262 A 181 181
61 Costa_Rica 27263 C 181 179
62 Costa_Rica 27264 T 181 181
63 Costa_Rica 27265 T 181 180
64 Costa_Rica 27266 T 181 181
65 Costa_Rica 27267 T 181 181
66 Costa_Rica 27268 A 181 181
67 Costa_Rica 27269 A 181 181
68 Costa_Rica 27270 A 181 181
69 Costa_Rica 27271 G 181 181
70 Costa_Rica 27272 T 181 181
71 Costa_Rica 27273 T 181 181
72 Costa_Rica 27274 T 181 181
73 Costa_Rica 27275 C 181 181
74 Costa_Rica 27276 C 181 181
75 Costa_Rica 27277 A 181 181
76 Costa_Rica 27278 T 181 181
77 Costa_Rica 27279 T 181 181
78 Costa_Rica 27280 T 181 181
79 Costa_Rica 27281 G 181 181
80 Costa_Rica 27282 G 181 181
81 Costa_Rica 27283 A 181 181
82 Costa_Rica 27284 A 181 181
83 Costa_Rica 27285 T 181 181
84 Costa_Rica 27286 C 181 181
85 Costa_Rica 27287 T 181 180
86 Costa_Rica 27288 T 181 181
87 Costa_Rica 27289 G 181 181
88 Costa_Rica 27290 A 181 181
89 Costa_Rica 27291 T 181 181
90 Costa_Rica 27292 T 181 181
91 Costa_Rica 27293 A 181 181
92 Costa_Rica 27294 C 181 181
93 Costa_Rica 27295 A 181 181
94 Costa_Rica 27296 T 181 181
95 Costa_Rica 27297 C 181 180
96 Costa_Rica 27298 A 181 181
97 Costa_Rica 27299 T 181 181
98 Costa_Rica 27300 A 181 181
99 Costa_Rica 27301 A 181 181
100 Costa_Rica 27302 A 181 181
101 Costa_Rica 27303 C 181 180
102 Costa_Rica 27304 C 181 181
103 Costa_Rica 27305 T 181 181
104 Costa_Rica 27306 C 181 181
105 Costa_Rica 27307 A 181 181
106 Costa_Rica 27308 T 181 181
107 Costa_Rica 27309 A 181 181
108 Costa_Rica 27310 A 181 181
109 Costa_Rica 27311 T 181 181
110 Costa_Rica 27312 T 181 181
111 Costa_Rica 27313 A 181 181
112 Costa_Rica 27314 A 181 181
113 Costa_Rica 27315 A 181 181
114 Costa_Rica 27316 A 181 181
115 Costa_Rica 27317 A 181 181
116 Costa_Rica 27318 T 181 181
117 Costa_Rica 27319 T 181 181
118 Costa_Rica 27320 T 181 181
119 Costa_Rica 27321 A 181 181
120 Costa_Rica 27322 T 181 181
121 Costa_Rica 27323 C 181 180
122 Costa_Rica 27324 T 181 181
123 Costa_Rica 27325 A 181 181
124 Costa_Rica 27326 A 181 181
125 Costa_Rica 27327 G 181 181
126 Costa_Rica 27328 T 181 181
127 Costa_Rica 27329 C 181 181
128 Costa_Rica 27330 A 181 181
129 Costa_Rica 27331 C 181 181
130 Costa_Rica 27332 T 181 181
131 Costa_Rica 27333 A 181 181
132 Costa_Rica 27334 A 181 181
133 Costa_Rica 27335 C 181 181
134 Costa_Rica 27336 T 181 181
135 Costa_Rica 27337 G 181 181
136 Costa_Rica 27338 A 181 181
137 Costa_Rica 27339 G 181 181
138 Costa_Rica 27340 A 181 181
139 Costa_Rica 27341 A 181 181
140 Costa_Rica 27342 T 181 181
141 Costa_Rica 27343 A 181 181
142 Costa_Rica 27344 A 181 181
143 Costa_Rica 27345 A 181 181
144 Costa_Rica 27346 T 181 181
145 Costa_Rica 27347 A 181 181
146 Costa_Rica 27348 T 181 181
147 Costa_Rica 27349 T 181 181
148 Costa_Rica 27350 C 181 181
149 Costa_Rica 27351 T 181 181
150 Costa_Rica 27352 C 181 181
151 Costa_Rica 27353 A 181 181
152 Costa_Rica 27354 A 181 181
153 Costa_Rica 27355 T 181 181
154 Costa_Rica 27356 T 181 181
155 Costa_Rica 27357 A 181 181
156 Costa_Rica 27358 G 181 180
157 Costa_Rica 27359 A 181 181
158 Costa_Rica 27360 T 181 181
159 Costa_Rica 27361 G 181 181
160 Costa_Rica 27362 A 181 181
161 Costa_Rica 27363 A 181 181
162 Costa_Rica 27364 G 181 181
163 Costa_Rica 27365 A 181 181
164 Costa_Rica 27366 G 181 181
165 Costa_Rica 27367 C 181 181
166 Costa_Rica 27368 A 181 181
167 Costa_Rica 27369 A 181 181
168 Costa_Rica 27370 C 181 181
169 Costa_Rica 27371 C 181 181
170 Costa_Rica 27372 A 181 181
171 Costa_Rica 27373 A 181 181
172 Costa_Rica 27374 T 181 181
173 Costa_Rica 27375 G 181 181
174 Costa_Rica 27376 G 181 181
175 Costa_Rica 27377 A 181 181
176 Costa_Rica 27378 G 181 181
177 Costa_Rica 27379 A 181 181
178 Costa_Rica 27380 T 181 181
179 Costa_Rica 27381 T 181 181
180 Costa_Rica 27382 G 181 181
181 Costa_Rica 27383 A 181 181
182 Costa_Rica 27384 T 181 180
183 Costa_Rica 27385 T 181 181
184 Costa_Rica 27386 A 181 181
185 Costa_Rica 27387 A 181 181