National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     63                                        
-     894                                        
?                                              
A     9                                        
C     30                                        
D     12                                        
E     18                                        
F     42                                        
G     30                                        
H     27                                        
I     81               1                        
K     57                                        
L     174                                        
M     42                                        
N     34                                        
P     15                                        
Q     45                                        
R     24                                        
S     42                                        
T     44                                        
V     72                                        
W     6                                        
Y     27                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 20659 T 11 11
1 Sierra_Leone 20660 C 11 11
2 Sierra_Leone 20661 T 11 11
3 Sierra_Leone 20662 A 11 11
4 Sierra_Leone 20663 G 11 11
5 Sierra_Leone 20664 T 11 11
6 Sierra_Leone 20665 C 11 11
7 Sierra_Leone 20666 A 11 11
8 Sierra_Leone 20667 A 11 11
9 Sierra_Leone 20668 G 11 11
10 Sierra_Leone 20669 C 11 11
11 Sierra_Leone 20670 G 11 11
12 Sierra_Leone 20671 T 11 11
13 Sierra_Leone 20672 G 11 11
14 Sierra_Leone 20673 G 11 11
15 Sierra_Leone 20674 C 11 11
16 Sierra_Leone 20675 A 11 11
17 Sierra_Leone 20676 A 11 11
18 Sierra_Leone 20677 C 11 11
19 Sierra_Leone 20678 C 11 11
20 Sierra_Leone 20679 G 11 11
21 Sierra_Leone 20680 G 11 11
22 Sierra_Leone 20681 G 11 11
23 Sierra_Leone 20682 T 11 11
24 Sierra_Leone 20683 G 11 11
25 Sierra_Leone 20684 T 11 11
26 Sierra_Leone 20685 T 11 11
27 Sierra_Leone 20686 G 11 11
28 Sierra_Leone 20687 C 11 11
29 Sierra_Leone 20688 T 11 11
30 Sierra_Leone 20689 A 11 11
31 Sierra_Leone 20690 T 11 11
32 Sierra_Leone 20691 G 11 11
33 Sierra_Leone 20692 C 11 11
34 Sierra_Leone 20693 C 11 11
35 Sierra_Leone 20694 T 11 11
36 Sierra_Leone 20695 A 11 11
37 Sierra_Leone 20696 A 11 11
38 Sierra_Leone 20697 T 11 11
39 Sierra_Leone 20698 C 11 11
40 Sierra_Leone 20699 T 11 11
41 Sierra_Leone 20700 T 11 11
42 Sierra_Leone 20701 T 11 11
43 Sierra_Leone 20702 A 11 11
44 Sierra_Leone 20703 C 11 11
45 Sierra_Leone 20704 A 11 11
46 Sierra_Leone 20705 A 11 11
47 Sierra_Leone 20706 A 11 11
