National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     63                                        
-     894                                        
?                                              
A     9                                        
C     30                                        
D     12                                        
E     18                                        
F     42                                        
G     30                                   1    
H     27                                        
I     81               1                        
K     57                                        
L     174                   1     1              
M     42               1                        
N     34                                        
P     15                                        
Q     45                             1          
R     24                                        
S     42               1                        
T     44                                        
V     72                                        
W     6                                        
Y     27                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 20659 T 77 77
1 Palestine 20660 C 77 77
2 Palestine 20661 T 77 77
3 Palestine 20662 A 77 77
4 Palestine 20663 G 77 77
5 Palestine 20664 T 77 77
6 Palestine 20665 C 77 77
7 Palestine 20666 A 77 77
8 Palestine 20667 A 77 77
9 Palestine 20668 G 77 77
10 Palestine 20669 C 77 77
11 Palestine 20670 G 77 77
12 Palestine 20671 T 77 77
13 Palestine 20672 G 77 77
14 Palestine 20673 G 77 77
15 Palestine 20674 C 77 77
16 Palestine 20675 A 77 77
17 Palestine 20676 A 77 77
18 Palestine 20677 C 77 77
19 Palestine 20678 C 77 77
20 Palestine 20679 G 77 77
21 Palestine 20680 G 77 77
22 Palestine 20681 G 77 77
23 Palestine 20682 T 77 77
24 Palestine 20683 G 77 77
25 Palestine 20684 T 77 77
26 Palestine 20685 T 77 77
27 Palestine 20686 G 77 77
28 Palestine 20687 C 77 77
29 Palestine 20688 T 77 77
30 Palestine 20689 A 77 77
31 Palestine 20690 T 77 77
32 Palestine 20691 G 77 77
33 Palestine 20692 C 77 77
34 Palestine 20693 C 77 77
35 Palestine 20694 T 77 77
36 Palestine 20695 A 77 77
37 Palestine 20696 A 77 77
38 Palestine 20697 T 77 77
39 Palestine 20698 C 77 77
40 Palestine 20699 T 77 77
41 Palestine 20700 T 77 77
42 Palestine 20701 T 77 77
43 Palestine 20702 A 77 77
44 Palestine 20703 C 77 77
45 Palestine 20704 A 77 77
46 Palestine 20705 A 77 77
47 Palestine 20706 A 77 77
48 Palestine 20707 A 77 77
49 Palestine 20708 T 77 77
50 Palestine 20709 G 77 77
51 Palestine 20710 C 77 77
52 Palestine 20711 A 77 77
53 Palestine 20712 A 77 77
54 Palestine 20713 A 77 77
55 Palestine 20714 G 77 77
56 Palestine 20715 A 77 77
57 Palestine 20716 A 77 77
58 Palestine 20717 T 77 77
59 Palestine 20718 G 77 77
60 Palestine 20719 C 77 77
61 Palestine 20720 T 77 77
62 Palestine 20721 A 77 77
63 Palestine 20722 T 77 77
64 Palestine 20723 T 77 77
65 Palestine 20724 A 77 77
66 Palestine 20725 G 77 77
67 Palestine 20726 A 77 77
68 Palestine 20727 A 77 77
69 Palestine 20728 A 77 77
70 Palestine 20729 A 77 77
71 Palestine 20730 G 77 77
72 Palestine 20731 T 77 77
73 Palestine 20732 G 77 77
74 Palestine 20733 T 77 77
75 Palestine 20734 G 77 77
76 Palestine 20735 A 77 77
77 Palestine 20736 C 77 77
78 Palestine 20737 C 77 77
79 Palestine 20738 T 77 77
80 Palestine 20739 T 77 77
81 Palestine 20740 C 77 77
82 Palestine 20741 A 77 77
83 Palestine 20742 A 77 77
84 Palestine 20743 A 77 77
85 Palestine 20744 A 77 77
86 Palestine 20745 T 77 77
87 Palestine 20746 T 77 77
88 Palestine 20747 A 77 77
89 Palestine 20748 T 77 77
90 Palestine 20749 G 77 77
91 Palestine 20750 G 77 77
92 Palestine 20751 T 77 77
93 Palestine 20752 G 77 77
94 Palestine 20753 A 77 77
95 Palestine 20754 T 77 77
