National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     63                                        
-     894                                        
?                                              
A     9                                        
C     30                               1        
D     12                                        
E     18                                        
F     42                                        
G     30 1                                      
H     27                                        
I     81                                        
K     57                 1     1   1 1          
L 2   174                         1     1   1    
M     42                                 1      
N     34                                        
P     15                         1              
Q     45                                        
R     24                         1 1            
S     42                       1                
T     44               1                        
V     72           1                            
W     6                                        
Y     27                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 20659 T 36 36
1 Iran 20660 C 36 36
2 Iran 20661 T 36 36
3 Iran 20662 A 36 36
4 Iran 20663 G 36 36
5 Iran 20664 T 36 36
6 Iran 20665 C 36 36
7 Iran 20666 A 36 36
8 Iran 20667 A 36 36
9 Iran 20668 G 36 36
10 Iran 20669 C 36 36
11 Iran 20670 G 36 36
12 Iran 20671 T 36 36
13 Iran 20672 G 36 36
14 Iran 20673 G 36 36
15 Iran 20674 C 36 36
16 Iran 20675 A 36 36
17 Iran 20676 A 36 36
18 Iran 20677 C 36 36
19 Iran 20678 C 36 36
20 Iran 20679 G 36 36
21 Iran 20680 G 36 36
22 Iran 20681 G 36 36
23 Iran 20682 T 36 36
24 Iran 20683 G 36 36
25 Iran 20684 T 36 36
26 Iran 20685 T 36 36
27 Iran 20686 G 36 36
28 Iran 20687 C 36 36
29 Iran 20688 T 36 36
30 Iran 20689 A 36 36
31 Iran 20690 T 36 36
32 Iran 20691 G 36 36
33 Iran 20692 C 36 36
34 Iran 20693 C 36 36
35 Iran 20694 T 36 36
36 Iran 20695 A 36 36
37 Iran 20696 A 36 36
38 Iran 20697 T 36 36
39 Iran 20698 C 36 36
40 Iran 20699 T 36 36
41 Iran 20700 T 36 36
42 Iran 20701 T 36 36
43 Iran 20702 A 36 36
44 Iran 20703 C 36 36
45 Iran 20704 A 36 36
46 Iran 20705 A 36 36
47 Iran 20706 A 36 36
48 Iran 20707 A 36 36
49 Iran 20708 T 36 36
50 Iran 20709 G 36 36
51 Iran 20710 C 36 36
52 Iran 20711 A 36 36
53 Iran 20712 A 36 36
54 Iran 20713 A 36 36
55 Iran 20714 G 36 36
56 Iran 20715 A 36 36
57 Iran 20716 A 36 36
58 Iran 20717 T 36 36
59 Iran 20718 G 36 36
60 Iran 20719 C 36 36
61 Iran 20720 T 36 36
62 Iran 20721 A 36 36
63 Iran 20722 T 36 36
64 Iran 20723 T 36 36
65 Iran 20724 A 36 36
66 Iran 20725 G 36 36
67 Iran 20726 A 36 36
68 Iran 20727 A 36 36
69 Iran 20728 A 36 36
70 Iran 20729 A 36 36
71 Iran 20730 G 36 36
72 Iran 20731 T 36 36
73 Iran 20732 G 36 36
74 Iran 20733 T 36 36
75 Iran 20734 G 36 36
76 Iran 20735 A 36 36
77 Iran 20736 C 36 36
78 Iran 20737 C 36 36
79 Iran 20738 T 36 36
80 Iran 20739 T 36 36
81 Iran 20740 C 36 36
82 Iran 20741 A 36 36
83 Iran 20742 A 36 36
84 Iran 20743 A 36 36
85 Iran 20744 A 36 36
86 Iran 20745 T 36 36
87 Iran 20746 T 36 36
88 Iran 20747 A 36 36
89 Iran 20748 T 36 36
90 Iran 20749 G 36 36
91 Iran 20750 G 36 36
92 Iran 20751 T 36 36
93 Iran 20752 G 36 36
94 Iran 20753 A 36 36
95 Iran 20754 T 36 36
96 Iran 20755 A 36 36
97 Iran 20756 G 36 36
98 Iran 20757 T 36 36
99 Iran 20758 G 36 36
100 Iran 20759 C 36 36
