National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9       1                            
H     3                                    
I     30           2                 1      
K     12                                    
L     24       3       1                    
M     9                                    
N     12                             1      
P     3               1                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                           1        
T     9           1                        
V     9           1                        
W     3                                    
Y     6                                   1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 27202 A 650 650
1 Argentina 27203 T 650 650
2 Argentina 27204 G 650 650
3 Argentina 27205 T 650 650
4 Argentina 27206 T 650 650
5 Argentina 27207 T 650 650
6 Argentina 27208 C 650 650
7 Argentina 27209 A 650 650
8 Argentina 27210 T 650 650
9 Argentina 27211 C T 650 620 Leu4Phe
10 Argentina 27212 T 650 650
11 Argentina 27213 C T 650 648 Leu4Leu
12 Argentina 27214 G 650 650
13 Argentina 27215 T 650 650
14 Argentina 27216 T 650 650
15 Argentina 27217 G 650 650
16 Argentina 27218 A 650 650
17 Argentina 27219 C 650 650
18 Argentina 27220 T 650 650
19 Argentina 27221 T 650 650
20 Argentina 27222 T C 650 649 Phe7Phe
21 Argentina 27223 C 650 650
22 Argentina 27224 A 650 650
23 Argentina 27225 G 650 650
24 Argentina 27226 G 650 650
25 Argentina 27227 T 650 650
26 Argentina 27228 T 650 650
27 Argentina 27229 A 650 650
28 Argentina 27230 C 650 650
29 Argentina 27231 T 650 650
30 Argentina 27232 A 649 649
31 Argentina 27233 T 649 649
32 Argentina 27234 A 649 649
33 Argentina 27235 G 649 649
34 Argentina 27236 C 649 649
35 Argentina 27237 A 649 649
36 Argentina 27238 G 649 649
37 Argentina 27239 A 649 649
38 Argentina 27240 G 649 649
39 Argentina 27241 A 649 649
40 Argentina 27242 T 649 649
41 Argentina 27243 A 649 649
42 Argentina 27244 T 649 649
43 Argentina 27245 T 649 649
44 Argentina 27246 A 649 649
45 Argentina 27247 C 649 649
46 Argentina 27248 T 649 649
47 Argentina 27249 A 649 649
48 Argentina 27250 A 649 649
49 Argentina 27251 T 649 649
50 Argentina 27252 T 649 649
51 Argentina 27253 A 649 649
52 Argentina 27254 T 649 649
53 Argentina 27255 T 649 649
54 Argentina 27256 A 649 649
55 Argentina 27257 T 649 649
56 Argentina 27258 G 649 649
57 Argentina 27259 A 649 649
58 Argentina 27260 G 649 649
59 Argentina 27261 G 649 649
60 Argentina 27262 A 649 649
61 Argentina 27263 C T 649 648 Thr21Ile
62 Argentina 27264 T 649 649
63 Argentina 27265 T 649 649
64 Argentina 27266 T 649 649
65 Argentina 27267 T 648 648
66 Argentina 27268 A 648 648
67 Argentina 27269 A 648 648
68 Argentina 27270 A 648 648
69 Argentina 27271 G A 648 647 Val24Ile
70 Argentina 27272 T 648 648
71 Argentina 27273 T 648 648
72 Argentina 27274 T 648 648
73 Argentina 27275 C 648 648
74 Argentina 27276 C 648 648
75 Argentina 27277 A 648 648
76 Argentina 27278 T 648 648
77 Argentina 27279 T 648 648
78 Argentina 27280 T 648 648
79 Argentina 27281 G 647 647
80 Argentina 27282 G 647 647
81 Argentina 27283 A 647 647
82 Argentina 27284 A 647 647