48 Sierra_Leone 20707 A 11 11
49 Sierra_Leone 20708 T 11 11
50 Sierra_Leone 20709 G 11 11
51 Sierra_Leone 20710 C 11 11
52 Sierra_Leone 20711 A 11 11
53 Sierra_Leone 20712 A 11 11
54 Sierra_Leone 20713 A 11 11
55 Sierra_Leone 20714 G 11 11
56 Sierra_Leone 20715 A 11 11
57 Sierra_Leone 20716 A 11 11
58 Sierra_Leone 20717 T 11 11
59 Sierra_Leone 20718 G 11 11
60 Sierra_Leone 20719 C 11 11
61 Sierra_Leone 20720 T 11 11
62 Sierra_Leone 20721 A 11 11
63 Sierra_Leone 20722 T 11 11
64 Sierra_Leone 20723 T 11 11
65 Sierra_Leone 20724 A 11 11
66 Sierra_Leone 20725 G 11 11
67 Sierra_Leone 20726 A 11 11
68 Sierra_Leone 20727 A 11 11
69 Sierra_Leone 20728 A 11 11
70 Sierra_Leone 20729 A 11 11
71 Sierra_Leone 20730 G 11 11
72 Sierra_Leone 20731 T 11 11
73 Sierra_Leone 20732 G 11 11
74 Sierra_Leone 20733 T 11 11
75 Sierra_Leone 20734 G 11 11
76 Sierra_Leone 20735 A 11 11
77 Sierra_Leone 20736 C 11 11
78 Sierra_Leone 20737 C 11 11
79 Sierra_Leone 20738 T 11 11
80 Sierra_Leone 20739 T 11 11
81 Sierra_Leone 20740 C 11 11
82 Sierra_Leone 20741 A 11 11
83 Sierra_Leone 20742 A 11 11
84 Sierra_Leone 20743 A 11 11
85 Sierra_Leone 20744 A 11 11
86 Sierra_Leone 20745 T 11 11
87 Sierra_Leone 20746 T 11 11
88 Sierra_Leone 20747 A 11 11
89 Sierra_Leone 20748 T 11 11
90 Sierra_Leone 20749 G 11 11
91 Sierra_Leone 20750 G 11 11
92 Sierra_Leone 20751 T 11 11
93 Sierra_Leone 20752 G 11 11
94 Sierra_Leone 20753 A 11 11
95 Sierra_Leone 20754 T 11 11
96 Sierra_Leone 20755 A C 11 10 Ile6830Ile
97 Sierra_Leone 20756 G 11 11
98 Sierra_Leone 20757 T 11 11
99 Sierra_Leone 20758 G 11 11
100 Sierra_Leone 20759 C 11 11
101 Sierra_Leone 20760 A 11 11
102 Sierra_Leone 20761 A 11 11
103 Sierra_Leone 20762 C 11 11
104 Sierra_Leone 20763 A 11 11
105 Sierra_Leone 20764 T 11 11
106 Sierra_Leone 20765 T 11 11
107 Sierra_Leone 20766 A 11 11
108 Sierra_Leone 20767 C 11 11
109 Sierra_Leone 20768 C 11 11
110 Sierra_Leone 20769 T 11 11
111 Sierra_Leone 20770 A 11 11
112 Sierra_Leone 20771 A 11 11
113 Sierra_Leone 20772 A 11 11
114 Sierra_Leone 20773 G 11 11
115 Sierra_Leone 20774 G 11 11
116 Sierra_Leone 20775 C 11 11
117 Sierra_Leone 20776 A 11 11
118 Sierra_Leone 20777 T 11 11
119 Sierra_Leone 20778 A 11 11
120 Sierra_Leone 20779 A 11 11
121 Sierra_Leone 20780 T 11 11
122 Sierra_Leone 20781 G 11 11
123 Sierra_Leone 20782 A 11 11
124 Sierra_Leone 20783 T 11 11
125 Sierra_Leone 20784 G 11 11
126 Sierra_Leone 20785 A 11 11
127 Sierra_Leone 20786 A 11 11
128 Sierra_Leone 20787 T 11 11
129 Sierra_Leone 20788 G 11 11
130 Sierra_Leone 20789 T 11 11
131 Sierra_Leone 20790 C 11 11
132 Sierra_Leone 20791 G 11 11