101 Iran 20760 A 36 36
102 Iran 20761 A 36 36
103 Iran 20762 C 36 36
104 Iran 20763 A 36 36
105 Iran 20764 T 36 36
106 Iran 20765 T 36 36
107 Iran 20766 A 36 36
108 Iran 20767 C 36 36
109 Iran 20768 C 36 36
110 Iran 20769 T 36 36
111 Iran 20770 A 36 36
112 Iran 20771 A 36 36
113 Iran 20772 A 36 36
114 Iran 20773 G 36 36
115 Iran 20774 G 36 36
116 Iran 20775 C 36 36
117 Iran 20776 A 36 36
118 Iran 20777 T 36 36
119 Iran 20778 A 36 36
120 Iran 20779 A 36 36
121 Iran 20780 T 36 36
122 Iran 20781 G 36 36
123 Iran 20782 A 36 36
124 Iran 20783 T 36 36
125 Iran 20784 G 36 36
126 Iran 20785 A 36 36
127 Iran 20786 A 36 36
128 Iran 20787 T 36 34
129 Iran 20788 G 36 36
130 Iran 20789 T 36 36
131 Iran 20790 C 36 36
132 Iran 20791 G 36 36
133 Iran 20792 C 36 36
134 Iran 20793 A 36 36
135 Iran 20794 A 36 36
136 Iran 20795 A 36 36
137 Iran 20796 A 36 36
138 Iran 20797 T 36 36
139 Iran 20798 A 36 36
140 Iran 20799 T 36 36
141 Iran 20800 A 36 36
142 Iran 20801 C 36 36
143 Iran 20802 T 36 36
144 Iran 20803 C 36 36
145 Iran 20804 A 36 36
146 Iran 20805 A 36 36
147 Iran 20806 C 36 36
148 Iran 20807 T 36 36
149 Iran 20808 G C 36 33 Cys6848Ser
150 Iran 20809 T 36 36
151 Iran 20810 G 36 36
152 Iran 20811 T 36 36
153 Iran 20812 C 36 36
154 Iran 20813 A 36 36
155 Iran 20814 A 36 36
156 Iran 20815 T 36 36
157 Iran 20816 A 36 36
158 Iran 20817 T 36 36
159 Iran 20818 T 36 36
160 Iran 20819 T 36 36
161 Iran 20820 A 36 36
162 Iran 20821 A 36 36
163 Iran 20822 A 36 36
164 Iran 20823 C 36 36
165 Iran 20824 A 36 36
166 Iran 20825 C 36 36
167 Iran 20826 A 36 36
168 Iran 20827 T 36 36
169 Iran 20828 T 36 36
170 Iran 20829 A 36 36
171 Iran 20830 A 36 36
172 Iran 20831 C 36 36
173 Iran 20832 A 36 36
174 Iran 20833 T 36 36
175 Iran 20834 T 36 36
176 Iran 20835 A 36 36
177 Iran 20836 G 36 36
178 Iran 20837 C 36 36
179 Iran 20838 T C 36 35 Leu6858Pro
180 Iran 20839 G 36 36
181 Iran 20840 T 36 36
182 Iran 20841 A 36 36
183 Iran 20842 C 36 36
184 Iran 20843 C 36 36
185 Iran 20844 C 36 36
186 Iran 20845 T 36 36
187 Iran 20846 A 36 36
188 Iran 20847 T 36 36
189 Iran 20848 A 36 36
190 Iran 20849 A 36 36
191 Iran 20850 T 36 36
192 Iran 20851 A 36 36
193 Iran 20852 T 36 36
194 Iran 20853 G 36 36
195 Iran 20854 A 36 36
196 Iran 20855 G 36 36
197 Iran 20856 A 36 36
198 Iran 20857 G 36 36
199 Iran 20858 T 36 36
200 Iran 20859 T G 36 35 Leu6865*
201 Iran 20860 A 36 36
202 Iran 20861 T 36 36
203 Iran 20862 A 36 36
204 Iran 20863 C 36 36
205 Iran 20864 A 36 36
206 Iran 20865 T 36 36
207 Iran 20866 T 36 36
208 Iran 20867 T 36 36
209 Iran 20868 T 36 36
210 Iran 20869 G 36 36
211 Iran 20870 G 36 36
212 Iran 20871 T 36 36
213 Iran 20872 G 36 36
214 Iran 20873 C 36 36
215 Iran 20874 T 36 36
216 Iran 20875 G 36 36
217 Iran 20876 G 36 36
218 Iran 20877 T 36 36
219 Iran 20878 T 36 36
220 Iran 20879 C 36 36
221 Iran 20880 T 36 36
222 Iran 20881 G 36 36
223 Iran 20882 A 36 36
224 Iran 20883 T 36 36
225 Iran 20884 A 36 36
226 Iran 20885 A 36 36
227 Iran 20886 A 36 36
228 Iran 20887 G A 36 31 Lys6874Lys
229 Iran 20888 G 36 36
230 Iran 20889 A 36 36
231 Iran 20890 G 36 36
232 Iran 20891 T 36 36
233 Iran 20892 T 36 36
234 Iran 20893 G 36 36
235 Iran 20894 C 36 36
236 Iran 20895 A 36 36
237 Iran 20896 C 36 36
238 Iran 20897 C 36 36
239 Iran 20898 A 36 36
240 Iran 20899 G 36 36
241 Iran 20900 G 36 36
242 Iran 20901 T 36 36
243 Iran 20902 A 36 36
244 Iran 20903 C 36 36
245 Iran 20904 A 36 36
246 Iran 20905 G 36 36