96 Palestine 20755 A C 77 71 Ile6830Ile
97 Palestine 20756 G 77 77
98 Palestine 20757 T 77 77
99 Palestine 20758 G 77 77
100 Palestine 20759 C 77 77
101 Palestine 20760 A 77 77
102 Palestine 20761 A 77 77
103 Palestine 20762 C 77 77
104 Palestine 20763 A 77 77
105 Palestine 20764 T 77 77
106 Palestine 20765 T 77 77
107 Palestine 20766 A 77 77
108 Palestine 20767 C 77 77
109 Palestine 20768 C 77 77
110 Palestine 20769 T 77 77
111 Palestine 20770 A 77 77
112 Palestine 20771 A 77 77
113 Palestine 20772 A 77 77
114 Palestine 20773 G 77 77
115 Palestine 20774 G 77 77
116 Palestine 20775 C 77 77
117 Palestine 20776 A 77 77
118 Palestine 20777 T 77 77
119 Palestine 20778 A 77 77
120 Palestine 20779 A 77 77
121 Palestine 20780 T 77 77
122 Palestine 20781 G 77 77
123 Palestine 20782 A 77 77
124 Palestine 20783 T 77 77
125 Palestine 20784 G 77 77
126 Palestine 20785 A 77 77
127 Palestine 20786 A 77 77
128 Palestine 20787 T 77 77
129 Palestine 20788 G 77 77
130 Palestine 20789 T 77 77
131 Palestine 20790 C 77 77
132 Palestine 20791 G 77 77
133 Palestine 20792 C 77 77
134 Palestine 20793 A 77 77
135 Palestine 20794 A 77 77
136 Palestine 20795 A 77 77
137 Palestine 20796 A 77 77
138 Palestine 20797 T 77 77
139 Palestine 20798 A 77 77
140 Palestine 20799 T 77 77
141 Palestine 20800 A 77 77
142 Palestine 20801 C 77 77
143 Palestine 20802 T 77 77
144 Palestine 20803 C 77 77
145 Palestine 20804 A 77 77
146 Palestine 20805 A 77 77
147 Palestine 20806 C 77 77
148 Palestine 20807 T 77 77
149 Palestine 20808 G 77 77
150 Palestine 20809 T 77 77
151 Palestine 20810 G 77 77
152 Palestine 20811 T 77 77
153 Palestine 20812 C 77 77
154 Palestine 20813 A 77 77
155 Palestine 20814 A 77 77
156 Palestine 20815 T 77 77
157 Palestine 20816 A 77 76
158 Palestine 20817 T 77 76
159 Palestine 20818 T 77 76
160 Palestine 20819 T 77 76
161 Palestine 20820 A 77 76
162 Palestine 20821 A 77 76
163 Palestine 20822 A 77 76
164 Palestine 20823 C 77 76
165 Palestine 20824 A 77 76
166 Palestine 20825 C 77 76
167 Palestine 20826 A 77 76
168 Palestine 20827 T 77 76
169 Palestine 20828 T 77 76
170 Palestine 20829 A 77 76
171 Palestine 20830 A 77 76
172 Palestine 20831 C 77 76
173 Palestine 20832 A 77 76
174 Palestine 20833 T 77 76
175 Palestine 20834 T 77 76
176 Palestine 20835 A 77 76
177 Palestine 20836 G 77 76
178 Palestine 20837 C 77 76
179 Palestine 20838 T 77 76
180 Palestine 20839 G 77 76
181 Palestine 20840 T 77 76
182 Palestine 20841 A 77 76
183 Palestine 20842 C 77 76
184 Palestine 20843 C 77 76
185 Palestine 20844 C 77 76
186 Palestine 20845 T 77 76
187 Palestine 20846 A 77 76
188 Palestine 20847 T 77 76
189 Palestine 20848 A 77 76
190 Palestine 20849 A 77 76
191 Palestine 20850 T 77 76
192 Palestine 20851 A 77 76
193 Palestine 20852 T 77 76
194 Palestine 20853 G 77 76
195 Palestine 20854 A 77 76
196 Palestine 20855 G 78 77
197 Palestine 20856 A 78 77
198 Palestine 20857 G 78 77
199 Palestine 20858 T 78 77
200 Palestine 20859 T 78 77
201 Palestine 20860 A 78 78
202 Palestine 20861 T 78 78
203 Palestine 20862 A 78 78
204 Palestine 20863 C 78 77
205 Palestine 20864 A 78 77
206 Palestine 20865 T 78 78
207 Palestine 20866 T 78 78
208 Palestine 20867 T 78 78
209 Palestine 20868 T 78 78
210 Palestine 20869 G 78 78
211 Palestine 20870 G 78 78
212 Palestine 20871 T 78 78
213 Palestine 20872 G 78 77
214 Palestine 20873 C 78 78
215 Palestine 20874 T 78 78
216 Palestine 20875 G 78 78
217 Palestine 20876 G 78 78
218 Palestine 20877 T 78 78
219 Palestine 20878 T 78 78
220 Palestine 20879 C 78 77
221 Palestine 20880 T 78 77
222 Palestine 20881 G 78 77
223 Palestine 20882 A 78 77
224 Palestine 20883 T 78 78
225 Palestine 20884 A 78 78
226 Palestine 20885 A 78 78
227 Palestine 20886 A 78 78
228 Palestine 20887 G 78 78
229 Palestine 20888 G 78 78
230 Palestine 20889 A 78 77