133 Sierra_Leone 20792 C 11 11
134 Sierra_Leone 20793 A 11 11
135 Sierra_Leone 20794 A 11 11
136 Sierra_Leone 20795 A 11 11
137 Sierra_Leone 20796 A 11 11
138 Sierra_Leone 20797 T 11 11
139 Sierra_Leone 20798 A 11 11
140 Sierra_Leone 20799 T 11 11
141 Sierra_Leone 20800 A 11 11
142 Sierra_Leone 20801 C 11 11
143 Sierra_Leone 20802 T 11 11
144 Sierra_Leone 20803 C 11 11
145 Sierra_Leone 20804 A 11 11
146 Sierra_Leone 20805 A 11 11
147 Sierra_Leone 20806 C 11 11
148 Sierra_Leone 20807 T 11 11
149 Sierra_Leone 20808 G 11 11
150 Sierra_Leone 20809 T 11 11
151 Sierra_Leone 20810 G 11 11
152 Sierra_Leone 20811 T 11 11
153 Sierra_Leone 20812 C 11 11
154 Sierra_Leone 20813 A 11 11
155 Sierra_Leone 20814 A 11 11
156 Sierra_Leone 20815 T 11 11
157 Sierra_Leone 20816 A 11 11
158 Sierra_Leone 20817 T 11 11
159 Sierra_Leone 20818 T 11 11
160 Sierra_Leone 20819 T 11 11
161 Sierra_Leone 20820 A 11 11
162 Sierra_Leone 20821 A 11 11
163 Sierra_Leone 20822 A 11 11
164 Sierra_Leone 20823 C 11 11
165 Sierra_Leone 20824 A 11 11
166 Sierra_Leone 20825 C 11 11
167 Sierra_Leone 20826 A 11 11
168 Sierra_Leone 20827 T 11 11
169 Sierra_Leone 20828 T 11 11
170 Sierra_Leone 20829 A 11 11
171 Sierra_Leone 20830 A 11 11
172 Sierra_Leone 20831 C 11 11
173 Sierra_Leone 20832 A 11 11
174 Sierra_Leone 20833 T 11 11
175 Sierra_Leone 20834 T 11 11
176 Sierra_Leone 20835 A 11 11
177 Sierra_Leone 20836 G 11 11
178 Sierra_Leone 20837 C 11 11
179 Sierra_Leone 20838 T 11 11
180 Sierra_Leone 20839 G 11 11
181 Sierra_Leone 20840 T 11 11
182 Sierra_Leone 20841 A 11 11
183 Sierra_Leone 20842 C 11 11
184 Sierra_Leone 20843 C 11 11
185 Sierra_Leone 20844 C 11 11
186 Sierra_Leone 20845 T 11 11
187 Sierra_Leone 20846 A 11 11
188 Sierra_Leone 20847 T 11 11
189 Sierra_Leone 20848 A 11 11
190 Sierra_Leone 20849 A 11 11
191 Sierra_Leone 20850 T 11 11
192 Sierra_Leone 20851 A 11 11
193 Sierra_Leone 20852 T 11 11
194 Sierra_Leone 20853 G 11 11
195 Sierra_Leone 20854 A 11 11
196 Sierra_Leone 20855 G 11 11
197 Sierra_Leone 20856 A 11 11
198 Sierra_Leone 20857 G 11 11
199 Sierra_Leone 20858 T 11 11
200 Sierra_Leone 20859 T 11 11
201 Sierra_Leone 20860 A 11 11
202 Sierra_Leone 20861 T 11 11
203 Sierra_Leone 20862 A 11 11
204 Sierra_Leone 20863 C 11 11
205 Sierra_Leone 20864 A 11 11
206 Sierra_Leone 20865 T 11 11
207 Sierra_Leone 20866 T 11 11
208 Sierra_Leone 20867 T 11 11
209 Sierra_Leone 20868 T 11 11
210 Sierra_Leone 20869 G 11 11
211 Sierra_Leone 20870 G 11 11
212 Sierra_Leone 20871 T 11 11
213 Sierra_Leone 20872 G 11 11
214 Sierra_Leone 20873 C 11 11
215 Sierra_Leone 20874 T 11 11
216 Sierra_Leone 20875 G 11 11
217 Sierra_Leone 20876 G 11 11
