National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     63                                        
-     894                                        
?                                              
A     9                                        
C     30                                        
D     12                                        
E     18                                        
F     42                                        
G     30                                        
H     27                                        
I     81                                        
K     57                                        
L     174                                        
M     42                                        
N     34                                        
P     15                                        
Q     45                                        
R     24                                        
S     42                                        
T     44               1                        
V     72                                        
W     6                                        
Y     27                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 20659 T 44 44
1 Sri_Lanka 20660 C 44 44
2 Sri_Lanka 20661 T 44 44
3 Sri_Lanka 20662 A 44 44
4 Sri_Lanka 20663 G 44 44
5 Sri_Lanka 20664 T 44 44
6 Sri_Lanka 20665 C 44 44
7 Sri_Lanka 20666 A 44 44
8 Sri_Lanka 20667 A 44 44
9 Sri_Lanka 20668 G 44 44
10 Sri_Lanka 20669 C 44 44
11 Sri_Lanka 20670 G 44 44
12 Sri_Lanka 20671 T 44 44
13 Sri_Lanka 20672 G 44 44
14 Sri_Lanka 20673 G 44 44
15 Sri_Lanka 20674 C 44 44
16 Sri_Lanka 20675 A 44 44
17 Sri_Lanka 20676 A 44 44
18 Sri_Lanka 20677 C 44 44
19 Sri_Lanka 20678 C 44 44
20 Sri_Lanka 20679 G 44 44
21 Sri_Lanka 20680 G 44 44
22 Sri_Lanka 20681 G 44 44
23 Sri_Lanka 20682 T 44 44
24 Sri_Lanka 20683 G 44 44
25 Sri_Lanka 20684 T 44 44
26 Sri_Lanka 20685 T 44 44
27 Sri_Lanka 20686 G 44 44
28 Sri_Lanka 20687 C 44 44
29 Sri_Lanka 20688 T 44 44
30 Sri_Lanka 20689 A 44 44
31 Sri_Lanka 20690 T 44 44
32 Sri_Lanka 20691 G 44 44
33 Sri_Lanka 20692 C 44 44
34 Sri_Lanka 20693 C 44 43
35 Sri_Lanka 20694 T 44 44
36 Sri_Lanka 20695 A 44 44
37 Sri_Lanka 20696 A 44 43
38 Sri_Lanka 20697 T 44 44
39 Sri_Lanka 20698 C 44 43
40 Sri_Lanka 20699 T 44 43
41 Sri_Lanka 20700 T 44 43
42 Sri_Lanka 20701 T 44 42
43 Sri_Lanka 20702 A 44 39
44 Sri_Lanka 20703 C 44 38
45 Sri_Lanka 20704 A 44 38
46 Sri_Lanka 20705 A 44 37
47 Sri_Lanka 20706 A 44 37
48 Sri_Lanka 20707 A 44 37