247 Iran 20906 C 36 36
248 Iran 20907 T 36 36
249 Iran 20908 G 36 36
250 Iran 20909 T 36 36
251 Iran 20910 T 36 36
252 Iran 20911 T 36 36
253 Iran 20912 T 36 36
254 Iran 20913 A 36 36
255 Iran 20914 A 36 36
256 Iran 20915 G 36 36
257 Iran 20916 A 36 36
258 Iran 20917 C 36 36
259 Iran 20918 A 36 36
260 Iran 20919 G 36 36
261 Iran 20920 T 36 36
262 Iran 20921 G 37 37
263 Iran 20922 G 37 37
264 Iran 20923 T 37 37
265 Iran 20924 T 37 37
266 Iran 20925 G 37 37
267 Iran 20926 C 37 37
268 Iran 20927 C 37 37
269 Iran 20928 T 37 37
270 Iran 20929 A 37 37
271 Iran 20930 C 37 37
272 Iran 20931 G A 37 36 Arg6889Gln
273 Iran 20932 G 37 37
274 Iran 20933 G 37 37
275 Iran 20934 T 37 37
276 Iran 20935 A 37 37
277 Iran 20936 C 37 37
278 Iran 20937 G 37 37
279 Iran 20938 C 37 37
280 Iran 20939 T 37 37
281 Iran 20940 G 37 37
282 Iran 20941 C 37 37
283 Iran 20942 T 37 37
284 Iran 20943 T 37 37
285 Iran 20944 G 37 37
286 Iran 20945 T 37 37
287 Iran 20946 C 37 37
288 Iran 20947 G 37 37
289 Iran 20948 A 37 37
290 Iran 20949 T 37 37
291 Iran 20950 T 37 37
292 Iran 20951 C 37 37
293 Iran 20952 A 37 37
294 Iran 20953 G 37 37
295 Iran 20954 A 37 37
296 Iran 20955 T 37 37
297 Iran 20956 C 37 37
298 Iran 20957 T 37 37
299 Iran 20958 T C 37 36 Leu6898Ser
300 Iran 20959 A 37 37
301 Iran 20960 A 37 37
302 Iran 20961 T 37 37
303 Iran 20962 G 37 37
304 Iran 20963 A 37 37
305 Iran 20964 C 37 37
306 Iran 20965 T 37 37
307 Iran 20966 T 37 37
308 Iran 20967 T 37 37
309 Iran 20968 G 37 37
310 Iran 20969 T 37 37
311 Iran 20970 C 37 37
312 Iran 20971 T 37 37
313 Iran 20972 C 37 37
314 Iran 20973 T 37 37
315 Iran 20974 G 37 37
316 Iran 20975 A 37 37
317 Iran 20976 T 37 37
318 Iran 20977 G 37 37
319 Iran 20978 C 37 37
320 Iran 20979 A 37 37
321 Iran 20980 G 37 37
322 Iran 20981 A 37 37
323 Iran 20982 T 37 37
324 Iran 20983 T 37 37
325 Iran 20984 C 37 37
326 Iran 20985 A 37 37
327 Iran 20986 A 37 37
328 Iran 20987 C 37 37
329 Iran 20988 T 37 37
330 Iran 20989 T 37 37
331 Iran 20990 T 37 37
332 Iran 20991 G 37 37
333 Iran 20992 A 37 37
334 Iran 20993 T 37 37
335 Iran 20994 T 37 37
336 Iran 20995 G 37 37
337 Iran 20996 G 37 37
338 Iran 20997 T 37 37
339 Iran 20998 G 37 37
340 Iran 20999 A 37 37
341 Iran 21000 T 37 37
342 Iran 21001 T 37 37
343 Iran 21002 G 37 37
344 Iran 21003 T 37 37
345 Iran 21004 G 37 37
346 Iran 21005 C 37 37
347 Iran 21006 A 37 37
348 Iran 21007 A 37 37
349 Iran 21008 C 37 37
350 Iran 21009 T 37 37
351 Iran 21010 G 37 37
352 Iran 21011 T 37 37
353 Iran 21012 A 37 37
354 Iran 21013 C 37 37
355 Iran 21014 A 37 37
356 Iran 21015 T 37 37
357 Iran 21016 A 37 37
358 Iran 21017 C 37 37
359 Iran 21018 A 37 37
360 Iran 21019 G 37 37
361 Iran 21020 C 37 37
362 Iran 21021 T 37 37
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365 Iran 21024 T 37 37
366 Iran 21025 A 37 37
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368 Iran 21027 A 37 37
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371 Iran 21030 G 37 37
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766 Iran 21425 G 36 36
767 Iran 21426 T 36 36
768 Iran 21427 A 36 36
769 Iran 21428 C 36 36
770 Iran 21429 T 36 36
771 Iran 21430 G 36 36
772 Iran 21431 C 36 36
773 Iran 21432 T 36 36
774 Iran 21433 G 36 36
775 Iran 21434 T 36 36
776 Iran 21435 T 36 36
777 Iran 21436 A 36 36
778 Iran 21437 T 36 36
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780 Iran 21439 T 36 36
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