218 Sierra_Leone 20877 T 11 11
219 Sierra_Leone 20878 T 11 11
220 Sierra_Leone 20879 C 11 11
221 Sierra_Leone 20880 T 11 11
222 Sierra_Leone 20881 G 11 11
223 Sierra_Leone 20882 A 11 11
224 Sierra_Leone 20883 T 11 11
225 Sierra_Leone 20884 A 11 11
226 Sierra_Leone 20885 A 11 11
227 Sierra_Leone 20886 A 11 11
228 Sierra_Leone 20887 G 11 11
229 Sierra_Leone 20888 G 11 11
230 Sierra_Leone 20889 A 11 11
231 Sierra_Leone 20890 G 11 11
232 Sierra_Leone 20891 T 11 11
233 Sierra_Leone 20892 T 11 11
234 Sierra_Leone 20893 G 11 11
235 Sierra_Leone 20894 C 11 11
236 Sierra_Leone 20895 A 11 11
237 Sierra_Leone 20896 C 11 11
238 Sierra_Leone 20897 C 11 11
239 Sierra_Leone 20898 A 11 11
240 Sierra_Leone 20899 G 11 11
241 Sierra_Leone 20900 G 11 11
242 Sierra_Leone 20901 T 11 11
243 Sierra_Leone 20902 A 11 11
244 Sierra_Leone 20903 C 11 11
245 Sierra_Leone 20904 A 11 11
246 Sierra_Leone 20905 G 11 11
247 Sierra_Leone 20906 C 11 11
248 Sierra_Leone 20907 T 11 11
249 Sierra_Leone 20908 G 11 11
250 Sierra_Leone 20909 T 11 11
251 Sierra_Leone 20910 T 11 11
252 Sierra_Leone 20911 T 11 11
253 Sierra_Leone 20912 T 11 11
254 Sierra_Leone 20913 A 11 11
255 Sierra_Leone 20914 A 11 11
256 Sierra_Leone 20915 G 11 11
257 Sierra_Leone 20916 A 11 11
258 Sierra_Leone 20917 C 11 11
259 Sierra_Leone 20918 A 11 11
260 Sierra_Leone 20919 G 11 11
261 Sierra_Leone 20920 T 11 11
262 Sierra_Leone 20921 G 11 11
263 Sierra_Leone 20922 G 11 11
264 Sierra_Leone 20923 T 11 11
265 Sierra_Leone 20924 T 11 11
266 Sierra_Leone 20925 G 11 11
267 Sierra_Leone 20926 C 11 11
268 Sierra_Leone 20927 C 11 11
269 Sierra_Leone 20928 T 11 11
270 Sierra_Leone 20929 A 11 11
271 Sierra_Leone 20930 C 11 11
272 Sierra_Leone 20931 G 11 11
273 Sierra_Leone 20932 G 11 11
274 Sierra_Leone 20933 G 11 11
275 Sierra_Leone 20934 T 11 11
276 Sierra_Leone 20935 A 11 11
277 Sierra_Leone 20936 C 11 11
278 Sierra_Leone 20937 G 11 11
279 Sierra_Leone 20938 C 11 11
280 Sierra_Leone 20939 T 11 11
281 Sierra_Leone 20940 G 11 11
282 Sierra_Leone 20941 C 11 11
283 Sierra_Leone 20942 T 11 11
284 Sierra_Leone 20943 T 11 11
285 Sierra_Leone 20944 G 11 11
286 Sierra_Leone 20945 T 11 11
287 Sierra_Leone 20946 C 11 11
288 Sierra_Leone 20947 G 11 11
289 Sierra_Leone 20948 A 11 11
290 Sierra_Leone 20949 T 11 11
291 Sierra_Leone 20950 T 11 11
292 Sierra_Leone 20951 C 11 11
293 Sierra_Leone 20952 A 11 11
294 Sierra_Leone 20953 G 11 11
295 Sierra_Leone 20954 A 11 11
296 Sierra_Leone 20955 T 11 11
297 Sierra_Leone 20956 C 11 11
298 Sierra_Leone 20957 T 11 11
299 Sierra_Leone 20958 T 11 11
300 Sierra_Leone 20959 A 11 11
301 Sierra_Leone 20960 A 11 11
