National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                      
-     186                                      
?                                            
A     3                                      
D     12   2                 1               1
E     16                                      
F     9       3                              
G                                            
H     3           1                          
I     30             1             1   4      
K     12                   1                  
L     24       1         2               1    
M     9             2                        
N     12                                      
P     3                       1              
Q     9                           1          
R     3                             1        
S     12                             1        
T     9             1                 1      
V     9             1                   1    
W     3         1       1         1          
Y     6                                     1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Canada 27202 A 8557 8557
1 Canada 27203 T 8557 8557
2 Canada 27204 G T 8557 8555 Met1?
3 Canada 27205 T 8557 8557
4 Canada 27206 T 8557 8556
5 Canada 27207 T C 8557 8555 Phe2Phe
6 Canada 27208 C 8557 8557
7 Canada 27209 A 8557 8557
8 Canada 27210 T C 8557 8548 His3His
9 Canada 27211 C 8557 8557
10 Canada 27212 T 8557 8557
11 Canada 27213 C T 8557 8552 Leu4Leu
12 Canada 27214 G A 8557 8556 Val5Ile
13 Canada 27215 T 8557 8557
14 Canada 27216 T A 8557 8556 Val5Val
15 Canada 27217 G T 8557 8556 Asp6Tyr
16 Canada 27218 A 8557 8557
17 Canada 27219 C T 8557 8556 Asp6Asp
18 Canada 27220 T 8557 8557
19 Canada 27221 T 8557 8557
20 Canada 27222 T C 8558 8552 Phe7Phe
21 Canada 27223 C 8558 8557
22 Canada 27224 A G 8558 8557 Gln8Arg
23 Canada 27225 G 8558 8558
24 Canada 27226 G 8558 8558
25 Canada 27227 T 8558 8558
26 Canada 27228 T 8558 8557
27 Canada 27229 A 8558 8557
28 Canada 27230 C 8558 8557
29 Canada 27231 T 8558 8557
30 Canada 27232 A 8558 8557
31 Canada 27233 T C 8558 8555 Ile11Thr
32 Canada 27234 A 8558 8558
33 Canada 27235 G 8558 8558
34 Canada 27236 C 8558 8558
35 Canada 27237 A 8558 8558
36 Canada 27238 G 8558 8558
37 Canada 27239 A 8558 8558
38 Canada 27240 G 8558 8558
39 Canada 27241 A 8558 8558
40 Canada 27242 T G 8558 8556 Ile14Arg
41 Canada 27243 A 8558 8558
42 Canada 27244 T 8558 8558
43 Canada 27245 T 8558 8558
44 Canada 27246 A 8558 8558
45 Canada 27247 C T 8558 8535 Leu16Leu
46 Canada 27248 T 8558 8558
47 Canada 27249 A 8558 8558
48 Canada 27250 A 8558 8558
49 Canada 27251 T 8558 8558
50 Canada 27252 T 8558 8558
51 Canada 27253 A 8558 8558
52 Canada 27254 T 8558 8558
53 Canada 27255 T 8558 8558
54 Canada 27256 A 8558 8558
55 Canada 27257 T 8558 8558
56 Canada 27258 G T 8558 8544 Met19Ile
57 Canada 27259 A 8558 8558
58 Canada 27260 G 8558 8558
59 Canada 27261 G T 8558 8555 Arg20Ser
60 Canada 27262 A 8550 8550
61 Canada 27263 C T 8550 8549 Thr21Ile
62 Canada 27264 T 8550 8550
63 Canada 27265 T 8550 8550
64 Canada 27266 T 8550 8550
65 Canada 27267 T C 8550 8546 Phe22Phe
66 Canada 27268 A 8550 8550
67 Canada 27269 A 8550 8550
68 Canada 27270 A 8550 8550
69 Canada 27271 G 8550 8550
70 Canada 27272 T 8550 8549
71 Canada 27273 T 8550 8550
72 Canada 27274 T 8550 8550
73 Canada 27275 C 8550 8550
74 Canada 27276 C T 8550 8549 Ser25Ser