49 Sri_Lanka 20708 T 44 37
50 Sri_Lanka 20709 G 44 37
51 Sri_Lanka 20710 C 44 37
52 Sri_Lanka 20711 A 44 37
53 Sri_Lanka 20712 A 44 36
54 Sri_Lanka 20713 A 44 36
55 Sri_Lanka 20714 G 44 36
56 Sri_Lanka 20715 A 44 35
57 Sri_Lanka 20716 A 44 35
58 Sri_Lanka 20717 T 44 35
59 Sri_Lanka 20718 G 44 35
60 Sri_Lanka 20719 C 44 35
61 Sri_Lanka 20720 T 44 35
62 Sri_Lanka 20721 A 44 35
63 Sri_Lanka 20722 T 44 34
64 Sri_Lanka 20723 T 44 34
65 Sri_Lanka 20724 A 44 33
66 Sri_Lanka 20725 G 44 32
67 Sri_Lanka 20726 A 44 32
68 Sri_Lanka 20727 A 44 32
69 Sri_Lanka 20728 A 44 31
70 Sri_Lanka 20729 A 44 28
71 Sri_Lanka 20730 G 44 28
72 Sri_Lanka 20731 T 45 32
73 Sri_Lanka 20732 G 45 32
74 Sri_Lanka 20733 T 46 39
75 Sri_Lanka 20734 G 46 39
76 Sri_Lanka 20735 A 46 39
77 Sri_Lanka 20736 C 46 39
78 Sri_Lanka 20737 C 46 39
79 Sri_Lanka 20738 T 47 40
80 Sri_Lanka 20739 T 47 40
81 Sri_Lanka 20740 C 47 40
82 Sri_Lanka 20741 A 47 40
83 Sri_Lanka 20742 A 47 40
84 Sri_Lanka 20743 A 47 40
85 Sri_Lanka 20744 A 47 40
86 Sri_Lanka 20745 T 47 40
87 Sri_Lanka 20746 T 47 40
88 Sri_Lanka 20747 A 49 45
89 Sri_Lanka 20748 T 49 45
90 Sri_Lanka 20749 G 49 45
91 Sri_Lanka 20750 G 49 45
92 Sri_Lanka 20751 T 49 45
93 Sri_Lanka 20752 G 49 45
94 Sri_Lanka 20753 A 49 44
95 Sri_Lanka 20754 T 49 44
96 Sri_Lanka 20755 A 49 44
97 Sri_Lanka 20756 G 49 44
98 Sri_Lanka 20757 T 49 44
99 Sri_Lanka 20758 G 57 57
100 Sri_Lanka 20759 C 57 57
101 Sri_Lanka 20760 A 57 57
102 Sri_Lanka 20761 A 57 57
103 Sri_Lanka 20762 C 57 57
104 Sri_Lanka 20763 A 57 57
105 Sri_Lanka 20764 T 57 57
106 Sri_Lanka 20765 T 57 57
107 Sri_Lanka 20766 A 57 57
108 Sri_Lanka 20767 C 57 57
109 Sri_Lanka 20768 C 57 57
110 Sri_Lanka 20769 T 57 57
111 Sri_Lanka 20770 A 57 57
112 Sri_Lanka 20771 A 57 57
113 Sri_Lanka 20772 A 57 57
114 Sri_Lanka 20773 G 57 57
115 Sri_Lanka 20774 G 57 57
116 Sri_Lanka 20775 C 57 57
117 Sri_Lanka 20776 A 57 57
118 Sri_Lanka 20777 T 57 57
119 Sri_Lanka 20778 A 57 57
120 Sri_Lanka 20779 A 57 57
121 Sri_Lanka 20780 T 57 57
122 Sri_Lanka 20781 G 57 57
123 Sri_Lanka 20782 A 57 57
124 Sri_Lanka 20783 T 57 57
125 Sri_Lanka 20784 G 57 57
126 Sri_Lanka 20785 A 57 57
127 Sri_Lanka 20786 A 57 57
128 Sri_Lanka 20787 T 57 57
129 Sri_Lanka 20788 G 57 57
130 Sri_Lanka 20789 T 57 57
131 Sri_Lanka 20790 C 57 57
132 Sri_Lanka 20791 G 57 57
133 Sri_Lanka 20792 C 57 57
134 Sri_Lanka 20793 A 57 57
135 Sri_Lanka 20794 A 57 57
136 Sri_Lanka 20795 A 57 57
137 Sri_Lanka 20796 A 57 57
138 Sri_Lanka 20797 T 57 57
139 Sri_Lanka 20798 A 57 57
140 Sri_Lanka 20799 T 57 57