83 Argentina 27285 T 646 646
84 Argentina 27286 C T 646 645 Leu29Phe
85 Argentina 27287 T 646 646
86 Argentina 27288 T 646 646
87 Argentina 27289 G 646 646
88 Argentina 27290 A 646 646
89 Argentina 27291 T 646 646
90 Argentina 27292 T 645 645
91 Argentina 27293 A 645 645
92 Argentina 27294 C T 645 640 Tyr31Tyr
93 Argentina 27295 A 645 645
94 Argentina 27296 T 645 645
95 Argentina 27297 C T,A 645 642 Ile32Ile-p.Ile32Ile
96 Argentina 27298 A 645 645
97 Argentina 27299 T C 645 499 Ile33Thr
98 Argentina 27300 A 645 645
99 Argentina 27301 A 645 645
100 Argentina 27302 A 645 645
101 Argentina 27303 C 645 645
102 Argentina 27304 C T 645 641 Leu35Phe
103 Argentina 27305 T 645 645
104 Argentina 27306 C 645 645
105 Argentina 27307 A 645 645
106 Argentina 27308 T 645 645
107 Argentina 27309 A 645 645
108 Argentina 27310 A 645 645
109 Argentina 27311 T 645 645
110 Argentina 27312 T 645 645
111 Argentina 27313 A 645 645
112 Argentina 27314 A 645 645
113 Argentina 27315 A 645 645
114 Argentina 27316 A 645 645
115 Argentina 27317 A 645 645
116 Argentina 27318 T 645 645
117 Argentina 27319 T 645 645
118 Argentina 27320 T 645 645
119 Argentina 27321 A 645 645
120 Argentina 27322 T 645 645
121 Argentina 27323 C 645 645
122 Argentina 27324 T 645 645
123 Argentina 27325 A 645 645
124 Argentina 27326 A 645 645
125 Argentina 27327 G 645 645
126 Argentina 27328 T 645 645
127 Argentina 27329 C 645 645
128 Argentina 27330 A 645 645
129 Argentina 27331 C 645 645
130 Argentina 27332 T 645 645
131 Argentina 27333 A 645 645
132 Argentina 27334 A 645 645
133 Argentina 27335 C 645 645
134 Argentina 27336 T 645 645
135 Argentina 27337 G 645 645
136 Argentina 27338 A 645 645
137 Argentina 27339 G 645 645
138 Argentina 27340 A 645 645
139 Argentina 27341 A C 645 643 Asn47Thr
140 Argentina 27342 T 645 645
141 Argentina 27343 A 645 645
142 Argentina 27344 A 645 645
143 Argentina 27345 A 645 645
144 Argentina 27346 T 645 645
145 Argentina 27347 A 645 645
146 Argentina 27348 T 645 645
147 Argentina 27349 T 645 645
148 Argentina 27350 C 645 645
149 Argentina 27351 T C 645 644 Ser50Ser
150 Argentina 27352 C 645 645
151 Argentina 27353 A 645 645
152 Argentina 27354 A 645 645
153 Argentina 27355 T 645 645
154 Argentina 27356 T 645 645
155 Argentina 27357 A 645 645
156 Argentina 27358 G 645 645
157 Argentina 27359 A 645 645
158 Argentina 27360 T 645 645
159 Argentina 27361 G 645 645
160 Argentina 27362 A 645 645
161 Argentina 27363 A 645 645
162 Argentina 27364 G 645 645
163 Argentina 27365 A 645 645
164 Argentina 27366 G 645 645
165 Argentina 27367 C 645 645
166 Argentina 27368 A 645 645
167 Argentina 27369 A 645 645
168 Argentina 27370 C 645 645
169 Argentina 27371 C T 645 644 Pro57Leu
170 Argentina 27372 A 645 645
171 Argentina 27373 A 645 645
172 Argentina 27374 T 645 645
173 Argentina 27375 G 645 645
174 Argentina 27376 G 645 645
175 Argentina 27377 A 645 645
176 Argentina 27378 G 645 645
177 Argentina 27379 A 645 645
178 Argentina 27380 T 645 645
179 Argentina 27381 T 645 645
180 Argentina 27382 G 645 645
181 Argentina 27383 A 645 645
182 Argentina 27384 T C 645 642 Asp61Asp
183 Argentina 27385 T 645 645
184 Argentina 27386 A 645 645
185 Argentina 27387 A 645 645