75 Canada 27277 A 8550 8550
76 Canada 27278 T C 8550 8549 Ile26Thr
77 Canada 27279 T 8550 8550
78 Canada 27280 T G,C 8550 8518 Trp27Gly-p.Trp27Arg
79 Canada 27281 G T 8550 8545 Trp27Leu
80 Canada 27282 G 8550 8550
81 Canada 27283 A 8550 8550
82 Canada 27284 A 8550 8550
83 Canada 27285 T 8550 8550
84 Canada 27286 C T 8550 8549 Leu29Phe
85 Canada 27287 T 8550 8550
86 Canada 27288 T 8550 8550
87 Canada 27289 G 8550 8550
88 Canada 27290 A 8550 8550
89 Canada 27291 T 8550 8550
90 Canada 27292 T 8550 8550
91 Canada 27293 A 8550 8550
92 Canada 27294 C T 8550 8533 Tyr31Tyr
93 Canada 27295 A 8550 8550
94 Canada 27296 T 8550 8550
95 Canada 27297 C T 8550 8541 Ile32Ile
96 Canada 27298 A 8550 8550
97 Canada 27299 T C 8549 8525 Ile33Thr
98 Canada 27300 A 8548 8548
99 Canada 27301 A 8548 8548
100 Canada 27302 A 8548 8548
101 Canada 27303 C 8548 8548
102 Canada 27304 C 8548 8548
103 Canada 27305 T 8548 8548
104 Canada 27306 C 8548 8548
105 Canada 27307 A 8548 8548
106 Canada 27308 T 8548 8548
107 Canada 27309 A 8548 8548
108 Canada 27310 A 8548 8548
109 Canada 27311 T 8548 8548
110 Canada 27312 T 8548 8547
111 Canada 27313 A 8548 8548
112 Canada 27314 A 8548 8548
113 Canada 27315 A 8548 8548
114 Canada 27316 A 8548 8548
115 Canada 27317 A 8548 8548
116 Canada 27318 T 8548 8548
117 Canada 27319 T 8548 8548
118 Canada 27320 T 8548 8548
119 Canada 27321 A 8548 8548
120 Canada 27322 T 8556 8556
121 Canada 27323 C 8556 8556
122 Canada 27324 T 8556 8556
123 Canada 27325 A 8556 8556
124 Canada 27326 A T 8556 8555 Lys42Met
125 Canada 27327 G 8556 8556
126 Canada 27328 T 8556 8556
127 Canada 27329 C 8556 8556
128 Canada 27330 A 8556 8555
129 Canada 27331 C 8556 8556
130 Canada 27332 T 8556 8556
131 Canada 27333 A 8556 8556
132 Canada 27334 A 8556 8556
133 Canada 27335 C 8556 8556
134 Canada 27336 T C 8556 8555 Thr45Thr
135 Canada 27337 G 8556 8556
136 Canada 27338 A 8556 8556
137 Canada 27339 G 8556 8556
138 Canada 27340 A 8556 8556
139 Canada 27341 A 8556 8556
140 Canada 27342 T 8556 8556
141 Canada 27343 A 8556 8556
142 Canada 27344 A 8556 8556
143 Canada 27345 A 8556 8556
144 Canada 27346 T 8556 8555
145 Canada 27347 A 8556 8556
146 Canada 27348 T 8556 8556
147 Canada 27349 T 8556 8556
148 Canada 27350 C 8556 8556
149 Canada 27351 T 8556 8556
150 Canada 27352 C 8556 8556
151 Canada 27353 A 8556 8556
152 Canada 27354 A 8556 8555
153 Canada 27355 T G 8556 8554 Leu52Val
154 Canada 27356 T 8556 8556
155 Canada 27357 A 8556 8556
156 Canada 27358 G A 8556 8555 Asp53Asn
157 Canada 27359 A 8556 8556
158 Canada 27360 T 8556 8556
159 Canada 27361 G 8556 8556
160 Canada 27362 A 8556 8556
161 Canada 27363 A 8556 8556
162 Canada 27364 G 8555 8555
163 Canada 27365 A 8555 8555
164 Canada 27366 G 8555 8555
165 Canada 27367 C 8555 8555
166 Canada 27368 A 8555 8555
167 Canada 27369 A 8555 8555
168 Canada 27370 C 8555 8555
169 Canada 27371 C 8555 8555
170 Canada 27372 A T 8555 8554 Pro57Pro
171 Canada 27373 A 8555 8555
172 Canada 27374 T 8555 8555
173 Canada 27375 G 8555 8555
174 Canada 27376 G 8555 8555
175 Canada 27377 A 8555 8555
176 Canada 27378 G 8555 8555
177 Canada 27379 A 8555 8555
178 Canada 27380 T C 8555 8553 Ile60Thr
179 Canada 27381 T 8555 8555
180 Canada 27382 G 8548 8547
181 Canada 27383 A 8548 8548
182 Canada 27384 T C 8548 8525 Asp61Asp
183 Canada 27385 T 8548 8548
184 Canada 27386 A 8548 8548
185 Canada 27387 A 8548 8548