141 Sri_Lanka 20800 A 57 57
142 Sri_Lanka 20801 C 57 57
143 Sri_Lanka 20802 T 57 57
144 Sri_Lanka 20803 C 57 56
145 Sri_Lanka 20804 A 57 56
146 Sri_Lanka 20805 A 57 56
147 Sri_Lanka 20806 C 57 56
148 Sri_Lanka 20807 T 57 56
149 Sri_Lanka 20808 G 57 56
150 Sri_Lanka 20809 T 57 56
151 Sri_Lanka 20810 G 57 56
152 Sri_Lanka 20811 T 57 56
153 Sri_Lanka 20812 C 57 55
154 Sri_Lanka 20813 A 57 55
155 Sri_Lanka 20814 A 57 55
156 Sri_Lanka 20815 T 57 55
157 Sri_Lanka 20816 A 57 56
158 Sri_Lanka 20817 T 57 56
159 Sri_Lanka 20818 T 57 56
160 Sri_Lanka 20819 T 57 56
161 Sri_Lanka 20820 A 57 56
162 Sri_Lanka 20821 A 57 56
163 Sri_Lanka 20822 A 57 56
164 Sri_Lanka 20823 C 57 56
165 Sri_Lanka 20824 A 57 56
166 Sri_Lanka 20825 C 57 56
167 Sri_Lanka 20826 A 57 56
168 Sri_Lanka 20827 T 57 56
169 Sri_Lanka 20828 T 57 56
170 Sri_Lanka 20829 A 57 56
171 Sri_Lanka 20830 A 57 56
172 Sri_Lanka 20831 C 57 56
173 Sri_Lanka 20832 A 57 56
174 Sri_Lanka 20833 T 57 56
175 Sri_Lanka 20834 T 57 56
176 Sri_Lanka 20835 A 57 55
177 Sri_Lanka 20836 G 57 55
178 Sri_Lanka 20837 C 57 57
179 Sri_Lanka 20838 T 57 57
180 Sri_Lanka 20839 G 57 57
181 Sri_Lanka 20840 T 57 57
182 Sri_Lanka 20841 A 57 57
183 Sri_Lanka 20842 C 57 57
184 Sri_Lanka 20843 C 57 57
185 Sri_Lanka 20844 C 57 57
186 Sri_Lanka 20845 T 57 57
187 Sri_Lanka 20846 A 57 57
188 Sri_Lanka 20847 T 57 57
189 Sri_Lanka 20848 A 58 58
190 Sri_Lanka 20849 A 58 58
191 Sri_Lanka 20850 T 58 58
192 Sri_Lanka 20851 A 58 58
193 Sri_Lanka 20852 T 58 58
194 Sri_Lanka 20853 G 58 58
195 Sri_Lanka 20854 A 58 58
196 Sri_Lanka 20855 G 58 58
197 Sri_Lanka 20856 A 58 58
198 Sri_Lanka 20857 G 58 58
199 Sri_Lanka 20858 T 58 58
200 Sri_Lanka 20859 T 58 58
201 Sri_Lanka 20860 A 58 58
202 Sri_Lanka 20861 T 58 58
203 Sri_Lanka 20862 A 58 58
204 Sri_Lanka 20863 C 58 58
205 Sri_Lanka 20864 A 58 58
206 Sri_Lanka 20865 T 58 58
207 Sri_Lanka 20866 T 58 58
208 Sri_Lanka 20867 T 58 58
209 Sri_Lanka 20868 T 58 58
210 Sri_Lanka 20869 G 58 58
211 Sri_Lanka 20870 G 58 58
212 Sri_Lanka 20871 T 58 58
213 Sri_Lanka 20872 G 58 58
214 Sri_Lanka 20873 C 58 58
215 Sri_Lanka 20874 T 58 58
216 Sri_Lanka 20875 G 58 58
217 Sri_Lanka 20876 G 58 58
218 Sri_Lanka 20877 T 58 58
219 Sri_Lanka 20878 T 58 58
220 Sri_Lanka 20879 C 58 58
221 Sri_Lanka 20880 T 58 58
222 Sri_Lanka 20881 G 58 58
223 Sri_Lanka 20882 A 58 32
224 Sri_Lanka 20883 T 58 32
225 Sri_Lanka 20884 A 58 32
226 Sri_Lanka 20885 A 58 31
227 Sri_Lanka 20886 A 58 31
228 Sri_Lanka 20887 G 58 31
229 Sri_Lanka 20888 G 58 31
230 Sri_Lanka 20889 A 58 29