231 Palestine 20890 G 78 77
232 Palestine 20891 T 78 78
233 Palestine 20892 T 78 78
234 Palestine 20893 G 78 78
235 Palestine 20894 C 78 78
236 Palestine 20895 A 78 78
237 Palestine 20896 C 78 78
238 Palestine 20897 C 78 78
239 Palestine 20898 A 78 78
240 Palestine 20899 G 78 78
241 Palestine 20900 G 78 78
242 Palestine 20901 T 78 78
243 Palestine 20902 A 78 78
244 Palestine 20903 C 78 78
245 Palestine 20904 A 78 78
246 Palestine 20905 G 78 78
247 Palestine 20906 C 78 78
248 Palestine 20907 T 78 78
249 Palestine 20908 G 78 78
250 Palestine 20909 T 78 78
251 Palestine 20910 T 78 78
252 Palestine 20911 T 78 78
253 Palestine 20912 T 78 78
254 Palestine 20913 A 78 78
255 Palestine 20914 A 78 78
256 Palestine 20915 G 78 78
257 Palestine 20916 A 78 78
258 Palestine 20917 C 78 78
259 Palestine 20918 A 78 78
260 Palestine 20919 G 78 78
261 Palestine 20920 T 78 78
262 Palestine 20921 G 78 78
263 Palestine 20922 G 78 78
264 Palestine 20923 T 78 78
265 Palestine 20924 T 78 78
266 Palestine 20925 G 78 78
267 Palestine 20926 C 78 78
268 Palestine 20927 C 78 78
269 Palestine 20928 T 78 78
270 Palestine 20929 A 78 78
271 Palestine 20930 C 78 78
272 Palestine 20931 G 78 78
273 Palestine 20932 G 78 78
274 Palestine 20933 G 78 78
275 Palestine 20934 T 78 78
276 Palestine 20935 A 78 78
277 Palestine 20936 C 78 78
278 Palestine 20937 G 78 78
279 Palestine 20938 C 78 78
280 Palestine 20939 T 78 78
281 Palestine 20940 G 78 78
282 Palestine 20941 C 78 78
283 Palestine 20942 T 78 78
284 Palestine 20943 T 78 78
285 Palestine 20944 G 78 78
286 Palestine 20945 T 78 78
287 Palestine 20946 C 78 78
288 Palestine 20947 G 78 78
289 Palestine 20948 A 78 78
290 Palestine 20949 T 78 78
291 Palestine 20950 T 78 78
292 Palestine 20951 C 78 78
293 Palestine 20952 A 78 78
294 Palestine 20953 G 78 78
295 Palestine 20954 A 78 78
296 Palestine 20955 T 78 78
297 Palestine 20956 C 78 78
298 Palestine 20957 T 78 78
299 Palestine 20958 T 78 78
300 Palestine 20959 A 78 78
301 Palestine 20960 A 78 78
302 Palestine 20961 T 78 78
303 Palestine 20962 G 78 78
304 Palestine 20963 A 78 78
305 Palestine 20964 C 78 78
306 Palestine 20965 T 78 78
307 Palestine 20966 T 78 78
308 Palestine 20967 T 78 78
309 Palestine 20968 G 78 78
310 Palestine 20969 T 78 78
311 Palestine 20970 C 78 78
312 Palestine 20971 T 78 78
313 Palestine 20972 C 78 78
314 Palestine 20973 T 78 78
315 Palestine 20974 G 78 78
316 Palestine 20975 A 78 78
317 Palestine 20976 T 78 78
318 Palestine 20977 G 78 78
319 Palestine 20978 C 78 78
320 Palestine 20979 A 78 78
321 Palestine 20980 G 78 78
322 Palestine 20981 A 78 78
323 Palestine 20982 T 78 77
324 Palestine 20983 T 78 77
325 Palestine 20984 C 78 77
326 Palestine 20985 A 78 77
327 Palestine 20986 A 78 77
328 Palestine 20987 C 78 77
329 Palestine 20988 T 78 77
330 Palestine 20989 T 78 77
331 Palestine 20990 T 78 77
332 Palestine 20991 G 78 77
333 Palestine 20992 A 78 77
334 Palestine 20993 T 78 77
335 Palestine 20994 T 78 77
336 Palestine 20995 G 78 77
337 Palestine 20996 G 78 77
338 Palestine 20997 T 78 77
339 Palestine 20998 G 78 77
340 Palestine 20999 A 78 77
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342 Palestine 21001 T 78 77
343 Palestine 21002 G 78 77
344 Palestine 21003 T 78 77
345 Palestine 21004 G 78 77
346 Palestine 21005 C 78 77
347 Palestine 21006 A 78 77
348 Palestine 21007 A 78 77
349 Palestine 21008 C 78 77
350 Palestine 21009 T 78 77
351 Palestine 21010 G 78 77
352 Palestine 21011 T 78 77
353 Palestine 21012 A 78 77
354 Palestine 21013 C 78 77
355 Palestine 21014 A 78 77
356 Palestine 21015 T 78 77
357 Palestine 21016 A 78 77
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359 Palestine 21018 A 78 77
360 Palestine 21019 G 78 77
361 Palestine 21020 C 78 77
362 Palestine 21021 T 78 77
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