National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Brunei 27202 A 5 5
1 Brunei 27203 T 5 5
2 Brunei 27204 G 5 5
3 Brunei 27205 T 5 5
4 Brunei 27206 T 5 5
5 Brunei 27207 T 5 5
6 Brunei 27208 C 5 5
7 Brunei 27209 A 5 5
8 Brunei 27210 T 5 5
9 Brunei 27211 C 5 5
10 Brunei 27212 T 5 5
11 Brunei 27213 C 5 5
12 Brunei 27214 G 5 5
13 Brunei 27215 T 5 5
14 Brunei 27216 T 5 5
15 Brunei 27217 G 5 5
16 Brunei 27218 A 5 5
17 Brunei 27219 C 5 5
18 Brunei 27220 T 5 5
19 Brunei 27221 T 5 5
20 Brunei 27222 T 5 5
21 Brunei 27223 C 5 5
22 Brunei 27224 A 5 5
23 Brunei 27225 G 5 5
24 Brunei 27226 G 5 5
25 Brunei 27227 T 5 5
26 Brunei 27228 T 5 5
27 Brunei 27229 A 5 5
28 Brunei 27230 C 5 5
29 Brunei 27231 T 5 5
30 Brunei 27232 A 5 5
31 Brunei 27233 T 5 5
32 Brunei 27234 A 5 5
33 Brunei 27235 G 5 5
34 Brunei 27236 C 5 5
35 Brunei 27237 A 5 5
36 Brunei 27238 G 5 5
37 Brunei 27239 A 5 5
38 Brunei 27240 G 5 5
39 Brunei 27241 A 5 5
40 Brunei 27242 T 5 5
41 Brunei 27243 A 5 5
42 Brunei 27244 T 5 5
43 Brunei 27245 T 5 5
44 Brunei 27246 A 5 5
45 Brunei 27247 C 5 5
46 Brunei 27248 T 5 5
47 Brunei 27249 A 5 5
48 Brunei 27250 A 5 5
49 Brunei 27251 T 5 5
50 Brunei 27252 T 5 5
51 Brunei 27253 A 5 5
52 Brunei 27254 T 5 5
53 Brunei 27255 T 5 5
54 Brunei 27256 A 5 5
55 Brunei 27257 T 5 5
56 Brunei 27258 G 5 5
57 Brunei 27259 A 5 5
58 Brunei 27260 G 5 5
59 Brunei 27261 G 5 5
60 Brunei 27262 A 5 5
61 Brunei 27263 C 5 5
62 Brunei 27264 T 5 5
63 Brunei 27265 T 5 5
64 Brunei 27266 T 5 5
65 Brunei 27267 T 5 5
66 Brunei 27268 A 5 5
67 Brunei 27269 A 5 5
68 Brunei 27270 A 5 5
69 Brunei 27271 G 5 5
70 Brunei 27272 T 5 5
71 Brunei 27273 T 5 5
72 Brunei 27274 T 5 5
73 Brunei 27275 C 5 5
74 Brunei 27276 C 5 5
75 Brunei 27277 A 5 5
76 Brunei 27278 T 5 5
77 Brunei 27279 T 5 5
78 Brunei 27280 T 5 5
79 Brunei 27281 G 5 5
80 Brunei 27282 G 5 5
81 Brunei 27283 A 5 5
82 Brunei 27284 A 5 5
83 Brunei 27285 T 5 5
84 Brunei 27286 C 5 5
85 Brunei 27287 T 5 5
86 Brunei 27288 T 5 5
87 Brunei 27289 G 5 5
88 Brunei 27290 A 5 5
89 Brunei 27291 T 5 5
90 Brunei 27292 T 5 5
91 Brunei 27293 A 5 5
92 Brunei 27294 C 5 5
93 Brunei 27295 A 5 5
94 Brunei 27296 T 5 5
95 Brunei 27297 C 5 5
96 Brunei 27298 A 5 5
97 Brunei 27299 T 5 5
98 Brunei 27300 A 5 5
99 Brunei 27301 A 5 5
100 Brunei 27302 A 5 5
101 Brunei 27303 C 5 5
102 Brunei 27304 C 5 5
103 Brunei 27305 T 5 5
104 Brunei 27306 C 5 5
105 Brunei 27307 A 5 5
106 Brunei 27308 T 5 5
107 Brunei 27309 A 5 5
108 Brunei 27310 A 5 5
109 Brunei 27311 T 5 5
110 Brunei 27312 T 5 5
111 Brunei 27313 A 5 5
112 Brunei 27314 A 5 5
113 Brunei 27315 A 5 5
114 Brunei 27316 A 5 5
115 Brunei 27317 A 5 5
116 Brunei 27318 T 5 5
117 Brunei 27319 T 5 5
118 Brunei 27320 T 5 5
119 Brunei 27321 A 5 5
120 Brunei 27322 T 5 5
121 Brunei 27323 C 5 5
122 Brunei 27324 T 5 5
123 Brunei 27325 A 5 5
124 Brunei 27326 A 5 5
125 Brunei 27327 G 5 5
126 Brunei 27328 T 5 5
127 Brunei 27329 C 5 5
128 Brunei 27330 A 5 5
129 Brunei 27331 C 5 5
130 Brunei 27332 T 5 5
131 Brunei 27333 A 5 5
132 Brunei 27334 A 5 5
133 Brunei 27335 C 5 5
134 Brunei 27336 T 5 5
135 Brunei 27337 G 5 5
136 Brunei 27338 A 5 5
137 Brunei 27339 G 5 5
138 Brunei 27340 A 5 5
139 Brunei 27341 A 5 5
140 Brunei 27342 T 5 5
141 Brunei 27343 A 5 5
142 Brunei 27344 A 5 5
143 Brunei 27345 A 5 5
144 Brunei 27346 T 5 5
145 Brunei 27347 A 5 5
146 Brunei 27348 T 5 5
147 Brunei 27349 T 5 5
148 Brunei 27350 C 5 5
149 Brunei 27351 T 5 5
150 Brunei 27352 C 5 5
151 Brunei 27353 A 5 5
152 Brunei 27354 A 5 5
153 Brunei 27355 T 5 5
154 Brunei 27356 T 5 5
155 Brunei 27357 A 5 5
156 Brunei 27358 G 5 5
157 Brunei 27359 A 5 5
158 Brunei 27360 T 5 5
159 Brunei 27361 G 5 5
160 Brunei 27362 A 5 5
161 Brunei 27363 A 5 5
162 Brunei 27364 G 5 5
163 Brunei 27365 A 5 5
164 Brunei 27366 G 5 5
165 Brunei 27367 C 5 5
166 Brunei 27368 A 5 5
167 Brunei 27369 A 5 5
168 Brunei 27370 C 5 5
169 Brunei 27371 C 5 5
170 Brunei 27372 A 5 5
171 Brunei 27373 A 5 5
172 Brunei 27374 T 5 5
173 Brunei 27375 G 5 5
174 Brunei 27376 G 5 5
175 Brunei 27377 A 5 5
176 Brunei 27378 G 5 5
177 Brunei 27379 A 5 5
178 Brunei 27380 T 5 5
179 Brunei 27381 T 5 5
180 Brunei 27382 G 5 5
181 Brunei 27383 A 5 5
182 Brunei 27384 T 5 5
183 Brunei 27385 T 5 5
184 Brunei 27386 A 5 5
185 Brunei 27387 A 5 5