231 Sri_Lanka 20890 G 58 29
232 Sri_Lanka 20891 T 58 29
233 Sri_Lanka 20892 T 58 29
234 Sri_Lanka 20893 G 58 30
235 Sri_Lanka 20894 C 58 30
236 Sri_Lanka 20895 A 58 29
237 Sri_Lanka 20896 C 58 29
238 Sri_Lanka 20897 C 58 29
239 Sri_Lanka 20898 A 58 29
240 Sri_Lanka 20899 G 58 29
241 Sri_Lanka 20900 G 58 30
242 Sri_Lanka 20901 T 58 30
243 Sri_Lanka 20902 A 58 53
244 Sri_Lanka 20903 C 58 53
245 Sri_Lanka 20904 A 58 53
246 Sri_Lanka 20905 G 58 53
247 Sri_Lanka 20906 C 58 52
248 Sri_Lanka 20907 T 58 52
249 Sri_Lanka 20908 G 58 54
250 Sri_Lanka 20909 T 58 47
251 Sri_Lanka 20910 T 58 47
252 Sri_Lanka 20911 T 58 49
253 Sri_Lanka 20912 T 58 51
254 Sri_Lanka 20913 A 60 60
255 Sri_Lanka 20914 A 60 60
256 Sri_Lanka 20915 G 60 60
257 Sri_Lanka 20916 A 60 60
258 Sri_Lanka 20917 C 60 60
259 Sri_Lanka 20918 A 60 60
260 Sri_Lanka 20919 G 60 60
261 Sri_Lanka 20920 T 60 60
262 Sri_Lanka 20921 G 60 60
263 Sri_Lanka 20922 G 60 60
264 Sri_Lanka 20923 T 60 60
265 Sri_Lanka 20924 T 60 60
266 Sri_Lanka 20925 G 60 60
267 Sri_Lanka 20926 C 60 60
268 Sri_Lanka 20927 C 60 60
269 Sri_Lanka 20928 T 60 60
270 Sri_Lanka 20929 A 60 60
271 Sri_Lanka 20930 C 60 60
272 Sri_Lanka 20931 G 60 60
273 Sri_Lanka 20932 G 60 60
274 Sri_Lanka 20933 G 60 60
275 Sri_Lanka 20934 T 60 60
276 Sri_Lanka 20935 A 60 60
277 Sri_Lanka 20936 C 60 60
278 Sri_Lanka 20937 G 60 60
279 Sri_Lanka 20938 C 60 60
280 Sri_Lanka 20939 T 60 60
281 Sri_Lanka 20940 G 60 60
282 Sri_Lanka 20941 C 60 60
283 Sri_Lanka 20942 T 60 60
284 Sri_Lanka 20943 T 60 60
285 Sri_Lanka 20944 G 60 60
286 Sri_Lanka 20945 T 60 60
287 Sri_Lanka 20946 C 60 60
288 Sri_Lanka 20947 G 60 60
289 Sri_Lanka 20948 A 60 60
290 Sri_Lanka 20949 T 60 60
291 Sri_Lanka 20950 T 60 60
292 Sri_Lanka 20951 C 60 60
293 Sri_Lanka 20952 A 60 60
294 Sri_Lanka 20953 G 60 60
295 Sri_Lanka 20954 A 60 60
296 Sri_Lanka 20955 T 60 60
297 Sri_Lanka 20956 C 60 60
298 Sri_Lanka 20957 T 60 60
299 Sri_Lanka 20958 T 60 60
300 Sri_Lanka 20959 A 60 60
301 Sri_Lanka 20960 A 60 60
302 Sri_Lanka 20961 T 60 60
303 Sri_Lanka 20962 G 60 60
304 Sri_Lanka 20963 A 60 60
305 Sri_Lanka 20964 C T 60 59 Thr6900Ile
306 Sri_Lanka 20965 T 60 60
307 Sri_Lanka 20966 T 60 60
308 Sri_Lanka 20967 T 60 60
309 Sri_Lanka 20968 G 60 60
310 Sri_Lanka 20969 T 60 60
311 Sri_Lanka 20970 C 60 60
312 Sri_Lanka 20971 T 60 60
313 Sri_Lanka 20972 C 60 60
314 Sri_Lanka 20973 T 60 60
315 Sri_Lanka 20974 G 60 60
316 Sri_Lanka 20975 A 60 60
317 Sri_Lanka 20976 T 60 60
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672 Sri_Lanka 21331 C 60 60