302 Sierra_Leone 20961 T 11 11
303 Sierra_Leone 20962 G 11 11
304 Sierra_Leone 20963 A 11 11
305 Sierra_Leone 20964 C 11 11
306 Sierra_Leone 20965 T 11 11
307 Sierra_Leone 20966 T 11 11
308 Sierra_Leone 20967 T 11 11
309 Sierra_Leone 20968 G 11 11
310 Sierra_Leone 20969 T 11 11
311 Sierra_Leone 20970 C 11 11
312 Sierra_Leone 20971 T 11 11
313 Sierra_Leone 20972 C 11 11
314 Sierra_Leone 20973 T 11 11
315 Sierra_Leone 20974 G 11 11
316 Sierra_Leone 20975 A 11 11
317 Sierra_Leone 20976 T 11 11
318 Sierra_Leone 20977 G 11 11
319 Sierra_Leone 20978 C 11 11
320 Sierra_Leone 20979 A 11 11
321 Sierra_Leone 20980 G 11 11
322 Sierra_Leone 20981 A 11 11
323 Sierra_Leone 20982 T 11 11
324 Sierra_Leone 20983 T 11 11
325 Sierra_Leone 20984 C 11 11
326 Sierra_Leone 20985 A 11 11
327 Sierra_Leone 20986 A 11 11
328 Sierra_Leone 20987 C 11 11
329 Sierra_Leone 20988 T 11 11
330 Sierra_Leone 20989 T 11 11
331 Sierra_Leone 20990 T 11 11
332 Sierra_Leone 20991 G 11 11
333 Sierra_Leone 20992 A 11 11
334 Sierra_Leone 20993 T 11 11
335 Sierra_Leone 20994 T 11 11
336 Sierra_Leone 20995 G 11 11
337 Sierra_Leone 20996 G 11 11
338 Sierra_Leone 20997 T 11 11
339 Sierra_Leone 20998 G 11 11
340 Sierra_Leone 20999 A 11 11
341 Sierra_Leone 21000 T 11 11
342 Sierra_Leone 21001 T 11 11
343 Sierra_Leone 21002 G 11 11
344 Sierra_Leone 21003 T 11 11
345 Sierra_Leone 21004 G 11 11
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670 Sierra_Leone 21329 T 11 11
671 Sierra_Leone 21330 G 11 11
672 Sierra_Leone 21331 C 11 11
673 Sierra_Leone 21332 A 11 11
674 Sierra_Leone 21333 T 11 11
675 Sierra_Leone 21334 G 11 11
676 Sierra_Leone 21335 C 11 11
677 Sierra_Leone 21336 A 11 11
678 Sierra_Leone 21337 A 11 11
679 Sierra_Leone 21338 A 11 11
680 Sierra_Leone 21339 T 11 11
681 Sierra_Leone 21340 T 11 11
682 Sierra_Leone 21341 A 11 11
683 Sierra_Leone 21342 C 11 11
684 Sierra_Leone 21343 A 11 11
685 Sierra_Leone 21344 T 11 11
686 Sierra_Leone 21345 A 11 11
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689 Sierra_Leone 21348 T 11 11
690 Sierra_Leone 21349 T 11 11
691 Sierra_Leone 21350 G 11 11
692 Sierra_Leone 21351 G 11 11
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694 Sierra_Leone 21353 G 11 11
695 Sierra_Leone 21354 G 11 11
696 Sierra_Leone 21355 A 11 11
697 Sierra_Leone 21356 A 11 11
698 Sierra_Leone 21357 T 11 11
699 Sierra_Leone 21358 A 11 11
700 Sierra_Leone 21359 C 11 11
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706 Sierra_Leone 21365 C 11 11
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708 Sierra_Leone 21367 A 11 11
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