673 Sri_Lanka 21332 A 60 60
674 Sri_Lanka 21333 T 60 60
675 Sri_Lanka 21334 G 60 60
676 Sri_Lanka 21335 C 60 60
677 Sri_Lanka 21336 A 60 60
678 Sri_Lanka 21337 A 60 60
679 Sri_Lanka 21338 A 60 60
680 Sri_Lanka 21339 T 60 60
681 Sri_Lanka 21340 T 60 60
682 Sri_Lanka 21341 A 60 60
683 Sri_Lanka 21342 C 60 60
684 Sri_Lanka 21343 A 60 60
685 Sri_Lanka 21344 T 60 60
686 Sri_Lanka 21345 A 60 60
687 Sri_Lanka 21346 T 60 60
688 Sri_Lanka 21347 T 60 60
689 Sri_Lanka 21348 T 60 60
690 Sri_Lanka 21349 T 60 60
691 Sri_Lanka 21350 G 60 60
692 Sri_Lanka 21351 G 60 60
693 Sri_Lanka 21352 A 60 60
694 Sri_Lanka 21353 G 55 54
695 Sri_Lanka 21354 G 54 53
696 Sri_Lanka 21355 A 53 52
697 Sri_Lanka 21356 A 53 52
698 Sri_Lanka 21357 T 53 52
699 Sri_Lanka 21358 A 53 52
700 Sri_Lanka 21359 C 52 51
701 Sri_Lanka 21360 A 52 51
702 Sri_Lanka 21361 A 52 50
703 Sri_Lanka 21362 A 51 49
704 Sri_Lanka 21363 T 51 49
705 Sri_Lanka 21364 C 51 49
706 Sri_Lanka 21365 C 50 48
707 Sri_Lanka 21366 A 40 35
708 Sri_Lanka 21367 A 40 35
709 Sri_Lanka 21368 T 39 34
710 Sri_Lanka 21369 T 39 34
711 Sri_Lanka 21370 C 39 34
712 Sri_Lanka 21371 A 39 33
713 Sri_Lanka 21372 G 36 29
714 Sri_Lanka 21373 T 36 29
715 Sri_Lanka 21374 T 35 28
716 Sri_Lanka 21375 G 35 26
717 Sri_Lanka 21376 T 35 25
718 Sri_Lanka 21377 C 35 25
719 Sri_Lanka 21378 T 35 26
720 Sri_Lanka 21379 T 35 26
721 Sri_Lanka 21380 C 35 25
722 Sri_Lanka 21381 C 34 25
723 Sri_Lanka 21382 T 34 26
724 Sri_Lanka 21383 A 34 26
725 Sri_Lanka 21384 T 34 26
726 Sri_Lanka 21385 T 34 34
727 Sri_Lanka 21386 C 34 33
728 Sri_Lanka 21387 T 34 33
729 Sri_Lanka 21388 T 34 33
730 Sri_Lanka 21389 T 34 34
731 Sri_Lanka 21390 A 34 33
732 Sri_Lanka 21391 T 34 33
733 Sri_Lanka 21392 T 34 32
734 Sri_Lanka 21393 T 34 32
735 Sri_Lanka 21394 G 34 32
736 Sri_Lanka 21395 A 34 31
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739 Sri_Lanka 21398 T 34 31
740 Sri_Lanka 21399 G 34 30
741 Sri_Lanka 21400 A 34 30
742 Sri_Lanka 21401 G 34 30
743 Sri_Lanka 21402 T 34 30
744 Sri_Lanka 21403 A 34 30
745 Sri_Lanka 21404 A 34 29
746 Sri_Lanka 21405 A 34 29
747 Sri_Lanka 21406 T 34 29
748 Sri_Lanka 21407 T 34 29
749 Sri_Lanka 21408 T 34 29
750 Sri_Lanka 21409 C 34 29
751 Sri_Lanka 21410 C 34 29
752 Sri_Lanka 21411 C 34 29
753 Sri_Lanka 21412 C 34 29
754 Sri_Lanka 21413 T 34 29
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759 Sri_Lanka 21418 T 34 29
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762 Sri_Lanka 21421 A 34 29
763 Sri_Lanka 21422 G 34 29
764 Sri_Lanka 21423 G 34 29
765 Sri_Lanka 21424 G 34 30
766 Sri_Lanka 21425 G 34 30
767 Sri_Lanka 21426 T 34 30
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770 Sri_Lanka 21429 T 34 30
771 Sri_Lanka 21430 G 34 30
772 Sri_Lanka 21431 C 34 30
773 Sri_Lanka 21432 T 34 30
774 Sri_Lanka 21433 G 34 31
775 Sri_Lanka 21434 T 34 31
776 Sri_Lanka 21435 T 34 31
777 Sri_Lanka 21436 A 34 31
778 Sri_Lanka 21437 T 34 31
779 Sri_Lanka 21438 G 34 31
780 Sri_Lanka 21439 T 34 31
781 Sri_Lanka 21440 C 34 31
782 Sri_Lanka 21441 T 34 31
783 Sri_Lanka 21442 T 34 31
784 Sri_Lanka 21443 T 34 31
785 Sri_Lanka 21444 A 34 34
786 Sri_Lanka 21445 A 34 34
787 Sri_Lanka 21446 A 34 34
788 Sri_Lanka 21447 A 34 34
789 Sri_Lanka 21448 G 34 34
790 Sri_Lanka 21449 A 34 34
791 Sri_Lanka 21450 A 34 34
792 Sri_Lanka 21451 G 34 34
793 Sri_Lanka 21452 G 34 34
794 Sri_Lanka 21453 T 34 34
795 Sri_Lanka 21454 C 34 34
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797 Sri_Lanka 21456 A 34 34
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799 Sri_Lanka 21458 T 34 34
800 Sri_Lanka 21459 C 34 34
801 Sri_Lanka 21460 A 34 34
802 Sri_Lanka 21461 A 34 34
803 Sri_Lanka 21462 T 34 34
804 Sri_Lanka 21463 G 34 34
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806 Sri_Lanka 21465 T 34 34
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811 Sri_Lanka 21470 T 34 34
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813 Sri_Lanka 21472 T 34 34
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834 Sri_Lanka 21493 A 34 34
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836 Sri_Lanka 21495 A 34 34
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853 Sri_Lanka 21512 A 34 34
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865 Sri_Lanka 21524 T 34 34
866 Sri_Lanka 21525 T 34 34
867 Sri_Lanka 21526 A 34 34
868 Sri_Lanka 21527 T 34 34
869 Sri_Lanka 21528 T 34 34
870 Sri_Lanka 21529 T 34 34
871 Sri_Lanka 21530 C 34 34
872 Sri_Lanka 21531 T 34 34
873 Sri_Lanka 21532 A 34 34
874 Sri_Lanka 21533 G 34 34
875 Sri_Lanka 21534 T 34 34
876 Sri_Lanka 21535 G 34 34
877 Sri_Lanka 21536 A 23 23
878 Sri_Lanka 21537 T 22 22
879 Sri_Lanka 21538 G 22 22
880 Sri_Lanka 21539 T 22 22
881 Sri_Lanka 21540 T 22 22
882 Sri_Lanka 21541 C 22 22
883 Sri_Lanka 21542 T 22 22
884 Sri_Lanka 21543 T 21 21
885 Sri_Lanka 21544 G 20 20
886 Sri_Lanka 21545 T 20 20
887 Sri_Lanka 21546 T 20 20
888 Sri_Lanka 21547 A 20 20
889 Sri_Lanka 21548 A 20 20
890 Sri_Lanka 21549 C 20 20
891 Sri_Lanka 21550 A 12 11
892 Sri_Lanka 21551 A 12 12
893 Sri_Lanka 21552 C 12 12